名門校「聖チェリーヌ学院」に通う水無月遥（みなづきはるか）と神無月葵（かんなづきあおい）は、昼は普通の学生だが、夜には正義を守るヒロイン快盗天使ツインエンジェルとして変身して大活躍するのだ！

水無月遥（みなづきはるか）は、近隣で続発している学校荒らしの犯人らしき男を目撃する。
その意外な人物の姿にひとり思い悩む遥だが......。

「聖チェリーヌ学院」の姉妹校「聖ベルナルディ学院」から来た転校生・ 葉月 はづきクルミはツインエンジェルの正体を知っていた。遥をツインエンジェルにふさわしくないと怒るクルミと遥は仲良く出来るのか!?

葵（あおい）と遥(はるか)、クルミの３人は新聞部に所属する 新聞 しんもんやよいの取材に同行する。
その取材中に思いがけない事件が発生し、思わぬピンチに!?

教職の合間に「ブラックファンド」という会社でアルバイトを始めた西条先生。
上司であるブラックファンドの社長に恋愛感情を抱いた時、PTA会長からお見合いの話がやってきて......。　　

なにかと衝突する遥とクルミ。そんな2人を仲良くさせようと、謎のくま"ミスティクマ"が突如現われる。
ミスティクマが用意した地獄の特訓に2人は耐えられるのか!?

常にザリガニを持って廊下を走ってはこける戸持娘。彼女が向かう先は学校の裏の大きな池だった。
その大きな池に怪獣が現れるという噂がされるようになり、学校中を巻き込んだ大騒ぎになってしまう。

海にあそびにいった遥たちチェリーヌの生徒一行。その先で、美しい双子の姉妹、テスラとナインに出会う。
テスラとナインにはなにか秘密があるようだが......。

ついに学校を襲いはじめたブラックファンド。
大騒ぎの最中に遥たちツインエンジェルとテスラとナインのコンビ『ツインファントム』が対峙することになるが......。

学校を襲ってくるブラックファンドのメカ軍団との戦いのなかで、巨大な爆弾が学校に取り付けられてしまう。
遥はなんとか爆弾を解除しようと奮闘するのだが......。

学校の被害も大きく、犠牲も多かった戦いのはてに失意の底へ落ち込む遥。
しかし、その間にもブラックファンドの恐ろしい計画は進んでいく。遥は立ち直ることができるのか!?

いよいよ最終決戦！　ブラックファンドの首領・ブラックトレーダーの恐ろしい計画を止められるのはツインエンジェルしかいない！
遥・葵・クルミはすべてをかけて最後の戦いに挑む!!