ザイバッハ帝国と同盟を交わす事となったアストリア王国。
ザイバッハ帝国に刃向かったアレンは投獄されるが、ミラーナの手引きにより脱獄に成功する。
一方ひとみとバァンは、ザイバッハ帝国のエナジスト鉱山に奇襲をかけるのだが...。

ひとみを地割れから救ったのは、純白の翼をはやしたバァンであった。
その姿は、かつてひとみが幻視したビジョンそのもの。
彼の生い立ちに纏わる話を聞きながら、不思議な絆を意識するひとみ。
しかし、平穏な一時も束の間、ディランドゥが迫る。

フレイド公国に着いた一行は、シド王子の歓迎を受ける。ザイバッハの魔手が公国に迫りつつることを伝える一行に、シドは捕虜にしたミゲルを尋問し真相を探るよう家臣に命じる。だがその頃、秘密が漏れることを懸念したフォルケンは公国に刺客を放つ。

フレイド公国で、バァンたちは反逆者の嫌疑をかけられ監禁されてしまう。
一方、高僧プラクトゥに化けたまやかし人ゾンギは、ひとみの秘密を聞き出すため、彼女の尋問を開始する。
ゾンギの正体を見破るひとみだったが...。

無実の罪を晴らすことが出来たひとみたちは、フレイド公王と対面した。
アストリア王国に戻れなくなったアレンは、ミラーナのとりなしによりフレイド公国に仕えることになった。
そしてフレイド公国はザイバッハ帝国に対して臨戦体制をとるのだった。

ザイバッハ帝国の大攻勢に、フレイド公国の王宮は陥落した。
王宮を脱出したひとみたちは、公王と共にフォルトナ大寺院で篭城する。
ついにフレイド公国が守り続けてきた封印が、ザイバッハ帝国によって解かれてようとしていた。

フレイド公国での戦いで瀕死の重傷を負ったバァンは、生死の境を彷徨っていた。
ひとみは、エスカフローネとバァンが同調していることに気づくが、何もできないまま時が過ぎていく...。
そんな折、ひとみたちはアストリアの商船団に乗ったミラーナの婚約者ドライデンと出会う。

死の世界から何とか生還したものの、深層意識に植え付けられた恐怖により、剣を振るえなくなってしまっていたバァン。
そこへザイバッハ帝国の金銀２体のガイメレフが奇襲を仕掛けてきた。
バァンはエスカフローネで迎え撃つが、未だに拭えぬ恐怖感から窮地に陥ってしまう。

一連の出来事に伴う数々の謎を解くため、アレンの父レオンの手記を頼りに幻の谷に向うことにした一行。
手記によって、彼が幻の谷究明に没頭したきっかけを知ったひとみは、運命のいたずらに困惑する。

古代アトランティスの街並みが拡がる幻の谷。それは、かつてひとみが死の淵で目撃したビジョンそのものだった。
死者の想いが交錯する空間で、一行はガイア界創生の謎を知ることになる。

ひとみ、バァン、アレンは光の柱に導かれ、ザイバッハ帝国の皇帝ドルンカークのもとへ転移した。
ドルンカークは、自身の数奇な出自と、民のために運命改変装置で運命を自由に操作する計画について語る。

ひとみとバァンの心を引き離し、エスカフローネの力を衰退させなければ目的を成就できないと知ったザイバッハ帝国皇帝ドルンカーク。ひとみとアレンを運命改変装置によって結びつける作戦が、今、実行される。

ひとみは、ミラーナの頼みでドライデンとの結婚を占うことになったが、その結果は最悪。
だが、アレンとの仲を壊されたくないひとみは、そこに出た幸運のカードに願いを託し、偽りの結果をミラーナに教えてしまう。