舞台は西暦2059年。
かつて巨大な異星人との星間戦争で滅亡の危機に瀕した地球人類は、種の存続を主眼に置き、
新天地を求めて銀河の各方面へと旅立っていった。 数えて25番目となる超長距離移民船団「マクロス・フロンティア」。
そこでは、新・統合軍による戦闘艦と一体化した居住艦を中心に、1000万人以上が暮らしている。
何ら地球上と変わらない環境が人工的に作り出された宇宙船は、銀河の中心付近を航行していた・・・。

そんな「フロンティア」船団に、近隣の「マクロス・ギャラクシー」船団出身の
アイドル・シンガー「シェリル・ノーム」がコンサートのために来艦する。
シェリルは銀河ネットワークのヒットチャートで常に上位にランクインする誇り高きトップ・アイドルである。

そんなシェリルにあこがれる少女がいた。その少女の名は「ランカ・リー」。
ランカは中華料理店でアルバイトをする、ごく普通の女子高生。
彼女の身寄りは、年のはなれた兄オズマ一人だけ。
オズマは特殊な軍事部隊S.M.Sでバルキリー部隊を率いる精鋭パイロットだった。
だが、妹思いのオズマは自分が危険な戦闘機乗りであることを隠していた。
ランカは念願だったシェリルのコンサート会場に急ぐ途中、パイロット養成コースの高校生「早乙女アルト」と出会う。
学園生活の中でのありふれた偶然の出会い・・・。

と、そんな中、突如フロンティアは未知なる敵と遭遇。
しかも敵は地球人でも異星人でもなく、未知の宇宙生物。次々とダメージを受ける新・統合部隊。
それは新・統合軍のVF部隊をも脅かす強力な攻撃能力を持っていた。だが、宇宙生物は市民たちの居住エリアに侵入。
事態の収拾に、オズマ率いるS.M.SのVF-25部隊が出動した。
果たして宇宙生物の数は?能力は?目的は?

そして人類は何を選択するのか・・・？！

【スタッフ】
原作：河森正治、スタジオぬえ
総監督：河森正治
監督：菊地康仁
シリーズ構成：吉野弘幸
キャラクターデザイン：江端里沙、高橋裕一
メカニックデザイン：石垣純哉、高倉武史
バルキリーデザイン：河森正治
メカニカルアート：天神英貴
音楽：菅野よう子
音響監督：三間雅文
音響効果：倉橋静男（サウンドボックス）
CGIディレクター：高橋将人、原田　丈、井野元英二
美術監督：吉原俊一郎
色彩設計：中山久美子
撮影監督：高橋なおみ
制作：サテライト
製作：ビックウエスト、マクロスF製作委員会、MBS

【キャスト】
早乙女アルト：中村悠一
ランカ・リー：中島愛
シェリル・ノーム：遠藤綾
ミハエル・ブラン：神谷浩史
ルカ・アンジェローニ：福山潤
松浦ナナセ：桑島法子
オズマ・リー：小西克幸
クラン・クラン：豊口めぐみ
ジェフリー・ワイルダー：大川透
キャサリン・グラス：小林沙苗
カナリア・ベルシュタイン：桑島法子
ボビー・マルゴ：三宅健太
モニカ・ラング：田中理恵
ミーナ・ローシャン：平野綾
ラム・ホア：福原香織
グレイス・オコナー：井上喜久子
ハワード・グラス：西村知道
レオン・三島：杉田智和