金星―。
クリスマスイヴにのんびりと車を走らせていたコブラの前に、海賊ギ ルドに追われて疾走するトラックが衝突する。
トラックに乗っていたのは、かつ てのコブラの恋人・ドミニクに生き写しの美女・シークレットだった。
彼女から "シバの鍵"をガロン星に届けて欲しいと言われたコブラは、海賊ギルドの飛行メ カをサイコガンで撃破するが、
破片の下敷きになり、重傷を負って病院に運ばれ てしまう。
一緒に運び込まれたシークレットと"シバの鍵"を狙って、海賊ギルドの女戦士・ ブラックボーンが襲ってくる。
シークレットを狙っているのが宿敵・海賊ギルド だと知ったコブラは、彼女を守って戦うことになるのだが・・・・・・。

ガロン星が太陽に衝突するまで、あと1週間に迫っていた。
ガロン星に降り立ったコブラとシークレットは、遺跡の発掘調査を行う考古学者のトポロ教授から、
ガロン星を動かす推進器が、何者かによって動かされたことを知る。推進器を止めるためには、
女王シバの宮殿にある"黄金の扉"を通り、その先にあるコントロールスイッチを操作しなければならない。
"シバの鍵"は"黄金の扉"を開けることのできる宇宙でただ一つの鍵だったのだ。
しかし、推進器を止めるため、"黄金の扉"へと向かうコブラたちの前に再び海賊ギルドが現れる。
"シバの鍵"を守るために戦うコブラたちだったが、ブラックボーンのレイガンが"シバの鍵"をとらえ･･････。

"黄金の扉"を通り抜け、ガロン星を動かす推進器のコントロールスイッチのところまでやってきたコブラたちだったが、
再びトラップの重力壁に捕われ、動けなくなってしまう。
なんとかスイッチに近づくことのできたコブラも落とし穴に落ちてしまい、その衝撃で記憶を失ってしまうのだった。
記憶を失ったコブラが目を覚ますと、そこは見知らぬ街・ガロン星の地下都市だった。
そこで街の大物であるボガードの手下の男たちに襲われていた少女・ボニーを助け出したコブラは、
その腕を見込まれ、賞金を賭けたストリートファイトに出場することになるのだが･･････。

ボガードの罠で体が痺れて動かないコブラに、ガルシアの容赦のない攻撃が降りそそぐ。
絶体絶命のコブラだったが、死に直面することで、どうにか記憶を取り戻し、ガルシアをノックアウトする。
ガロン星が太陽に衝突するまで、もうあとわずかに迫っていた。
ボニーとともに、推進器のコントロールスイッチのところまで戻ったコブラは、
重力壁に捕らわれていたシークレットを助け出し、再び推進器を停止させようとするが、トラップに阻まれてしまう。
推進器そのものを破壊するために、ボニーの案内で、推進器の制御中枢部にたどり着いたコブラたちだったが、
突如あたりに黒雲が渦巻き、奇怪な女の笑い声が響き渡る･･････。

親友のジョニーから連絡を受け、とある港町の灯台にやってきたコブラ。
約束の時間になっても、なかなか姿を現さないジョニーを心配したコブラは、
漁師たちから、彼がバロン島の近くの海で、宝探しをしていたことを聞く。
そこは何人もの美女の亡霊が海底をさまよっているという伝説のあるいわくつきの場所だった。
ジョニーの行きつけの酒場のマスターから、彼の録音機を預かったコブラは、
そこで沈没船の美術品を集める女性・エリスと出会う。エリスは古代の歴史を専攻する学生で、
ジョニーの行方を追って、バロン島に向かおうとするコブラの船に、調査のために乗り込んでくる。
仕方なくエリスを連れ、バロン島へ出発するコブラだったが･･････。

何もない雪原を飛行中、20トンの金塊を積んだ飛行機が何者かに爆破され、墜落した。
捜索隊が墜落した飛行機を空から探したが、何も見つからなかったという。
それから数日後、雪原の渡し場に、船を待つ数人の乗客が集まっていた。
彼らの目的は、この地方に十年に一度、カゲロウのごとく突如として現れるという
まぼろしの山・カゲロウ山に登ることだったが、吹き荒れる雪嵐に足止めをされていた。
そこへ自らをジョンソンと名乗り、素性を隠したコブラがやってくる。
そんなコブラに船を待つ乗客の一人、セバスチャン神父が、ほかの乗客の紹介を始める。
しかしコブラ同様に、乗客たちはそれぞれが本当の素性を偽っており･･････。

断崖絶壁が続くカゲロウ山を登るコブラたちの前に、巨大な氷塊が落下し、雪崩が起こる。
コブラの機転によって危機を脱したのも束の間、カゲロウ山の存在を疑ってしまった
クレイジーマウス姉弟の弟・バッキーは足場を失い、山から落ちてしまう。
どうにか洞窟までたどり着き、寒さを凌ぐバリヤーテントの中で一夜を過ごしたコブラたちだったが、
夜が明けるとバッキーの姉・デイジーが凍死しているのを見つける。
外されたエネルギーチューブを見て、彼女が事故に見せかけて殺されたのではないかと疑うコブラ。
互いに疑心暗鬼となる残された者たち。果たしてカゲロウ山の頂上に金塊はあるのだろうか。
そして彼らの中に潜む犯人の正体とは･･････。

なじみのバーでコブラを待ち受けていた美女・エリザベス。彼女はコブラに頼みごとがあると近づく。
適当に話をかわすコブラにエリザベスは自身の左目を見るように言う。
エリザベスの左目の中は亜空間になっており、そこにはシークレットが捕らわれていた。
シークレットを助け出すためには、エリザベスの言うことを聞くほかはない。
エリザベスの依頼はマンドラドという人面草の種子を手に入れてくること。
マンドラドの若木は、人間の顔の形をしており、その歯の部分はダイヤモンドで出来ているという。
コブラは同じくエリザベスの依頼を受けた三人の男たちと巨大なマンドラドの親木がある惑星へとやってくるのだが･･････。

スピードとスタミナの限界に挑戦する世界最高のメテオレースの売上金を狙い、
レースに参加したコブラは、前年度のワールドチャンピオンであるパメラと知り合う。
パメラと競り合いながらも1着でゴールインしたコブラは、事故を装って姿を消すのだが、
その夜、ホテルのラウンジでパメラの前に再び姿を現す。
レースの売上金を盗んだ犯人がコブラであると気づいていたパメラは、
「黒い弾丸をとめて」と涙を流し、コブラの前から立ち去ってしまう。
その頃、"黒い弾丸"と呼ばれるマシンの暴走によって、街中は火の海となっていた。
果たして時速600キロで疾走し、ありとあらゆるものを破壊する"黒い弾丸"の正体とは･･････。

トランプのスペードのカードが入った案内状によって集められたコブラと義勇兵たち。
その目的は、20年前にカオス軍によって滅ぼされたシバの一族の城、シバ城を奪回し、
シバ王の栄光を取り戻すこと。義勇兵の一人、美貌の殺し屋クイーンによって、
義勇兵になりすましていたカオス軍のスパイを見破った彼らだったが、
そこにカオス軍が操る機械獣の群れが襲いかかる。
多くの義勇兵たちが命を落とす中、コブラの機転によって窮地を脱するクイーンほか数名の義勇兵たち。
案内状によってコブラや義勇兵を集めた人物とは一体誰なのか。
謎を残したまま、コブラたちは、城への抜け道を知る最後の義勇兵"キング"の元へ向かうのだが･･････。

ギザラの町へやって来たコブラたちは、シバ城への抜け道を知る最後の義勇兵"キング"を探し出すために、
奴隷商人ザールの館に忍び込む。そこで奴隷として地下牢に捕われているキングの相棒のエリスに出会うコブラ。
コブラはエリスにキングを救い出しに来たことを告げるが、義勇兵の一人である金庫破りのセブンが
別の牢が開けてしまったため、そこに捕らわれていた凶暴なゾラ星人に襲われてしまう。
ゾラ星人を倒したコブラだったが、そのまま闘技場へと連れて行かれ、ザールの前で格闘試合に出場することになる。
初戦の相手であるゲルド星人を圧倒的なパワーで倒したコブラの前に、
無敵の格闘王として最後の義勇兵"キング"が現れる―。

エリスの生まれ故郷であるシバ大国サルドーラの"妖精の森"にたどり着いたコブラたちは、
カオス軍と戦う遊撃兵のロッグ人たちに出会う。彼らの情報でサルドーラの神殿の下にあるという
シバ城に繋がる地下水道の入り口が閉ざされていることを知ったコブラたち。
地下水道の入り口を開けるため、サルドーラの神殿に潜入しようとしたエリスだったが、
逆にカオス軍の機械獣に捕らえられてしまう。エリスの危機を感知し、
サルドーラの神殿へと向かうキングもまたカオス軍の手に落ちる。
キングのあとを追って神殿に忍び込んだコブラたちは、そこで大司教エンゴラが暗黒神の生贄として、
エリスを捧げようとしているところを目撃する―。

傷を負い朦朧とする意識の中で、キングは失っていた20年前の記憶を取り戻す。
キング自身がシバ城の主・シバ大王であったこと、カオス軍の艦隊に包囲されたシバ城の中で、
左腕に銃を持つ何者かの攻撃によって最愛の妻ロミラ王妃を失い、自らも重傷を負って記憶を失ってしまったこと。
キングが逆光の中で見た左腕に銃を持つ男がコブラではないかと疑うクイーン。
キングもまたコブラが最愛の妻を奪った仇敵だと確信し、戦いを挑んでくる。
キングを襲った男は本当にコブラなのか。
そして案内状を送り、シバ城を奪回するための義勇兵を集めた人物とは一体誰なのか。
物語に隠された全ての謎が解き明かされたとき、20年前に交わされた約束が果たされる―。