シガンシナ地区を襲った巨人は、そこで生活していた人々の日常を一変させた。
目の前にいた母を救えず、己の無力さを痛感したエレンは、巨人への憎しみを募らせる...。

姿勢制御訓練をミカサやアルミン、同期の仲間たちが難なくクリアしていく、エレンは無様に失敗してしまう。
兵士としての適正がなければ開拓地へと送られるほかないが...。

エレン、ミカサ、アルミンたちに、いよいよ卒団の時期が迫っていた。
巨人殺しの技術を磨くことが、同時に巨人からいち早く安全圏に逃れる技術に繋がっている矛盾に気づく。

シガンシナ区の惨劇から5年、エレンは「ウォール・マリア」破壊のきっかけとなった巨人と対峙していた。
はたして、迫りくる巨人たちに一矢報いることはできるのか!?

巨人の前に次々に斃れていく34班の仲間たち。
一人生き残ったアルミンは救助に訪れたコニーに声をかけられるが、あまりの出来事に現実を受け入れられないでいた...。

立体機動装置用のガスが尽きかけているため、アルミンら訓練兵たち。
そこにミカサが追いつき、補給部隊が籠城した駐屯兵団本部に向かうことを提案するのだが...。

窮地に陥ったミカサを救った巨人を補給所まで誘導して、群がる巨人たちを倒せないか、と提案するアルミン。
その提案を受け、ミカサは駐屯兵団本部を目指すことに...。

ミカサたちの窮地を救ったエレン。しかしキッツ率いる駐屯兵団はエレンたちに武器を向ける。
キッツから「貴様の正体は何だ？人か巨人か？」と問われたエレンは...。

エレンやアルミンがどんな申し開きをしようと、誰も聞く耳を持つ者はなかった。
蒸気とともに消えゆく巨人の骨格のなかで、エレンが選択するのは...!?

最高責任者であるピクシス司令から駐屯兵団に知らされたトロスト区奪還作戦。
それは、巨人化したエレンが大岩を運び、破壊された扉を塞ぐというものだった。

ついに自らの拳を顔面に打ち込み、動けなくなってしまうエレン巨人。そこに3体の巨人が接近してきて......。
作戦の現場指揮を任された精鋭班・班長イアンは判断に苦慮する。

ついに自らの拳を顔面に打ち込み、動けなくなってしまうエレン巨人。そこに3体の巨人が接近してきて......。
作戦の現場指揮を任された精鋭班・班長イアンは判断に苦慮する。

1話から13話（総集編）

審議の結果、調査兵団特別作戦班・通称「リヴァイ班」に所属することになったエレン。
精鋭が集うリヴァイ班はひと癖もふた癖もある個性的な団員で構成されていた。

調査兵団が生け捕りにしていた２体の巨人が何者かによって殺されてしまう。
第104期訓練兵にも疑いの目が向けられ、一人一人調査が行われたのだったが・・・。

調査兵団はエルヴィンの指揮のもと第57回壁外調査に出た。
長距離索敵陣形にて巨人との接触をできるかぎり避けながら目的地を目指していたのだったが・・・。

女型の巨人によって、陣形の右翼側索敵に壊滅的な打撃を受けた調査兵団。
撤退指令が出るものと思われたが、指令班が下したのは陣形の進路を変えつつ、作戦を続行することだった。

リヴァイ班の背後に迫る女型の巨人。
しかし、リヴァイ班の面々は女型の巨人を足止めするべく、立ち向かう兵士にあえて増援することなく、
ただひたすらに馬を走らせていた。

ついに女型の巨人を拘束兵器で捕えることに成功した調査兵団。
作戦の本来の目的を知らされていなかった兵団員は、
ようやくエルヴィン団長の真意を知ることとなる。

自らの肉体を他の巨人に喰らわせ、蒸気とともに消えた女型の巨人。
オルオ、エルド、ぺトラが連携しながら女型の巨人に立ち向かうが......。