死武専の生徒「魔鎌」の少年・ソウル＝イーターとそのパートナー「鎌職人」の少女マカ。クールで皮肉屋のソウルと優等生気質なマカは、性格の違いはあれど、努力の甲斐もあり遂に99個の"鬼神の卵と化した魂"を得る事に成功する。ラスト1個「魔女」の魂を狙いに行くソウル達だが、標的の魔女・ブレアはお色気満載な外見に反し、とんでもなく強力な魔力の持ち主だった！果たして彼らは無事デスサイズになることができるのだろうか!?

ソウルとマカ、ブラック☆スターと椿のコンビは、ある日死神様より「補習授業」を命じられてしまう。その内容とはかつて死武専の教師であり、何者かの手によりゾンビ化してしまったシド先生を倒せというもの。早々にシドの墓場にて急襲を受けた4人だったが、シドは生前、「職人」の中でも最高ランク「三つ星」の持ち主であった。マカたちは無事ミッションを完遂させることができるのだろうか...!?

かつてマカの父・デスサイズのパートナーであったフランケン・シュタイン博士。そんな彼にマカたちは闘いを挑むが、全職人の中で最強と謳われる彼の前にはことごとく攻撃が通用しない。そしてついにブラック☆スターが倒されてしまう。さらにマカの目には絶望的なものが。それはシュタインの魂の姿。絶対的に超えられない巨大な力の差がそこにはあった...。

課外授業先にて、マカとソウルは突如何十もの魂が一気に消えるという不思議な現象に遭遇する。駆けつけた先の教会で、彼らは1人の子供を発見。だが奇妙な事に、その子供には魂反応が2つもあった...。子供は言う―「知ってる？僕の血は黒いんだ...」。狂気の産物「黒血」と、魔剣「ラグナログ」を体内に秘めた魔剣士・クロナ。マカとソウルは戦いを挑んでいくのだが...！

絶体絶命に陥ったマカとソウル。しかしそこへシュタインとデスサイズが助けに現れる。死神様の命を受け、魔剣を倒しに来たのだ。「ここで止めないと奴は確実に鬼神になる！」...ここに死武専最強の職人と武器が再びコンビを結成した！そして魔剣との激戦の中、ついに「進化」を望みしあの魔女が姿を現す...。

魔女ミサ終了後、メデューサは同じ魔女のエルカとミズネに絡まれていた。彼女達は、魔女の敵・死武専へ単独潜入しているメデューサを危険視していたのだ。一方、ソウルは頻繁に現れる謎の小鬼の夢に、そしてマカは今の自分の弱さに焦りを感じていた。それぞれの思いが交錯する中、エルカとミズネはついにデス・シティーでメデューサを急襲するが...。

死武専創立記念前夜祭。死神様もデスルームより現れ、全校挙げたお祝いをするその日、メデューサたちは自らの計画を実行しようとしていた。ついに明かされる彼女の陰謀。それは、自ら開発した黒血を使い、死武専の地下深くに封印されている「鬼神」を復活させること－。

フリーの魔法により、隔離された空間へ閉じ込められた死武専一行。その場所で死神様は、「阿修羅」という名の、一人の職人が起こした狂気の物語を語り始める。一方、鬼神復活を阻止するため死武専地下を急ぐマカたちの前に、あのメデューサが立ち塞がる。一気にカタをつけるべく大量のベクトルアローを放ち攻撃してくるメデューサ。マカたちは無事突破する事が出来るのか？！

死武専地下攻防戦・第二防衛ライン。マカはありったけの力でクロナを攻撃するが、クロナには魔女狩りすら通用せず、逆に圧倒されてしまう。一方、ソウルも「強さを得るため理性をとばせ！」と小鬼の強い誘惑を受けていた。そして、どんな絶望的状況に陥っても決して諦めないマカの姿を見て、クロナの心にも変化が起き始める。果たしてこの戦いの行方は？！･･････その鍵を握っていたのは、やはり「黒血」であった。

「狂気」に身を任せたマカ。クロナと互いの魂を否定した戦いへ突入する一方、黒血の力を使い、クロナの魂と同調しようとする。初めて感じるクロナの魂。それは潤いひとつない、ひどく渇いたものだった。マカはそこで、すべてのものを遮断して小さな領域に自らを閉じ込める幼きクロナの姿を見つける･･･。

凄まじいスピードでエルカ・フリーたちを追いかけるキッド。そこへ、何故か先に進んでいたはずのフリーが立ち塞がる。自らの不死の性質を利用し、時間稼ぎに徹した戦闘スタイルで攻めてくるフリーに、思わぬ苦戦を強いられるキッド。しかも周囲の雑然さに、なんと持ち前のシンメトリー癖まで起こしてしまい、戦えなくなってしまう事態に。はてさて？！

封印の社－死神様により封印されし「鬼神」が眠る場所。狂気と幻覚が渦巻くその場所で、鬼神に黒血を注入せんとするエルカ・フリー達と、それを阻止しようとするキッド・ブラック☆スター達の最終攻防戦が始まった。一方、シュタインとメデューサの死闘もついに佳境に。果たして勝つのはどちらか？戦いは今、誰も予想だにしない結末を迎える･･･！

ついに復活した鬼神。キッドとブラック☆スターは死に物狂いで倒そうとするが、呆気なく戦闘不能にされてしまう。絶望的な状況下、最後まで諦めずに鬼神にしがみつく存在が――マカだ！そして地上へと出現した鬼神を待っていたものは･･･。デス・シティー上空にて人知を超えた決戦が今始まる！！！