イグナイターの奪取に失敗した加賀篝は、
今度は修学旅行中の洛芦和高校2年生を乗せた飛行機をまるごと人質に取るという非情な手段に出る。
いまだイグナイターの正体も分からず、冬琉と六夏の意見もまとまらない混乱した状況の中、
智春は加賀篝からの取引に応じる決意をする。
しかし、ひとりで取引場所に駆けつけた智春の後を、密かに奏が追ってきていた――。
時間の止まった飛行機の上で加賀篝と向き合う智春たち。
機巧魔神や悪魔が存在する歪んだ「二巡目の世界」を終わらせようとする魔神相剋者を、
果たして止めることができるのか......!?

朱浬や玲士郎たちが修学旅行先のハワイでバカンスを満喫している間、科學部では、
智春が霧絵のパーティーでもらったマッチョ像の一部がじつは機巧魔神の拡張機能だったことが判明。
厄介ごとに巻き込まれたくない智春は朱浬のアドバイスに従い、
解析の進まない謎の拡張機能をそのまま第三生徒会会長の冬琉に預けることに。
そんな智春に奏は、二度と機巧魔神の力を使わないよう強く迫るのだった。
一方、機巧魔神から副葬処女を分離させようと目論む加賀篝は、
今度は智春の持つ拡張機能・イグナイターを狙って、着々と手を打ち始めており――。

町中の悪魔を犠牲とするはずだった加賀篝の儀式魔法を阻止し、
ひとまず平和な学園生活を取り戻した智春たち。
ところがひょんなことから、哀音の母・霧絵の催すパーティーに招待されることに。
無表情な哀音とは対照的に、娘の命日には人を集めて賑やかに過ごすという陽気な性格の霧絵。
しかしそんな霧絵の口から語られた哀音の姿は、
「大ざっぱで悪戯好きで負けず嫌い」というあまりにも意外なものだった。
そして玲士郎や玲子もまた、哀音が副葬処女になった時期を境に変わっていったという。
それぞれの思いを胸に、パーティーは進み......。

魔神相剋者＜アスラクライン＞・加賀篝にアニアを連れ去られてしまった智春たち。
一行はアニアを助け出す手がかりを求め、
クルスティナの洛高留学と同時期に教育実習生として在籍していた琴里の部屋を探ることに。
一方アニアは、変わり果てた姉との再会を果たしていた。
副葬処女＜ベリアル・ドール＞を機巧魔神＜アスラ・マキーナ＞から解放するための装置・スプリッタを
完成させるために魔力を使い果たしかけているクルスティナの身体はすでに非在化が進んでいたのだ。
スプリッタを動かすために運喰らいの能力を必要としている加賀篝は、
衰弱したクルスティナの代わりにアニアを利用しようとするのだが......。

世間を騒がせている悪魔狩りの犯人が、使い魔＜ドウター＞と機巧魔神＜アスラ・マキーナ＞という、
本来は拮抗するはずのふたつの能力を手にした禁忌の存在・魔神相剋者＜アスラクライン＞であることが判明。
その圧倒的な力を目の当たりにし、ますます危惧を強めた玲士郎は、
奏とは決して契約しないよう改めて智春に釘を刺しにくる。
一方、行方不明の姉・クルスティナが事件に関わっていたことを知ったアニアは、
苦悩しながらも真相究明に乗り出すことに――。
ついに一般生徒を巻き込むまでにエスカレートしてゆく悪魔狩り事件の裏には、
いったい誰の、そしてどんな目的が隠されているのか......!?

智春たちが住む町で、悪魔ばかりが無差別に襲われるという謎の凶悪事件が続発。
嵩月組組員らによる連日の護衛に辟易していた奏は、思いあまって鳴桜邸に逃げ込んでくる。
奇妙な展開にたじろぐ智春を翻弄するかのように、今度は朱浬が新たな訪問客を連れてくる。
洛芦和高校の留学生として来日したという、
弱冠10歳にして天才少女の名をほしいままにする少女、アニア・フォルチュナ。
彼女は「運喰らい」の能力を持つ悪魔の一族・フォルチュナ辺境伯の末娘であった。
奏とアニア。はからずもふたりの悪魔の少女を預かることになる智春だが......。

《黑鐵》に機巧魔神の拡張機能のひとつ「スタビライザ」がインストールされたことにより、
一般人の目にも見えるようになった操緒。
クラスにもなんなく溶け込み、まるで普通の女子高生のように楽しんでいる操緒の姿を眺めながら、
智春はふと、操緒が幽霊になる前のことを思い出していた。
同じころ、関東学生連盟の瑤や、傷ついた身体を修理中の朱浬もまた、
自らが機巧魔神に深く関わることになった３年前の事件を思い起こしていた。
幸せな日常が突如断たれ、世界を終焉から救う熾烈な戦いに身を投じることになったあの日のことを......。

朱浬の記憶は無事に戻ったものの、今度は智春が風邪でダウン。
しかもそんなところへ、洛高の前生徒会長にして関東学生連盟ガーディアン・ドラグーン（武装生徒指導員）の
瑤が襲いかかってくる。狙いは朱浬の持つスタビライザ――。
副葬処女を機巧魔神から解放する鍵と言われるスタビライザを渡すわけにはいかないが、
智春と《黑鐵》が戦力にならない今、頼りになるのは朱浬と奏のみ。
しかも瑤は、《黑鐵》の姉妹機で空間切断能力を持つ《白銀》の演操者である。
最強の相手を前に、智春が回復するまでの時間を稼ごうと懸命に戦う朱浬だったが、
瑤とは何やら個人的な因縁もあるようで......。

中間テストを間近に控えたある日、智春は、鳴桜邸の前で倒れている朱浬を発見する。
頭から血を流し、ずぶぬれで倒れていた彼女の手には、小さな銀色のトランクがしっかりと握られていた――。
近所の人々の目を避けるため、朱浬を鳴桜邸に運び込んだ智春。
ところが目を覚ました朱浬は「紫浬」と名乗り、性格まで別人のように変わっていた。
手がかりを求め、朱浬が住んでいるという古い教会にやってきた智春と操緒は、
3年前に彼ら自身も遭遇した飛行機事故のスクラップを見つける。
そこで智春たちは、目を見張るようなハンサムな少女に出会い......。

智春らに破壊された玲士郎の機巧魔神の修理に時間を要するため、
第一生徒会が本来着手する予定であった、土琵湖周辺で目撃されている謎の生物の調査と捕獲が、
第三生徒会に属する科學部に委任されることとなった。
正式な依頼であるにも関わらず、科學部部長代理の朱浬と、
先の戦いで科學部に入部した智春・奏、そして操緒は、部の合宿気分で土琵湖に訪れた。
玲士郎は智春と奏の接近を危惧し、見張りとして妹の玲子を同行させるが、
なんだかイイ雰囲気のふたり。
しかしその裏では、一組の男女が修羅場を演じていた......。

玲士郎の操る機巧魔神《翡翠》の攻撃を受けて操緒は消えてしまった上、悪魔である奏は捕らわれの身。
怒りに震える智春は、もう一度《黑鐵》を召喚しようと決意する。
使い方もわからぬトランクを手に第一生徒会室に乗り込んだ智春だが、
彼を止めようと現れたのは、玲士郎に取り憑いている哀音だった。
「悪魔を助けるために操緒さんを傷つけるのですか？」。
哀音・玲士郎・玲子には悲しい過去があり、
奏を滅ぼしてでも演操者と悪魔を引き離そうとする行動の裏には痛々しいほどの覚悟があったのだ。
それでも、我が身を犠牲にして智春を救おうとする奏の姿を目にし、智春は戦いを選ぶ――。

なにがなんだかわからぬまま、機巧魔神の演操者となった智春。
抱え込んでた様々な問題はさておき、智春は鳴桜邸の大家である潮泉老人の元へ引っ越しの挨拶に向かうことに。
ところが訪ねた相手は、渦巻き模様で統一された部屋の中で暮らす、風変わりな人物だった。
「君が君にとって正しい選択を為すことを祈っているよ」。
謎めいた言葉をかけられて戸惑う智春は、その帰り、潮泉家の親戚にあたり、居候しているという奏とばったり出会う。
自分に取り憑いている幽霊の操緒や奏自身、そして「機巧魔神」の正体について聞き出そうとする智春だったが......。

夏目智春は3年前の航空機墜落事故から生還して以来の「幽霊憑き」。
同じ事故で行方不明になった幼なじみの幽霊に取り憑かれながらも、そこそこ平和な日々を送っていた。
しかし洛芦和高校の入学式の前日、一人暮らしのため引越しをした智春の前に見知らぬ美女が現れる。
「絶対に手放してはダメよ」と銀色のトランクを手渡され、困惑する智春。
しかし、彼のあずかり知らぬところで事態はすでに動き始めていた――。
その夜、智春は、巫女装束の少女に襲撃される。
人間離れした美貌と怪力を持っている彼女の目的は、あのトランクだった......！