大怪我をして倒れていた青年――。彼は、エルルゥと名乗る少女に助けられる。
自分の名前も過去の記憶も一切なくした彼の顔には奇妙な仮面が被せられており、外すことができない。
エルルゥの祖母で村長でもあるトゥスクルは、青年に息子の古着を与えた。
エルルゥと妹のアルルゥは、そこに亡き父の姿を重ねてしまう......。
ある日、エルルゥの許婚で藩主の息子と名乗る男・ヌワンギが現れ、
嫌がるエルルゥを連れて行こうとするが、青年はその前に立ち塞がるのだった。

ムティカパによって、次々と村人たちの命が奪われていく。そして翌晩もムティカパは現れた。
静かになった頃合いを見計らい青年が様子を窺いに行くと、村人を喰らうムティカパが！
青年をかばうエルルゥとともににらみ合う形になるが、気まぐれか、ムティカパは去っていく。
拡大していく被害を前に為す術のない住人たち。だが、青年があることに気付く。
勝機が見えた青年はムティカパの退治を村人たちに提案する。罠へと誘導し、弱点をつくのだ。
それには囮となる者が必要だった。青年は自ら担う気でいたが、テオロが手をさしのべてくれた。
――すべてが終わり、彼は山里に迎えられたことを実感していた。そして、「ハクオロ」の名が。

夜、エルルゥに起こされたハクオロ。
トゥスクルが黒ずくめの人たちと村を出て行くところをみたというのだ。
様子を見にきたハクオロは、突然、背後から刃を突きつけられる。
ハクオロは抵抗を試みもみ合いとなるが、トゥスクルにそれを制された。
その言に相手は刀を納める。彼の名はオボロ。
妹ユズハの病のため、トゥスクルに度々往診を依頼していたのだ。
隠れるように住むオボロたちに違和感を覚えつつも、ユズハから懇願され、再びの逢瀬を約束することになる......。
一方、落人の流入などで山里の食糧が足りなくなっていた。
すでに財政までも任されていたハクオロの悩みは、取り立てられたはずの租が返されていたことで解決することになる。
何者が？
そしてオボロは宿敵である侍大将ベナウィと遭遇する。
馬上からの一瞥に、ハクオロに冷や汗をかかせた刃で渾身の一撃で斬りかかる！

倉に忍び込んだ賊を追って、藩主ササンテたちがヤマユラの集落にやってきた。
だがトゥスクルはまったく相手にしない。その態度に怒ったヌワンギは、彼女を捕らえる指示を出す。
そのとき、ササンテに向けて石を投げる者がいた。
アルルゥだ。ムックルとともに反抗しようとしたアルルゥは、逆に兵士から切り付けられる。
あわやというとき、トゥスクルが身を挺してアルルゥを守り、背中に大きな傷を負う。
殺気立つ村人たちに身の危険を感じ、ササンテたちはその場から去っていった。
傷ついた祖母を必死に看病するエルルゥとアルルゥだが、トゥスクルの容態は一向に良くならない。
彼女はやがて苦しい息の下から、エルルゥやハクオロたちに静かに語りかけるのだった。

蜂起したハクオロたちの最初の戦いが終わった。
彼らは藩主の屋敷跡を整備して、陣を構える。
ここは戦場になるからと、エルルゥとアルルゥに集落へ戻るよう説くハクオロだったが、エルルゥは聞き入れない。
「だって私たちは......」
彼女の胸に、ハクオロの言った"家族"という言葉がよぎる。
そんな折、オボロが、ユズハを伴い、配下の一団を率いてやって来た。
彼はハクオロの前に、生涯の忠誠を誓うのだった。
やがて迎える皇軍との戦いに備えて訓練を行う一方、近隣の集落に助力をもとめようと試みるハクオロたち。
しかし、叛乱軍の討伐に執念を燃やすインカラ皇は、残虐な方法で、容赦なく彼らを追い詰めようとしていた。
そして、凄惨をきわめる戦場で、ついにハクオロは、皇軍の侍大将ベナウィとあいまみえる！

インカラ皇の信頼を得たヌワンギは、兵を率い、村々への襲撃を続けていた。
一方、ハクオロのもとには、残った集落の村長たちが、傘下に加わるべく、集まりつつあった。
ある日、塀を上って屋敷に入り込もうとした男が捕らえられる。
商人と名のる胡散臭い男に、ハクオロは、水と食料を分け与え、すみやかに立ち去るよう伝える。
だが男は「ひとつご忠告を......」と、ハクオロに耳打ちする。
皇城攻略の策を練るハクオロたち。
"関所"の向こう側にある里との協力が不可欠と知ったハクオロは、この関所の襲撃を決断する。
決起に沸く一同の声を背にしつつ、エルルゥは、ユズハを見舞う。
薬を調合する彼女の気配に耳を傾け、いつもと違う音がすることで、ユズハは、エルルゥを気遣うのだが......。

ハクオロ軍は勢力を広げ、着々と、インカラ城のある皇都を取り囲みつつあった。
ある夜、エルルゥに乞われて、ハクオロはユズハのもとを訪れる。
戦いの中で、ついにハクオロ軍は侍大将ヌワンギを捕らえる。
縄を打たれ、まさに斬られようというそのとき、エルルゥが現れた。
かつての許婚の前で、自嘲の笑いを漏らすヌワンギ。
ハクオロは、捕虜の処置をエルルゥに委ね、彼女は決心する......。
決戦の時が来た。
ハクオロが鉄扇を振るう。「全軍進撃！」敵兵を一太刀で叩き切るオボロを先頭に、インカラ城へ攻め込む叛乱軍。
一方、インカラ皇の不興をかって投獄の身だったベナウィは、牢を抜け出し、
国と運命を共にする覚悟のもと、最後の戦いに赴くべく、ハクオロの前に立ちはだかる！

第二の戦いを経て、ハクオロは皇となった。やっと得られた休息...。
だが国家を統治する身の彼を待ち受けていたのは、膨大な執務の山である。
「...私の身体は一つしかない」
慣れぬ仕事に閉口しつつ、執政の毎日を過ごす彼のもとに、ある日、美しく気高い客人が現れる。
彼女の名はウルトリィ。
大神――"ウィツァルネミテア"を奉る神官とも言うべき一族の、皇女にして巫女、そして"調停者"。
が、訪問者は彼女だけではなかった。ある満月の晩、美しく光る湖で、ハクオロは妖しくも幻想的な情景を目撃する...。
使節の訪問をきっかけに、アルルゥ、そして病床にあったユズハにも変化が生じていく。
思いがけず与えられた穏やかな日々。ハクオロは願わずにはいられない。
「こんな日が続けばいい...」

突如、大国の使者が訪れる。
「天子ニウェに絶対の忠誠を誓え！」
迫る彼らの無礼きわまる態度にも、終始冷静に従うハクオロ。だが彼は悟っていた。開戦は避けられない、ということを...。
ハクオロの"トゥスクル国"に対し、ニウェの大国 "シケリペチム"、その国力差は、兵力にして約十倍...。
無抵抗なハクオロを「腰抜け」と蔑む家来の報告を一喝し、不敵な笑みを浮かべるニウェ。
「なかなか面白い男のようだな」
そして大国の進撃が開始された。その兵の数、およそ六千！
圧倒的戦力に対し、ハクオロは一つの "策"をもって、
部下となったベナウィ、クロウ、そしてオボロ、さらに、ある男に指示を与える。
立ち聞きしたエルルゥは、その意味するところに慄然とする。
「ハクオロさん、...いったい、何を？」

人を売り買いすることで悪名高いある国の貿易船が、暴風のため難破した。
その船底の檻から逃れ、ただ一人生き残った女、その名はカルラ。
首に鎖を付け、檻に繋がれた彼女らを、沈没する船に置き去りにして逃げようとした船員たちは、
彼女によって皆殺しにされたのだ。
救難のため駆けつけたクロウとオボロは、素手を血に染め気を失ったカルラを助ける一方、その凄腕に驚く。
牢の中で目覚めたカルラは、しかしやすやすと牢を破ってハクオロの前に現れる。
「私をナ・トゥンクに引き渡すのかしら？それとも斬り捨てるおつもり？」
彼女の問いかけに、ハクオロは意外な答えを返す。驚くオボロたち、そしてカルラ自身も。
そんな折、ウルトリィが妹のカミュを伴い、ある使命を帯びて、再びハクオロのもとを訪れる...。

ハクオロはウルトリィを使節とし、ニウェに対抗すべく近隣諸国と同盟を結ぶ。
容易に攻め込まれぬよう兵力を拮抗させるためだ。
だが、その"調印の儀"が行われているさなか、ヤマユラのテオロが敵襲を知らせるべく、駆け込んできたのだ。
集落の皆の身を案じるハクオロに、「心配すんな、負けんなよ」と拳を上げてみせるテオロ。しかし...。
ウォプタルを駆り、敵騎馬兵の一団が城門をめがけ、全速で突っ込んでくる！
守備兵たちが防壁を展開、足止めされた敵一群に、ドリィとグラア率いる弓矢兵が矢を放つ！
だが屍を踏み越え、残った敵兵たちはさらに無謀な突撃を試みるのだ。
絶命直前、敵が吐いた呪詛のことばに、慄くハクオロ...。
悲しみと憎悪が、ハクオロを、エルルゥたちを、容赦なく切り裂いてゆく。

「裏切り者よ！その罪、死をもって償うがいい！」
ハクオロを罵り、彼に向かって突き進む敵将オリカカンと騎馬兵。
そのとき、カルラの振るった大太刀が、敵兵を真っ二つに切り裂いた。
しかし、敵将に助太刀する誇り高き武人、女剣士トウカの刃が閃光を放ち、あわや、カルラの首輪をかすめる！
「悪漢に与するとは...！その剣が泣いているぞ！」叫ぶトウカ。
自分自身が行なったという残虐行為を聞かされ、過去の記憶を持たないハクオロは、疑惑と苦悩に苛まれる。
そんな彼を案じるエルルゥに、ハクオロは自分の名をもう一度呼ぶよう、請うのだった。
敵の先手を打つべく山深い渓谷に赴いたハクオロたち...。
そこで再び、オボロ、カルラの剣と、トウカの刃が火花を散らす。義はどちらにあるのか！？

正義を何よりも重んじる"エヴェンクルガ"のトウカが敵方についていることで、トゥスクルの兵や民たちに動揺が走る。
自分が何者かわからぬ不安から逃れるように、ハクオロは、毎夜、酒を飲んでいた。
エルルゥはそんな彼を優しく叱り、励ます。
「君はどうして、私を支えてくれるんだ？」問うハクオロに、エルルゥは赤面しつつ
「憶えていますか？...」と、あることを尋ね返すのだった。
少数の騎馬兵を率い、決戦に赴くハクオロたち。オリカカンの軍と対峙した彼らの前に、またしてもトウカが現れる。
「命が惜しくば道を開けろ！」叫び、駆け抜けるトウカ。
「相手にとって不足はねぇ！！と」迎え撃つクロウ、そしてオボロ。
激しい剣戟を尻目に、オリカカンはハクオロを追う。
「追いつめたぞ、ラクシャイン！」

シケリペチムの軍勢が再び国境を越え、トゥスクル国への進撃を開始した。
オボロやカルラたちの活躍によって、いくつかの戦いで勝利を収めつつも、
敵の襲撃は日を追って増えていき、犠牲者も相当数にのぼって行く。
しかし、なぜか一気に攻め込んではこない敵の企てを、ベナウィは見抜く。
こちらから攻め込むべき、と息巻くオボロに、「今は待て。私を信じてほしい」と制すハクオロ。
そのころニウェは精鋭の兵を集め、さらに彼らに対し何らかの施術を行っていた。
そしてニウェの傍らには、謎の男の影が...。
「ハクオロとか言ったな。...待ち遠しいわ。わしの期待に必ずや答えてくれよう」
...不気味に笑うニウェ。
やがてトゥスクル兵たちの消耗が限界に達しつつある頃、ついに、シケリペチム軍の総攻撃が始まった！

シケリペチムを迎え討つべく、兵を率いて国境へと向かったベナウィたち。
川を挟んで対峙しているはずの敵軍の姿は、濃い霧に覆われて見えない。
しかし、やがて霧が晴れていったとき、そこに、オボロとクロウは信じられない数の軍勢を見た。
水しぶきを上げ、雄叫びとともに、敵騎兵隊が突進する。
「掃射！」
ドリィ率いる弓矢兵から放たれた無数の矢が、シケリペチム兵の上に雨のように降り注ぐ。
一方、ハクオロは、エルルゥとカルラ・トウカを伴い、シケリペチム本国にあるニウェの城を目指す。
それを察したニウェは皇の間でハクオロを待ち構える。
「...臭う、臭うぞ、獣の臭いがな！」
そして城の門を突破したハクオロたちの前に、３人の猛者が立ちはだかるのだった。

戦が終わり、戦火の蹂躙を受けた土地にも、復興の槌音が響く。
集落には子供たちの笑い声が戻り、戦士たちにも休息のときが訪れた。
しかしハクオロの脳裏からは、あの戦いのおぞましい記憶と、
ニウェが自分に向かって放った"言葉"がいつまでも去らない。
苦悩するハクオロに、エルルゥは優しく声をかけ、かいがいしく世話を焼く。
「ハクオロさんは働き過ぎなんですよ。少しは休んだ方がいいと思います」
焼け野原と化した一方の国の皇都は荒廃を極めており、再建は困難とされた。
廃墟の光景には、さらに忌まわしい記憶が呼び覚まされる。
そんな折、カミュの身にちょっとした異変が起きる。そして、彼らを、ひそかに見つめる人影があった...。

エヴェンクルガの武人・ゲンジマルがハクオロに引き合わせたのは、仮面を被ったクンネカムンの皇、クーヤだった。
偉業に反し朴訥と己を語るハクオロと、腹を隠さぬ物言いのクーヤは、互いに好意と関心を抱く。
だが短い会見の内に、民の大神と聞かされてきたウィツァルネミテアが、
彼らシャクコポル族にとっては忌むべきヌグィソムカミであることを知ったハクオロは、心に拭えぬものを覚える。
漸く平穏を取り戻したトゥスクルの城下。
つい酒を過ごし二日酔いに苦しむオボロや、商人チキナロが持ち込んだ霊獣ミキュームをめぐる思わぬ騒動・・・。
そんな彼らの騒ぎに閉口しつつも一時の安らぎを得るハクオロの下に、
再びクーヤの使者ゲンジマルが遣わされて来た・・・。

かつてカルラが囚われていた國ナ・トゥンクで叛乱の火の手が上がった。
カルラは叛乱への支援を乞うが、トゥスクルを更なる戦禍に巻き込みたくないハクオロはその願いを一度は断る。
「私の全てを差し上げますわ。」
居を正し、ハクオロに迫るカルラ・・・。そしてその場をエルルゥが見てしまい・・・。
強引なカルラの手管に観念し、ハクオロは、カルラやエルルゥ、ウルトリィ、トウカたち共々、ナ・トゥンクへと旅立つ。
目的地に着いた早々、一行は叛乱の頭目デリホウライとまみえる。そこに敵の襲撃が・・・。
デリホウライの言動を聞きとがめたカルラは、その度量の狭さを諌め、彼を叩きのめす。
そのころナ・トゥンクの城では、皇スオンカスが、廻らした奸計に、ほくそ笑んでいた。

ハクオロの一行は傭兵としてデリホウライの隊に加勢し、共に収容地を襲撃してケナムの解放に成功する。
だがナ・トゥンクの軍勢を相手に兵力の少なさは否めず、本陣たる皇の居城を攻める決め手に迷うハクオロであった。
そんな時、カルラの示唆で少数なら地下水路より城内へ忍び込めることが判明、デリホウライは決戦を決意する。
部下たちの尽力により、遂に皇の間へとたどり着くデリホウライとハクオロたち。
そこで相対したのは、死者を苗床に咲かせた白き花園にまみれる酷き皇の姿であった。
全てはカルラを引き寄せ、迎え入れるための策略だったとうそぶく皇スオンカスと、それをはねつけるカルラ。
二人の言葉から、自らもあざなわれた因縁の全貌を知ったデリホウライは・・・。

トゥスクル城に侵入した賊の正体はゲンジマルの孫、サクヤだった。
彼女がクーヤの使いであることをいち早く見抜いたハクオロは城の者に気づかれぬようクーヤと密会するが、
その用件とはサクヤをハクオロの側室に差し出すことであり、更にその場をエルルゥに見られてしまう。
別れ際に若き皇が残した言葉の通り、クンネカムンには戦雲が近づきつつあった。
攻め込むエルムイに同盟する大國ノセチェシカの軍力は圧倒的だったが、
噂に囁かれていた大いなる力、"アヴ・カムゥ"を駆使するクンネカムンの軍勢の前に脆くも討ち果たされる。
驚異の戦果の中、自ら血にまみれた皇クーヤが押し隠す心を、ハクオロだけは見通していた。
そしてその懸念通り、戦雲は未だ晴れてはいなかった・・・。

侵攻の軍勢を阻むに留まらず、その民をも剣にかけエルムイを滅ぼしてしまった臣下ハウエンクアを一喝しつつ、
後顧の憂いをなくす為に天下を統一すべきと云う部下ヒエンの言葉に揺れるクーヤ。
一旦は自國の守りに専念することを銘ずるものの、次々と押し寄せる他國の侵攻に虐げられるクンネカムンの民の声に、
遂には天下統一に打って出ることを決意する。
クーヤ宣戦布告の報に、国境の守備を固めるハクオロ。
そしてウルトリィとカミュは、クンネカムンが故郷オンカミヤムカイへ侵攻したことを聞き心を痛める。
オンカミヤムカイは、迫るアヴ・カムゥの脅威に対し、超絶の力"大封印"を以って迎え撃つ。
だが戦場には、暗躍するディーの陰が忍び寄っていた・・・。

クーヤからハクオロ確保の命を受けたアヴ・カムゥ隊が、トゥスクル城に侵入した。
迎撃するベナウィたちの健闘虚しく、その圧倒的な力の前に劣勢は明白だった。
策を講じたとするハクオロは部下たちに撤退を命じ、自らは敵を引き付ける囮となるが、
それこそ無策のハクオロに出来る唯一の戦略であった。
狂気に満ちた敵先兵ハウエンクアのアヴ・カムゥに蹂躙されるハクオロ。
その脳裏に突如、失われた記憶の断片が浮かぶ。そこへムックルを駆るアルルゥが現れ、
ハウエンクアに挑むが哀れにもその爪にかかり、茫然自失となったハクオロ共々踏み潰されたかに見えた。
その時、ハクオロに戦慄の変化が生じた。そして駆けつけたエルルゥの内にもまた、
悲劇を目前に、忌まわしき記憶が蘇えっていた。

ヒトの戦闘力を大きく凌駕するはずのアヴ・カムゥが破壊され、ハクオロ捕獲に失敗したと聞き大きく動揺するクーヤ。
ゲンジマルは、クンネカムンの破滅を避けるため全土統一の意を翻すよう諫言するが、
それに反目するヒエンの言葉を借りるまでもなく、幼き皇の苦渋の決断にもはや撤退はなかった。
一方、大きく戦力を失ったトゥスクル軍は戦略に窮し、
またハクオロとエルルゥは甦りつつある記憶にそれぞれ苦しんでいた。
そこへゲンジマルとサクヤが、追撃するアヴ・カムゥをかわし、参じて来る。
主を憂えて救いを求める二人の忠節を汲んだハクオロは、クンネカムンへの進撃を決め、
その為に各部族を束ねられる唯一の者、オンカミヤムカイの賢大僧正、
囚われしワーベの救出に乗り出す。

新たな賢大僧正ウルトリィの号令の下、
同調した各勢力を伴い攻めるトゥスクルの前に、クンネカムンも陥落しつつあった。
だが城下に達した一同は突如現れた仮面兵に襲われ、
更にハクオロとゲンジマル、エルルゥはディーの力によりクーヤの下へと転送される。
敗戦を前に決死の覚悟で挑んで来るクーヤに対し、ハクオロはゲンジマルの手を借りてそのアヴ・カムゥを討つ。
そして駆けつけた仲間たちの前で自らをクーヤの刃に晒し、頑なだった彼女の心を諭すことに成功する。
漸く決着がついたかに見えたが、それが最後の戦の幕開けであることをハクオロは悟っていた。
ハクオロが真に相対すべき相手・ディーがヒエンとハウエンクアのアヴ・カムゥを従え、
遂にその姿を一同の前に見せる・・・。

ゲンジマルは散り、全てを失ったクーヤは我を失い、クンネカムンの城下は炎に焼かれた。
争乱の救われぬ顛末に慄然とするハクオロだったが、現世をさまよう旅に決着をつける覚悟を決める。
覚醒した"ムツミ"に身を奪われたカミュを取り戻すため、そして分かたれた自身の本性が仇なす宿業を収めるために、
ディーの居所オンカミヤムカイの宗廟へ独り発とうとするハクオロをしかし、
長く苦楽を共にして来た仲間が見過ごすはずもなかった。
オボロに、ベナウィに、クロウに、カルラに、トウカに、そして全てを見とってきたウルトリィに守られ、
己が分身ディーと我が子ムツミに対峙したハクオロは今、
心のままに添うてきたと告げるエルルゥの目前で魔獣と化し、最後の戦いに挑む。

魔獣となり、持てる力を解き放って戦うハクオロとディー。
壮絶な争いの中、因縁の始まりの全てを思い出したハクオロは、
自らの子であるヒトたちへの干渉を繰り返してきた自分らの業を押し留めるため、
分身ディーを取り込みひとつの存在へと戻る。
全てを受け容れなお慕うアルルゥとエルルゥに別れを告げ、
ハクオロの正体を知った仲間たちの前で、自身をウルトリィに封印させるハクオロ。
その意思に従いムツミも、カミュから抜け出てその体を返す。
ヒトの世に下された禍の元凶が今、自ら眠りに就こうとしていた。
しかしなお抑えきれぬ性、ディーがその身から抜け、封印から逃れようと最後の足掻きを見せる・・・。