巨大な鬼の襲撃をプロトゲッターで迎え撃ち、何とか撃退に成功した早乙女博士たち。
だが、鬼達の更なる襲撃に備え開発したゲッターロボのパワーは桁外れで、御せるパイロットがいなかった。
歌舞伎町でオンボロ空手道場を営む流竜馬に目をつけ、その力を試すべく3人の刺客を送り込む早乙女。
その鬼神の如き戦いぶりを見て、竜馬こそがゲッターロボのパイロットにふさわしいと確信した早乙女は、
竜馬の不意をつき麻酔銃で彼を眠らせ、研究所へ連れ帰る。
やがて目覚めた竜馬が目にしたものは、伝説の生物・鬼の死体だった！

防衛庁特殊兵器管理センターが襲われた。リーダーは革命組織を束ねる男・神隼人。
ゲッター線の武器使用に関わる機密に触れた隼人は早乙女研究所の存在をかぎつけ、襲撃を実行する。
その能力の高さに興味を覚え、隼人の力を試すべく竜馬を差し向ける早乙女。
互角の攻防が続くその戦いの最中、早乙女研究所は鬼の襲撃を受ける。
現れた鬼を次々と倒していく隼人をみて、早乙女博士は確信する。隼人こそはゲッター2人目のパイロットだと。
竜馬・隼人・早乙女の3人が乗り込み、ついにゲッターロボが始動する！

大江山のほど近くに、巨躯をもてあます暴れん坊の少年がいた。名を武蔵坊弁慶という。
寺に引き取られてから数年、大雪山で平穏な日々を重ねていた弁慶に、ある日異変が襲い掛かった。
その寺を鬼が襲撃したのである。
住職の機転で何とか寺を脱出した弁慶は、逃げ込んだ山でイーグル号の故障で不時着した竜馬と出会う。
機械イジリに自信のある弁慶がイーグル号の修理を行っている時、またも鬼が弁慶たちを襲ってきた！
まるで弁慶のもつ刀を狙っているかのように。目にした鬼の中に大恩ある住職の姿をみつけた弁慶は・・・。

遂にゲッターロボのパイロット３人が揃った。
だが、個性派揃いのためチームワークは最悪で、訓練中にも喧嘩を始める有様。
一方、早乙女博士とミチルは鬼の研究に没頭するが、鬼の正体の見当がつかず苛立っていた。
そんな折、またも現れた巨大な鬼。竜馬・隼人・弁慶の３人がゲッターロボで迎撃し、ゲッタービームで撃破する。
だが、早乙女は疑念を拭えなかった。３人の力がシンクロしないとその本領を発揮しないゲッターロボ。
チームワークが最悪の現在、ゲッターは本来の力を全く出せていないハズなのに、何故・・・？

鬼を探し空飛ぶゲッターロボ。だが、不意に現れた鬼の攻撃で肩にダメージを負ってしまう。
激しい攻防の末に鬼を追い詰めるゲッターロボだが、突然、空間に巨大な渦ができ鬼に逃げ込まれてしまう。
基地帰還後、隼人は地下ドッグで不思議な光を見る。
その青い鬼火のような光は、破損部より洩れた残留ゲッター線の連鎖による光であった。
その光を楽しげな笑みを浮かべて見つめる隼人。その時、鬼襲来の警報が鳴り渡る。
三人はゲッターロボで迎撃し鬼にダメージを与える。
止めを刺そうとしたその時、またもできた渦の中に逃げ込みを図る鬼。
今度はゲッターロボも後を追い渦の中に突っ込んでいく。その先には何が！
そしてゲッターロボはどうなってしまうのか・・・!?

夜の野原で意識を失っていた竜馬が目を覚ます。
ここは鬼の都「黒平安京」であり、鬼を操り都の平安を乱す者こそ安倍晴明という男であった。
その時、上空に木造巨大戦艦が現れ、湖上の島に向けて飛んでいくのを見る竜馬。
その艦内では源頼光が指揮を執り、晴明に戦いを挑む。しかし晴明の大きな力によって跳ね返されてしまう頼光。
炎上する戦艦から逃げ出した頼光はそこで竜馬と出会う。頼光は竜馬を鬼だと誤解し有無を言わさず斬りかかっていく。
一進一退の激しい戦いを繰り広げる二人だが、最後は回りを囲まれて捕らえられる竜馬。
同じ頃、農村の荒れ寺で隼人と弁慶が出会っていた。この先、竜馬・隼人・弁慶の三人は出会うことができるのか・・・!?

山腹より姿を現したゲッターロボを起動させようとする隼人と弁慶だが、鬼が攻撃を仕掛けてくる。
すかさずゲッターロボで応戦する隼人。だが、３人揃わないためかいつものパワーが出ず、苦戦するゲッターロボ。
何とか鬼を倒したが、荒い息をつき声も出ない隼人と弁慶。一方竜馬も、鬼との激しい攻防を続けていた。
頼光から受け取った刀で、竜馬は全ての鬼を斬り倒す。それを見ていた頼光は竜馬に晴明打倒の協力を要請する。
しかし竜馬は自らの信念のもと一人で黒平安京へと向かう・・・。

頼光率いる空中艦隊を多数の鬼が襲い掛かるが、戦艦から放たれた砲弾が鬼を撃ち落としていく。
だが、晴明の攻撃で戦艦が炎に包まれたため脱出し晴明のもとへ向かう頼光。
やがて晴明のもとへと辿り着いた頼光は晴明に斬りかかっていくが跳ね返されてしまう。
そこにゲッターロボを降りて駆け込んできた竜馬と弁慶が現れ、倒れている頼光を見つける。
竜馬と弁慶はそれぞれ晴明に突っ込んでいくが、晴明の放つ光弾を浴び簡単に弾かれてしまう。
その時、倒れている頼光のもとに弁慶の刀が転がってくる。その刀を見た頼光は・・・。

要塞化した研究所からの攻撃を受けるゲッターロボ。突然のことで戸惑う竜馬達だが何とかその場は収まる。
竜馬達がいなかった３年間は鬼の襲来はなかったと語るミチルだが、それでも早乙女の命により研究所を要塞化したというのだ。
その早乙女は地下でゲッターロボのポテンシャルを引き出すための新しい炉心を開発していた。
新炉心の力を試すため竜馬ひとりをゲッターロボに乗せる早乙女。
限界を超えた速度に達したゲッターロボは制御不能に陥り、竜馬とゲッターロボは光とともに消えてしまった・・・。

荷物を背負い研究所を後にした竜馬は新宿にいた。そこで自分の道場が目の前で崩されていくのを見る竜馬。
組事務所でヤクザ相手に暴れまわる竜馬だがいつもの調子がでない。
その頃、研究所では晴明が上空に現れたがすぐに空に溶け込むように消えていった。
隼人は地下にいる早乙女のもとへと向かい、ゲッターロボの存在と鬼の襲来の因果関係について問い詰める。
だが早乙女はそれには答えず、部屋中に鬼火が飛び回るのを薄笑いを浮かべて見つめるのみ。
その時、再び晴明が現れたが、今度は研究所ではなく何と竜馬がいる新宿上空であった・・・。

晴明ロボを倒したゲッターロボ。
しかし、この戦いでゲッターロボの変化に気付いた隼人は、基地に戻りゲッターロボの出力値グラフを調べる。
本来、ゲッターロボの力は三人の力のシンクロに左右されるものであったはずが、
炉心を変えてからは竜馬単独の時の方が圧倒的な力を発揮するようになっていた。
竜馬とゲッターロボの関係は？ そして地下のゲッター線との関係は？
その時、爆弾のケースを抱えた弁慶が決意の表情で現れ、バズーカを所員の方に向けたのだった・・・。

突如、天空より「神」と名乗る四つの影が現れる。
それに対抗するため地中から次々と無人のプロトゲッターが這い出てきて四天王に攻撃をする。
しかし、四天王は向かってくるプロトゲッターを軽々と倒していく。
最後の一体が倒れたその時、ついにゲッターロボが四天王の前に降り立つ。
だが、四天王の圧倒的な力の前にまるで歯が立たないゲッターロボ。
それを見た早乙女は、あるひとつの決断をする・・・。

地底から噴出したゲッターエネルギーによって破損部分も元に戻り、力もみなぎるゲッターロボ。
その溢れる力でパワー・スピードとも以前とは桁違いとなり、増長天・広目天・持国天の三神を次々と倒していく。
そして残る一神・多聞天が光を放つ火口に降下していくのを見た竜馬・隼人・弁慶は、すぐさま後を追い火口に突入する。
地の底のマグマにも構わず突き進んでいくと、辿り着いた先はゲッターエネルギーに満ちた宇宙であった・・・。