異世界＜アレイザード＞で魔王を倒した"はぐれ勇者"凰沢暁月はついに元の世界への帰還を果たす。
傍らに魔王の娘・ミュウを連れて･･･。
日本へと戻ってきた彼らを待っていたのは、異世界から帰還した若者の保護を目的とした国際機関「BABEL」への入学であった。
暁月の行方不明の妹・美兎として学園に通うことになったミュウであったが、入学直前に身体検査という難関が待ち構えていた。
異世界の人間であることがバレてしまわないかと不安がる美兎。だが、その不安をよそに身体検査は着々と進んでいき･･･
最後の検査、二人の実力を見るための模擬戦闘へとたどり着いてしまうのであった。

BABELへの入学初日の朝を迎えた暁月は、寝ぼけて美兎をベッドに押し倒すどころか服も脱がせてしまう。
それに驚いた美兎は、近くにあった時計で暁月の頭を殴ってしまう。
そんな、朝を迎えた2人は、教室へと向かう途中、生徒たちの視線が自分たちに集められていることに気づく。
その視線に気づきつつも、堂々としていればいいと教室の空いている席に勝手に座ってしまう。
その席の主である鬼塚がそれに気づくと、逆上し襲いかかってくるが、
暁月は、周りがやりすぎだと思うほど簡単に返り討ちにしてしまう。
その騒動を聞きつけてやってきた風紀委員に生徒会室へと暁月は呼び出しを食らってしまう。

ここ最近の暁月の素行の悪さが原因で、暁月のクラスの委員長である葛葉は生徒会室に呼び出されてしまう。
生徒会室から戻ってきた葛葉は千影や美兎に冷たく接してしまい、その態度に美兎はうなだれてしまう。
その様子を見ていた暁月は、偶然を装って葛葉へと近づき、葛葉が生徒会から呼び出され、何を頼まれているのかを言い当てる。
どんなに勉強ができても、大人にはなれないと言い残し立ち去ろうとする葛葉を暁月は強引に、まんが喫茶のカップルルームへと連れ込む。「俺がおまえを大人にしてやるよ。」と暁月は、怯える葛葉に迫ろうとする。

制御不能となったコカトリスによって、石化してしまった千影と葛葉。
そして、その２人を守ろうと必死に戦っていた美兎の前に暁月が現れる。
コカトリスを前に暁月は、A.Dによって、巨大な剣を具現化し、制御不能となったコカトリスすら簡単に倒してしまう。
石化していた千影と葛葉は、コカトリスを倒したことで、元の姿へと戻っていき、事情が飲み込めない２人に、
美兎は喜びのあまり抱きつきにいく。
そんな中、コカトリスのプログラムを書き換えた人間が誰であるのか見当がついている暁月は、焼却炉にて待ち構える。
そこに、プログラムルームのマスターキーを捨てに来たのは、意外な人物であった...。

暁月に握手を求めておきながら、殴りかかってきた男は、自称高等部Aクラスの万年落ちこぼれ海堂元春と名乗る。
海堂は、意味深な言葉をつぶやき、暁月に会わせたい人間がいるから次の月曜日に付き合えと強要する。
そんなことがあった日の夜、コンビニで買い物をしていた暁月と美兎は、美兎のサイズに合った下着がないという話になり、
ショッピングモールへ買いに行こうということになる。
千影と葛葉を加えた一行はショッピングモールを訪れ、美兎は初めて訪れたショッピングモールに驚きを隠せない。
さっそく美兎は、下着売り場へと向かい下着の試着を行うのだが...。

学期末試験の帰り道、暁月たちの前に突然あらわれた海堂。
彼は先日の約束だと言い、暁月一人を連れ出してしまう。
海堂に連れられBABEL研究区画のとある建物にやってきた暁月。
自動車工場にしか見えないその工房の片隅にあったのは、一台のバイクであった。
乗り手を自ら選ぶという精霊駆動式バイク"スレイプニル"。
不用意にスレイプニルに触った暁月は雷でその身を弾き飛ばされてしまう。
盛り上がる海堂にたいして、まったく興味を示さない暁月であったが、工房の主である久保田博士から、
スレイプニルが唯一主と認めるのは暁月の父だけだ聞くと、態度を急変。
スレイプニルを乗りこなそうとするが...。

暁月が飛ばされていた異世界アレイザードでは、かつて魔王と戦った三国同盟の首脳会談が行われていた。
魔王の娘が別の世界で健在であるという情報がもたらされたのだ。
通常であれば考えられないことであったが、その真偽を確かめるべく追っ手を差し向ける事が決定される。
一方、暁月たちや生徒会メンバーは、テロ事件で助けた親子からのお礼でビーチへ遊びに来ていた。
何やらイベントスペースに人だかりができていることに気づく一同。
偶然イベントスタッフのバイトをしていた海堂によれば"渚の水着鬼ごっこ！"というイベントが始まるのだと言う。
暁月たちも参加することにするのだが...

アレイザードから送り込まれた追っ手フィル・バーネットが異界の門をくぐり、美兎の捕縛へと動き出す中、
BABELではついにランキング戦が開始される。
生徒会長である京也とランキング戦最終日の闘いを約束した暁月は、美兎、葛葉、千影とともに、
順調にバトルロイヤルを闘い抜いていた。
だが、初日の夜、暁月たちの下に京也を除く生徒会の面々が現れる。
暁月一人を連れ出した遥たち。遥は様々な想いを込め、一対一の闘いを挑むが、暁月の強さに圧倒されてしまう。
暁月の強さを認めた遥は、己のプライドよりも生徒会として守ってきたBABELの秩序を守るため、
美奈巳、遼平と共に暁月へと挑むのだが...。

生徒会の面々に連れ出された暁月を心配し、彼を追おうとした美兎たちの前に現れたのは
アレイザードから来た追っ手フィル・バーネットであった。
一方、生徒会との闘いの最中、異変に気がついた暁月は急ぎ美兎たちのいる野営地に戻ったが、
そこには激しい闘いの跡しか残されていなかった。
暁月は気の力で葛葉と千影を見つけることができたが、葛葉をかばった千影は重傷を負い、
葛葉も辛うじて意識を保っている状態であった。
葛葉から美兎がフィルをひきつけるため一人逃げいていることを聞いた暁月は、
葛葉と千影、他の生徒たちの救援活動を遥たちに任せ、一人で美兎を追いかけるのであった...。

窮地に陥った美兎の元に駆けつけた暁月が見たのは彼女の涙であった。
フィルに戦いを挑んだ暁月は、美兎たちを圧倒したフィルとも互角以上の戦いを見せる。
だが、美兎を人質に取ったフィルに武器とADを捨てるよう要求されてしまう。
素直に要求に従う暁月であったが、フィルの"意志"を聞くと、素手のみでフィルを打ち負かしてしまうのであった...。
しかし、戦いが終わると、突然、美兎が何処かへと走り出してしまう。
魔王の娘である自分が生きている限り、アレイザードでも、この世界でも無関係な人を巻き込んでしまう
――そう思い悩んだ美兎は、すべてを終わらせるため、滝へと身を投じるのであった...。

結界が解けてしまった混乱から未だ回復しないBABELに地を震わすような咆哮が響く。
それはアレイザードの邪竜ザッハークの咆哮であった。
ザッハークと契約を交わし、その力を得たフィルが自らの体をザッハークのそれへと変化させたのだ。
美兎を救うため闘いを挑もうとする暁月であったが、フィルとの戦いで受けた毒が抜け切れず、
身体が言うことを聞かない状態になってしまっていた。
ザッハークを倒すことができるのは暁月だけだと、暁月の回復の時間を稼ぐために囮となる美兎。
遥たち生徒会の面々、傷を負いながらも美兎と暁月を救うためにやってきた葛葉、千影も合流し、ザッハークに挑むが...。

武器を失っても、素手のみでザッハークに挑もうとする暁月。そんな暁月の無茶な行動を美兎は止めようとする。
― 今だ。お前が俺を信じるのは、今だぜ。 ―　
暁月は、美兎にそんな言葉をかけ、美兎はその言葉を信じて自分のADを暁月へと差し出す。
遥からも、ADを受け取り、再び武器を顕現した暁月は、ザッハークへと渾身の一撃を振るい、
フレアブレスを放つザッハークごと真っ二つにしてしまう。
一方でアレイザードでは、会議中のリスティたちに、山の主であったザッハークが死んだことにより
秩序を失った魔族たちが争い始たこと、そして、国境沿いに駐留していた部隊が魔族に壊滅させられたことが伝えられる。