ある雷雨の夜、馬車事故に遭った英国貴族のジョースター卿。
偶然その場に居合わせたブランドーは、自分が命を救ったようにふるまい恩を売りつける。
それから12年、ブランドーの死後、その息子であるディオがジョースター家に招かれた。
ジョースター卿の子ジョナサンは、同い年のディオと仲良くしようとするが、強く拒絶されてしまう。
さらに、優秀なディオと何かと比較されて落ち込むジョナサン。そんな中、ある少女と出会い......？

大学生となったジョナサンとディオ。
ジョースター家の正式な養子となっていたディオは、かねてから進めていたジョースター家乗っ取り計画、ジョースター卿の毒殺を目論む。
一方、偶然ブランドーの手紙を発見したジョナサンは、父が衰弱していく原因が毒ではないかと疑い、調査のためロンドンへ向かうことに。
それを知ったディオは、彼を秘密裏に始末するため、ジョナサンが研究していた謎の仮面「石仮面」を利用しようとする。

解毒剤の入手に成功し、屋敷に戻ったジョナサン。
ディオの行った悪事を暴き、彼を追及するジョナサンに、殊勝な態度で反省をみせるディオ。
だが、ジョナサンに同行していた暗黒街出身の男・スピードワゴンは、ディオに対し「こいつは生まれついての悪だ」と断じて警戒を促す。窮地に陥ったディオは、自ら石仮面をかぶることで「人間を超越」しようとする。
そして、血を求めて狂暴化したディオの爪がジョナサンに襲いかかる......！

ディオとの戦いで重傷を負ったジョナサンは、再会したエリナの手厚い看護で傷と心の両方を癒す日々。ある日、惨劇の現場である屋敷跡を訪れたジョナサンは、発見されなかった石仮面を案じながらも、事件を忘れようとする。だがその帰り道、ツェペリと名乗る男と出会い、彼の運命は再び大きく動き出す。一方、ロンドン中を恐怖に陥れていた殺人鬼・切り裂きジャックの前に、車椅子の男が現れる。その男は屋敷で死んだはずのディオ......！

険しい断崖に囲まれた町、ウインドナイツ・ロット。町の外れにたどり着いたジョナサン一行は、スリの少年ポコと出会い、ついにディオ本人との対面を果たす。暴帝としての貫録を見せるディオに波紋攻撃を繰り出すツェペリとジョナサンだったが、ディオの気化冷凍法により、波紋エネルギーを封じられてしまう。さらにディオは、ゾンビ化した伝説の騎士・タルカスとブラフォードを招喚すると、ジョナサン一行にけしかける......！

ジョナサンとブラフォードの死闘が続く。これまでの闘いでジョナサンから勇者の素質を感じ取ったブラフォードは、互いの最大を尽くした闘いを要求。死闘の末、ジョナサンの波紋で人間としての痛みと高潔な魂を取り戻したブラフォードは、ジョナサンに「幸運と勇気の剣」を託して消滅する。改めてディオへの怒りを燃やすジョナサンたちに、タルカスの刃が迫る。一行は、かつて騎士たちの修練場として使われていた遺跡に逃れるが...？

ポコの勇気ある行動によって、ジョナサンが捕らわれた双首竜の間への扉は開かれた。すぐさまジョナサンの救出に向かうツェペリだったが、その脳裏にあったのは、かつての師であるトンペティから告げられた「死の運命」――！その運命が示したように、タルカスの必殺技によって胴体を両断されてしまうツェペリ。だが、自らの意志を込めた究極の波紋「深仙脈疾走」を繰り出し、瀕死のジョナサンに新たな力を与える。波紋エネルギーの相乗効果でさらなる強さを得たジョナサンの、怒りと悲しみに満ちた反撃が始まる......!!

修練場からの脱出後、ツェペリの師・トンペティとその弟子たちと合流したジョナサン一行は、町民たちのゾンビ化が進んでいることに焦りを隠せない。一方、ゾンビによる制圧を待つディオは、ポコの姉に自らの仲間となるよう誘いをかけるが、すげなく断られ怪人ドゥービーに襲わせる。その窮地を救ったのは、ジョナサンの一撃だった。再びディオと対峙したジョナサンは、多くの人々の想いを胸に、「幸運と勇気の剣」を携えて決戦に臨む!!

ついに、ディオとジョナサンの長き因縁に終止符が打たれた。死闘を終えたジョナサンは、自らを献身的に支えてくれた愛する女性、エリナとの結婚を迎える。アメリカ行きの蒸気船でハネムーンに出発したふたりは、幼少期の思い出を語り合いながら幸せなひとときを過ごす。だがその時、ジョナサンが倒したはずのディオの部下、ワンチェンを視界に捉える...！衝撃を受けつつ、彼を追って機関室に向かったジョナサンが目にしたものは...！

1938年、アメリカ――。亡くなった祖父の知己、スピードワゴンの誘いで、祖母エリナと共にロンドンからニューヨークに越して来たジョセフ・ジョースター。到着早々、トラブルに巻き込まれながらも、生まれつき備わる波紋の力と誇り高き血統の片鱗を見せるジョセフ。一方、遺跡調査中のスピードワゴンは、同行していたストレイツォの裏切りに遭っていた...！ストレイツォは瀕死のスピードワゴンに、石仮面と不死への憧れを語り出す。

ジョセフの前に現れたのは、吸血鬼となったストレイツォだった！機先を制して機関銃をブッ放すものの、全くダメージを与えられず戦慄するジョセフ。対するストレイツォは必殺の一撃で決着を狙うが、ジョセフのトリッキーな策で思わぬ反撃に遭う。手榴弾で木端微塵にしても回復してしまうほどの化物となった「波紋法」の後継者ストレイツォを相手に、ジョセフに残された手段はたったひとつの策のみ！そのとっておきの策とは...!?

ストレイツォが遺したメッセージ「柱の男」の謎を探るべく、一路メキシコへ向かったジョセフ。現地でスピードワゴンの生存情報を耳にし、思わぬ朗報に喜びを隠せない。一方、スピードワゴンが囚われている地下実験室では、ドイツ軍による「柱の男」の研究が行われていた。実験中、柱から分離した柱の男は「サンタナ」と名付けられる。その直後、石仮面の男を吸収してしまうほどの力を見せたサンタナは、さらに急速に成長し始め...。

ついにメキシコの地下研究所に辿り着いたジョセフ。「柱の男・サンタナ」との対面を果たし、互いに戦闘態勢へ突入。だが、ジョセフの波紋エネルギーはサンタナの身体に反発してしまい、外部からの攻撃は届かない。そこでジョセフは、サンタナの体内から直に波紋を流そうと苦肉の策にでる。しかし、吸血鬼をはるかに凌ぐ能力を持つサンタナにとってジョセフの波紋は致命的なものにはならず、驚異的な速さで回復をし始めてしまい...!?

サンタナ以外にも「柱の男」は存在する――。その事実を知ったジョセフは、シュトロハイムの遺言に従い、スピードワゴンと共にローマへと飛び立つ。そこで待っていたのはウィル・Ａ・ツェペリの孫、シーザーだった。直情型のジョセフと気障なシーザーは相性が悪いのか、互いに反目しあう。仲違いしたまま、ドイツ軍が発見した「柱の男」の元へと向かうふたり。一方、地下遺跡では「柱の男」が永い眠りから目覚めようとしていた...！

復活した「柱の男」――ワムウ、エシディシ、カーズの３人に友を殺され、怒りに震えるシーザー。満を持して必殺技「シャボン・ランチャー」を放つものの、ワムウの対波紋ワイヤーによって、あっけなく弾かれてしまう。彼ら「柱の男」たちは、2000年前から存在していた「波紋一族」との戦いで、波紋の対処法を学んでいたのだ。為す術もなく佇むシーザーに対し、ジョセフは新たな必殺技のお披露目を兼ねて、ワムウたちに戦いを挑む!!

再戦の誓いとして、心臓と喉に「毒の指輪」をはめられたジョセフ。33日以内にワムウとエシディシに勝たなければ、指輪の呪縛からは解放されない。だが、今の実力ではワムウたちに敵わないと悟ったシーザーは、ジョセフと共にヴェネチアにいる波紋の達人を訪ねることに。その達人は、リサリサと名乗る妙齢の美女であった。当初は彼女の実力を侮っていたジョセフもその強さを体感し、１か月の過酷な修業によりさらなる成長をめざす！

ジョセフに課せられた最終試練、それは師範代・ロギンズとの戦いに勝利すること。だが彼が向かった先の試練場に待っていたのは、ロギンズではなく「柱の男」、エシディシだった。エシディシは彼らが求めていた「エイジャの赤石」の持ち主がリサリサであることを知り、襲撃を仕掛けてきたのだ。予想外の展開に動揺しながらも、ジョセフはエシディシを阻止するため反撃を開始。成長したジョセフの波紋は、エシディシに通じるのか...!?

エシディシに勝利したジョセフは、状況報告のためリサリサのもとへ向かう。そこで、使用人のスージーＱがリサリサを襲おうとしている場面に遭遇。倒したはずのエシディシが彼女にとりついていることを知ったジョセフは、シーザーとの合体技でエシディシを消滅させる。だがエシディシは、すでに「エイジャの赤石」を仲間に送っていた。その送り先がスイスのサンモリッツであることが判明すると、ジョセフたちは急ぎ追跡を開始する！

「赤石」の送り先には、サンタナ戦で木端微塵になったはずのドイツ軍人シュトロハイムの姿があった。全身を機械化したシュトロハイムは、「エイジャの赤石」を求めて現れたカーズと戦闘を開始する。超人的な戦いを繰り広げるものの、「光の流法」を操るカーズはシュトロハイムを圧倒。死闘を見守るジョセフは、カーズが落とした「赤石」が雪面を滑りながら崖に向かうのを目撃すると「赤石」を回収すべく雪上を一気に駆けだした...！

シーザーの秘められた過去――。それは、シーザーの父・マリオを襲った悲劇の物語でもあった。ツェペリ一族の積年の恨みを晴らそうと意気込むシーザーは、父の仇であるカーズを倒すため、単身敵の拠点へと侵入する。だがそこに現れたのはカーズではなく「風の流法」を操るワムウであった。一族の誇りを胸に、ワムウとの戦いを始めるシーザー。ジョセフと共に過酷な修業を乗り越え、威力を増したシーザーの波紋がワムウに炸裂する!!

シーザーの死を悼む間もなく、ジョセフとリサリサはカーズとワムウが待つ部屋へと向かう。そこにはカーズたちの他に、100体もの吸血鬼が待ち構えていた。圧倒的な敵の数を前に焦りを隠せないジョセフだったが、リサリサはカーズに対し「エイジャの赤石」を賭けた決闘を申し出る。それに応じたカーズたちは、決闘の時間と場所を指定。それは満月の夜、「骸骨の踵石」と呼ばれる古代環状列石の場でデスマッチを行うというもので......？

ついに古代環状列石の闘技場にて、ジョセフ対ワムウの戦車戦が開始！様々な小細工でムウを出し抜いたジョセフは、第１レース目の武器、大型スレッジ・ハンマーの獲得に成功する。勢いに乗ったのも束の間、カーズをして「戦闘の天才」と称するワムウは、ジョセフの発想の上をいく策略でジョセフを迎撃する。ワムウの思わぬ反撃に、戦車から振り落とされ無防備となるジョセフ。絶体絶命という状況下で、ジョセフがとった行動とは!?

ジョセフとワムウの死闘も、両者が一歩も譲らないまま佳境へと突入。ジョセフの抜け目ない策略により致命的な一撃を受けたワムウは、最後の切り札として最終流法・渾楔颯を放つ。だがジョセフは、その攻撃をも逆手に取ることでワムウに勝利する。シーザーとの誓いを果たしたジョセフは、その場で「毒の指輪」の解毒剤を口にする。残るはリサリサとカーズの一戦――。一行は、次なる決闘場「ピッツベルリナ山神殿遺跡」へと向かう。

瀕死状態のリサリサをエサにして、ジョセフを心身共に追い詰めようとするカーズ。しかし騙されるより騙すことを得意とするジョセフは、絶妙な奇策を練り、死力を尽くした波紋攻撃でカーズを打ち破る。ここに、誇り高き戦士たちの戦いは終結を迎える。命を懸けてリサリサを守ったジョセフの精悍な姿を見守りながら、スピードワゴンは静かに彼らの過去を語りだす。それはリサリサとジョセフにまつわる、悲しく数奇な運命の物語――。

「エイジャの赤石」をはめ込んだ石仮面の力で、復活を遂げるカーズ。太陽を克服し「究極の生命体」となったカーズは、もはや無敵状態。圧倒的な実力差を感じ、一目散に逃走を始めたジョセフたちは、その最中にドイツ軍の戦闘機を発見する。ジョセフはすぐさま戦闘機に乗り込むと、執拗に彼らを追ってくるカーズに対抗すべく、命懸けの奇襲作戦を敢行。どんな技や兵器も通用しない、不死身の究極生物に対する起死回生の策とは......!?

ジョセフの特攻で溶岩の中へと落ちたカーズ。だが、それでもなお復活を果たしたカーズにジョセフは腕を切り落とされ、絶望の声を上げる。死を覚悟したジョセフに、カーズがとどめを刺そうとしたその瞬間、ジョセフが手にしていた「エイジャの赤石」が波紋エネルギーを増幅させ、ヴォルガノ島の火山が噴火活動を始める。大気圏外にまで噴出するほどの強烈なマグマはジョセフとカーズを呑み込み...!?世代を超えた因縁、ここに決着ッ!!