ヴァルプルギス王立機巧学院では、四年に一度の魔触の年に、魔術師たちの頂点《魔王》の称号をかけた戦い、通称・夜会が開催される。その夜会に参加するため、赤羽雷真は彼の自動人形である夜々を連れ、はるか極東の地より大英帝国の機巧都市リヴァプールにやってきた。しかし、夜会への参加資格を得られる者は、学院の成績上位者100名のみ。雷真は学力試験で1236人中1235位という成績を取ってしまうが、夜会は実力主義の世界。参加資格を持つ者が持たない者に敗れるようなことがあれば、選考をやり直す必要が出てくる。そこで雷真は、夜会のトップランカーの一人、シャルロット・ブリューに決闘を申し込む。格下からの挑戦に激昂するシャルロットは、彼女の自動人形・シグムントに魔力を注ぎ込む。シグムントその姿を巨大なドラゴンへと変え、雷真と夜々に牙を向くのだが......。

学院内で多発する自動人形が魔術回路を奪われた無残な姿で発見されるという謎の事件。その犯人はカニバルキャンディと呼ばれる人形使いらしいが、その正体は不明であり、学院の風紀委員たちによって調査が続けられていた。そんなある日、風紀委員の主幹であるフェリクスに、学院にやってきたばかりのため容疑者ではないという理由から、犯人を見つけ、倒して欲しいと依頼される雷真。見事カニバルキャンディを倒し、事件を解決した暁には、夜会へのエントリーを提供するという。話し合いの最中、またカニバルキャンディが現れたとの報告が入り、現場に向かうと、そこには破壊された自動人形をじっと見つめるシャルの姿があった。様子のおかしいシャルに話しかける雷真だったが、シャルはそのまま立ち去ってしまう。そしてその夜、寮の自室で休む雷真のもとに、突然シャルがやってくるのだが......。

夜々とシグムントを学院に残し、街に出掛けていた雷真とシャル。二人が戻ってくると、またカニバルキャンディが現れたと学院内は騒然としていた。学院に残してきた夜々の身に危険が降りかかったのではないかと、現場へ急行する雷真だったが、破壊されていた自動人形は夜々ではなかった。寮の自室に戻った雷真の元に、フェリクスの補佐をしているリゼットから電話が入り、シャルが女子寮を抜け出し、行方不明であることを知らされる。一人でカニバルキャンディを探しに行ってしまったのではないかと心配した雷真は、夜々を連れて、ひとまず女子寮まで向かうのだが、女子寮の前でリゼットと出会い、シャルの部屋から大量の魔術回路が見つかり、風紀委員が総出で搜索を開始したことを聞かされる。

ついにその正体を現したカニバルキャンディ。とある理由から魔術回路を集めていたシャルに全ての罪を着せ、そのまま始末してしまうことで事件を闇に葬り去ろうとしていたカニバルキャンディの前に、雷真と夜々が立ちはだかる。二つの魔術は一つの身体に共存することができないという魔活性不協和の原理を無視し、これまでに奪った様々な魔術回路を用いて、いくつもの魔術で攻撃を仕掛けてくるカニバルキャンディに苦戦を強いられる雷真と夜々。傷つき、ボロボロになりながらも、戦うことを止めない雷真に対して、シャルは私になんか関わらずに戦いを止めてと叫ぶ。きっと雷真も共犯にされ、学院だけでなく、国も魔術協会も全てが敵になってしまうと訴えるシャルに、雷真は告げる。そのときは世界を敵に回してやると。シャルを救うため、雷真は傷ついた身体を奮い立たせ、夜々に魔力を注ぎ込む。

雷真が寮の自室へ戻ると、なぜか少女が宙吊りにされていた。どうやら雷真に仕掛けるために作った罠に自分で引っかかってしまったらしい。雷真がその少女を罠から助けると、少女は助けてくれたお礼に作ってきたというお弁当を差し出してくる。あからさまに怪しいお弁当を前に躊躇する雷真だったが、断りきれずにそのお弁当を食べると思わずむせてしまうほどの大量の塩が入っていた。その後も様々な嫌がらせが続き、雷真は少女に対して、いったい何がしたいのかと問いただす。すると少女はあなたを暗殺すると告げ、姿を消す。一連の出来事をシャルに話した雷真は、少女が夜会での初戦の相手であるフレイであることを教えられる。そんな最中、フレイは懲りることなく、今度は檻を組み立てて、雷真を罠にはめようとするのだが......。

軍部から潜入調査を命じられ、とある孤児院へとやってきた雷真と小紫。中に入っていくと暗がりの中から一匹の犬型自動人形が話しかけてきた。自らをヨミと名乗る犬型自動人形に、雷真は建物の案内を頼む。ヨミについて行く雷真たちがたどり着いた場所では、フレイと同じ真珠色の髪と紅い目を持つ子どもたちが鉄格子の中で食事をとっていた。子どもたちは百万人に一人の割合でしか生まれないというプロミスト・チルドレンと呼ばれる人間の中でも特に魔力親和性の高い個体であると説明するヨミ。こんなに大勢のプロミスト・チルドレンたちが、都合よく孤児になっているはずはないと不審に思う雷真に、ヨミはもっとおぞましいものを見せてやると告げ、孤児院の奥へと連れていく。そこにあったものを見た雷真と小紫は、あまりのおぞましさに愕然としてしまう。

ついに夜会が始まった。雷真の初戦の相手はフレイではなく、自ら順位を落としたロキだった。ロキとの戦いの最中、夜々を庇い、ロキの攻撃をまともに受けてしまう雷真。その傷は大きく、そのまま気を失った雷真は担架で運ばれていってしまう。自分を庇ったことで雷真に怪我を負わせてしまったことに責任を感じる夜々は、我を忘れて泣きじゃくる。そんな夜々をいろりはそっと抱きしめて落ち着かせようとする。翌夜、交戦フィールドでは、雷真が怪我の治療のため欠場となったため、ロキとフレイの戦いが始まろうとしていた。フレイを見下すロキに対し、フレイは先制攻撃を仕掛けるもあっさりと防がれてしまう。逆にケルビムにいたるところを斬り裂かれ倒れ込むラビ。とどめとばかりに、ケルビムからブレードが振り下ろされたそのとき、フレイから魔力が吹き出し、ラビの姿が変貌する。

ラビの兄弟たちを助けるために、再び孤児院へとやってきた雷真と夜々だったが、二人の前にロキとケルビムが立ちはだかる。しかしロキは雷真ではなく、雷真を取り囲んでいた傭兵たちへ攻撃を仕掛け、襲い来る自動人形たちを次々と撃破していく。互いに協力し、戦いを繰り広げる雷真とロキのもとに、上空から黄金色に輝く剣の形をした自動人形ルシファーとともにブロンソンが姿を現す。ロキはすかさずケルビムのブレードを放ちブロンソンを攻撃するが、全てルシファーによって抑え込まれてしまう。苦戦するロキに加勢する雷真だったが、ブロンソンはかつて魔王の座に手をかけたほどの実力の持ち主。ブロンソンが操るルシファーの攻撃に対して、雷真とロキは手も足も出ずに叩き伏せられ、致命傷を負ってしまう。

式典の最中、突然現れたシャルロットと共に現れたはシグムントは、ラスターカノンを放ち時計台を倒壊させ、そのままどこかへと立ち去ってしまう。
シャルロットが行方不明となっていることを知った雷真は、さっそくシャルロットを探しに出る。まずは、転入してきたシャルロットの妹、アンリに話を聞こうとするも、女子寮へ向かうも、アンリの姿も見当たらない。フレイは、どこから持ってきたのか、アンリのパンツを取り出し、ラビたちに匂いを嗅がせて捜索しようとする。ラビたちの捜索でアンリはすぐに見つかり、雷真たちが向かうと、アンリが首を吊ろうとしている真っ只中であった！！

シグムントの攻撃に巻き込まれ、穴底へと落ちてしまった雷真とアンリ。天井が崩落しかけているため、急ぎ出口を探すことになってしまう。
出口を求めて中を彷徨っていた雷真とアンリであったが、歩きつかれたアンリは、突然崖から落下してしまう。間一髪で、雷真がアンリの腕をつかみ、救出することができたが、アンリは足を怪我してしまう。アンリの足の治療をして、休憩することにした雷真たちがシャルロットの話で盛り上がっていると、突然現れたオートマトンに襲い掛かられた雷真は、なにもすることができず、その首にナイフを突きつけられてしまう。

雷真と夜々は、アンリを守るためシンと戦うも、二人がかりでもシンに圧倒されてしまい、一方的に攻撃を与えられてしまう。血を吐いて動けない雷真をかばうアンリ諸共殺そうとするシンが脚を振り上げたその時、シンの背後から松葉杖を持ったロキが現れる。ケルビムと共に攻撃を仕掛けるもまったく手応えがない。フレイも加わりラビから砲撃が放たれるも、シンはその場から姿を消し、逃げられてしまう。
気を失ってしまった雷真が目覚めたのは、医務室の寝台の上であった。何とかブリュー姉妹を助けたいと思う雷真は、怪我をおして、シャルロットの場所を探り出す。雷真は、シャルロットに馬鹿な真似はやめるように説得をするのだが...。

シンは"完全なる個"である自分には雷真たちでは勝ち目がないと挑発してくる。雷真たちは、攻撃を仕掛けるも簡単に防がれてしまい、シャルロットの魔力は尽きかけてしまう。大技ではかわされてしまい、小技ではダメージが通らないシンに対して雷真は、一か八かの賭けに出る。
賭けは成功し、シンにとどめを刺したかのように思われたが、シンはそれでもなお踏み止まろうとする。不審に思った雷真は、近くに人形使いがいることに気づき、セドリックを見つけ出す。セドリックを拘束した雷真であったが、セドリックは余裕な態度を取る。雷真が気づいた時には、セドリックは、拘束から抜け出し、代わりに雷真の目の前にはシンが現れ、今まさに攻撃が加えられようとしていた！！