リベルタットを襲うトゥモールの大群を迎撃する空間機甲科と機動歩兵科のメンバーは
傷つきながらも徐々にトゥモールを撃破していく。
一方、ラルフのグロワールストレインと交戦中のセーラは、
かろうじてグロワールを退けるが機体に多大な損害を負ってしまう。
ラルフの再度の襲撃に備えて、
リベルタットでは他のストレインのパーツを使用してのセーラの機体の修理が行われる事になった。
束の間の休息の中、ロッティと語らうセーラ。
出会ってからのこれまでの出来事に思いを馳せる二人。
「死んでも、生きろ！分かったな？根性女！」
そう言ってセーラを送り出すロッティ。
そしてセーラはセーラ・ウィーレックとして兄・ラルフとの決着をつける為、発進する！

リベルタットに迫るクンルーンを迎撃すべく、奮闘するセーラとロッティ達空間機甲科のメンバー。
しかし、圧倒的なトゥモールの前にクンルーンの衝突を許してしまう。
そして現れるラルフのグロワールストレイン。
「今日でケリをつけてこい！」
ロッティの言葉により、セーラはラルフを追って艦内へ突入する。
その頃、リベルタットのブリッジではクンルーンが自爆する事が判明し、自爆装置を直接解除する為に
メルチとデュファルジュはメドロックを道案内にクンルーンに向かう事になったが・・・。

演習中の艦隊と合流すべく惑星ブレグマに到着したリベルタットだが、
艦隊は大規模なディーグの侵攻を迎え撃つべくブレグマを離れていた。
追ってくるクンルーンもその作戦に参加するはずだからもう追撃はないというメルチ。
しかしセーラは
「兄さんは必ず来る！来なきゃいけないの！」
と人形エミリィとのリンクで知ったラルフとエミリィ達の悲しい出来事を語り始める。
そのころクンルーンでは、艦を掌握したラルフの隙をついてメドロックがエミリィを連れて脱出し、
リベルタットに投降してきた。エミリィの奪還と全てに決着をつける為、
リベルタットへ向けて突撃してくるラルフを迎撃にでたロッティはセーラの出撃を要請するのだった。

一連の事件に人形エミリィに組み込まれたミミックが深く関わっていると考えたメルチは
クレイヴン達の立会いの下、解体して調査を始める。
そこに納められていたモノは人類とは異なる生命体の脳髄だった。
それと呼応するかのようにリベルタットを追撃するクンルーン艦内ではエミリィが悲痛な叫びを上げ、
それを聞いたラルフはクンルーンを掌握すべく行動を開始する。
一方メルチ達は謎のミミックから情報を引き出すべくセーラに通常より深いリンクを促す。
ミミックから逆流してくる意識の中でセーラが見たものは？

グォール空間補給廠に停泊中のリベルタット艦内では、クレイヴン達がセーラへの取調べを行っていた。
しかし、多くを語らないセーラはひとまず他の生徒とは隔離され、監視下に置かれることとなった。
翌日グォール港湾管理局に呼び出されたクレイヴンとデュファルジュは、即刻退去を言い渡される。
負傷者の受け入れのみ許可されセーラの引渡し要請は却下されてしまい、
リベルタットは艦の修復も終わらぬまま演習合流ポイントである惑星ブレグマに向けて出航する。
その頃、ロッティは銃を手にセーラが隔離されている部屋を訪れる。
カリスの事を知らされ愕然となるセーラ。そんなセーラを責め、詰め寄るロッティ。
そしてセーラの口から悲壮な決意が語られる。

人形エミリィ紛失のニュースは、グォールに上陸していた仲間たちにも伝わり、手分けしての捜索が始まった。
セーラもカリスと合流し、中央管理局に勤めるカリスの弟・ドニィも手を貸してくれることとなった。
捜索の途中、食事に立ち寄ったオープンカフェで、セーラとカリスは奇妙な少女と出会う。
無邪気で危なっかしいその少女に振り回され街を駆け回るセーラとカリス。
深夜、公園ではしゃぎ疲れた謎の少女を寝かせるセーラの顔からは久しく忘れていた優しい笑みがこぼれていた。
その頃、演習艦リベルタットには、管制室からの要請で、
外壁の異常警報が鳴った箇所の探索の為に空間機甲科のメンバーに緊急帰還命令を発令した。

目的地であるグオール空間補給廠を目前に、最終減速に入る演習艦リベルタッド。
艦内では、セーラたち訓練生のトレーニングも続けられていた。
秘密兵器という触れ込みに加え、トップクラスの実力で多くを語らずストイックに訓練に没頭するセーラは、
空間機甲科でも注目の的となっていた。
空間機甲科のメンバーのひとりラヴィニアは、セーラと個人的に親しくなりたいと、密かな願望を抱いていた。
様々な機会を狙い、あるいは様々の手段を講じて、セーラに接近しようとするラヴィニアであったが・・・。
一方、ディーグ艦クンルーンでは、ＩＤを与えられておらず、艦内のどこにも行けない少女エミリィは、
クンルーン内の環境に退屈し始めていた。

演習艦リベルタッドでは、対ストレイン戦を想定したシミュレーション訓練が続いていた。
ロッティとセーラをツートップとする新フォーメーションである。
しかし、相変わらず協調性に欠けるセーラのスタンドプレーで成果はいまひとつ。
仲間に溶け込もうとしないセーラの心を開かせようと、ロッティたちは一計を案じる。
自室のエミリィ人形の前でだけは、笑顔で仲間たちのことを語れるセーラであったが、
そこへ踏み込んで来るロッティと空間機甲科の仲間達。
工作室を飾りつけ、勝手にパーティーを始めてしまう。
空間機甲科のメンバーということで、セーラも強制的に参加する羽目に。
しかしパーティーの途中、突如艦内に警報が鳴り響く。

正式に空間機甲科に編入されたセーラ。
ロッティ達と共に、対ストレイン戦を想定したシミュレーション訓練が繰り返されるが、
セーラのスキルは高いものの、仲間との連携に欠け、チームとしての成績が上がらない。
日常生活においてもセーラに興味を持ち、積極的に話しかけて来る仲間たちを煩わしいとさえ感じる始末。
そんなセーラの話し相手は、工作室の倉庫を改装した自室の物言わぬエミリィ人形だけだった。
演習艦リベルタッドは、グオール空間補給廠を目指し段階的な減速に入っていた。
セーラの生体検査も続くが何ら異常は見られず、なぜエミリィ人形とリンクできたかは、依然として謎のままであった。
そんな時セーラは一通のメールを受け取る。

突如襲来した、グロワールストレインとトゥモールの大群は、
護衛艦2隻を一瞬で鎮め、演習艦リベルタットへ襲い掛かってきた。
卒業を待たずして、実戦へと投入される訓練生達。
ラルフ・ウィーレックが操るグロワールストレインを「兄様の仇」と呼び、異常な執念を燃やすロッティ。
しかしトゥモールの大群に進行を阻まれ、近づく事が出来ない。
その隙をつかれ、窮地に陥ったロッティを救ったのは、
人形のエミリィに組み込まれていた謎のミミックとリンクを果たした、セーラの操つるカスタム機であった。
ラルフ機に取り付き、必死に呼びかけるセーラであったが、返事のないまま、戦闘状態へと突入してしまう。

セーラは、無事バジオン総合戦術学校の亜光速演習への参加が叶い、
演習艦リベルタッドで、日々訓練に勤しんでいた。
一方、イザベラを筆頭に機動歩兵科のセーラに対する嫌がらせもエスカレートしてゆく。
しかし、セーラは彼女らを相手にせず、技術工兵科の教官・メルチセデックの工作室に入り浸る毎日。
工作室の片隅でセーラが出逢った人形、エミリィはメルチセデックが実験の為、
誰のものともわからないミミックを入れた人形だが、今のセーラにとっては心を許せる唯一の話し相手だった。
そんなセーラを「根性女」と呼び、何かと気にかける空間機甲科のロッティ。
しかし歩兵科、機甲科合同による亜光速戦闘訓練の日。演習艦隊は突如ディーグの攻撃を受けた。

最愛の兄・ラルフの裏切りによって全てを失ったセーラは、
セーラ・クルスと名を偽り、遠く離れた惑星バジオンの総合戦術学校・機動歩兵科に編入していた。
一日も早く戦場に出たいセーラは、卒業に必須とされる亜光速演習に参加すべく、
睡眠時間を削って訓練に没頭していた。
しかし、なりふり構わないその行動が同じ歩兵科のイザベラ達の反感を買い、孤立してゆく。
そんなセーラの唯一の心の拠所は、幼い頃にラルフから貰ったペンダント形のオルゴールであった。
そしてついに、亜光速演習参加の最後の切符を掛けた、
ギャンビーによる惑星バジオンのガス雲の中から目標物を発見し回収するというガス雲降下訓練が始まった。

遙か未来。
星域を二分する勢力、ユニオンとディーグは、数世紀にも渡る永い戦争状態にあった。
ユニオン陣営に属する惑星グラベラ。
幼くして両親を失い、兄ラルフ（18歳）に育てられた少女、名門ウィーレック家の娘セーラ（11歳）は、
＜リーズナー＞と呼ばれるストレインの優秀なパイロットである兄が、
130光年離れた戦場へ出撃する事になった時、自らもリーズナーとなることを誓う。
5年後、最愛の兄と同じ戦場に行く為に、グラベラ空間機甲兵科学院に学び、
卒業間近となったセーラは、仲間と共に楽しい学園生活を送っていた。
そんなある日、謎のストレインに率いられたトゥモールの大部隊が、グラベラに奇襲をかけてきた。