イランのテロリストがロンドン入りし、爆弾テロを決行するとの情報が入る。
アダムはテヘランに急行、ザファーと共にアスニックの乗った列車を爆破。
しかし暗殺は失敗。
この爆破は多くの民間人の命を奪ったうえ、アスニックが運んでいた恐ろしいウイルスを目覚めさせてしまう。
ＭＩ-５は偽のテロ情報に踊らされ、ウイルスの蔓延を望む人物「コペンハーゲン」に加担してしまったのだった―。

　
ロンドンではウイルスの感染者が増加の一途をたどっていた。
ザファーは「コペンハーゲン」の傭兵集団に捕らわれたままだ。
チームは生物兵器保有国であるロシア、フランス、インドの諜報員そしてＣＩＡ捜査官に接触。
彼らを故意に感染させ、ワクチンのありかを白状させようとするが・・・。

　
米空軍基地の上空で航空機が撃墜された。
チームは、この事件の真相を探る。
ザファーの行方を追っていたロスは、自宅にいるところを拉致され、フランス人諜報員に拷問を受ける。
しかしこれは後に、各国の二重スパイと政治家から成る国際反米組織「ヤルタ」の入団テストだったことが判明する。
ＭＩ-５に偽情報を流したのがアメリカだったことを知り、ロスの気持ちは急速に「ヤルタ」へと傾いていく・・・。

　
アルジェリアの過激派アブドゥル・カラミが、ロンドンでテロを計画中との情報が入った。 ＣＩＡのボブ・ホーガンは、テロのターゲットは在英アメリカ人であると懸念。
チームは彼らと協力して捜査を進める一方、アメリカが隠している情報を求めて密かにＣＩＡ内部を探る。
アダムは対米テロ計画にイランも関与しているはずだと予想し、イラン特別領事バクシの妻に彼を見張らせる。しかし、カラミのターゲットは意外なところにあった。

　
ロシアの武器商人ヴァレンティノが、イランに核兵器の起爆装置の設計図を売ろうとしているという。
ヴァレンティノを待ち伏せるために空港に向かう途中で、アダムはある男に襲われ、誤って彼を死なせてしまう。
しかし後に、彼はテヘラン列車爆破事件を追うジャーナリストだったことが判明。
ＭＩ５および内務大臣は窮地に陥る。
アダムは情報源であるイラン特別領事の妻・アナを愛し始めていた。
しかし、最後の密会で彼女がとった行動とは－－。

　

イランが起爆装置の回路基盤を購入し、ロンドンからの密輸を計画していることが判明した。
懸念されていたイランの核武装化が、ついに現実に近づいたのだ。
ハリーは全テヘラン便の離陸停止を求めるが、ロスがグリッド内部に仕掛けた「ヤルタ」の盗聴器のせいで、この情報が漏れてしまう。
回路基盤のテヘラン行きを妨害すれば、ロンドンの水道用水に毒物を混入するという匿名の脅迫を受け、アダムとロスはやむなく旅客機に潜入。
上空で回路基盤を回収すべく奮闘するが・・・。

　

イギリス、アメリカ、イランの３国は、第三次世界大戦を回避すべく、秘密外交によって和平協定の締結に合意。
ＢＢＣの生放送に各国の代表が出演し、イラン特別領事バクシがウラン濃縮の一時停止に同意するという筋書きも整えられた。
しかし番組が始まって間もなく、ジェイソン・トリンダーを名乗る男が番組を乗っ取り、イランの核武装化を世に暴こうとする。
彼は反イスラムの愛国者グループ「ホワイツ・アゲインスト・イスラム」のリーダーだった。
観覧席のアダムとロスは、人質になった一般客らを守ることができるのか。

　
ロスは「ヤルタ」の過激なやり口に失望していた。
しかしロスの弱みを握った「ヤルタ」側は、彼女に大規模な対米攻撃作戦への協力を要請する。
この密会現場はジャーナリストとＣＩＡのホーガンに目撃され、彼女の裏切りは、ついにチームの知るところとなった。
退路を断たれたロスは決死の提案をする。
自分が「ヤルタ」に潜入して作戦の詳細を探り、これを阻止するというのだ。
ハリーとアダムは彼女への疑惑を拭い去れないまま、その案内に従って「ヤルタ」本部に足を踏み入れる－－。

　
アメリカがイラン空爆の準備を進めている。
アダムは戦争を回避するため、テヘラン列車爆破事件の真実をジャーナリストに告白。
入手した証拠データの引渡しを約束する。
同じ頃、元ＩＲＡ工作員のデイヴィ・キングがコニーに接触。
彼が指定する場所にチーム全員を集めなければ、無差別に市民を殺すと脅す。
キングはハリーに積年の恨みを抱いていた。
しかし、この計画の本当の黒幕とは・・・？
キングが仕掛けた時限爆弾の設定は１８時。
チームは殉職覚悟で指定の広場に向かった。

　
ベネズエラの諜報員フェルナンド・トレスがチームに接触。
ＣＩＡが、訪英予定のベネズエラ大統領の暗殺を計画しているという。
トレスはチームに暗殺の阻止を依頼。
代わりに、アルカイダがロンドン市内の学校を襲う計画について情報を提供すると申し出る。