商人の呂不韋は権力を手に入れるため、趙政（＝贏政）を秦国の王にしようと企んでいた。
そこで趙国で身分を隠して暮らしていた趙政と趙姫を連れて帰る。
しかし、華陽夫人は楚国の血を引く孫、成嶠を太子にするべく趙政暗殺を企てる。

　

暗殺されそうになった上、入宮できないことに疑問を持った趙政は、宮殿の前でひざまずいて懇願を繰り返す。
商公の取り計らいで趙姫と趙政は入宮が許され、これにより呂不韋が宰相に任命され、趙姫と楚姫が王妃となる。

　

華陽夫人の策により、公の場で屈辱を受けた趙妃は命を絶とうとする。
しかし、実はこの自殺未遂は異人の気持ちを趙妃に向かわせるため、呂不韋が仕組んだ芝居だった。
そんな折、異人が突如病に倒れ跡継ぎ問題が勃発する。

　

成人になった贏政は、自分だけ元服していないことに不満を抱く。
また、秦国に治水工事を進めるため今すぐ工事を命じようとするが、大臣や母は仲父の意見を聞くまで待てという。
贏政は、王にもかかわらず国事を仕切れないことに憤慨する。

　

呂不韋への想いを募らせる趙姫は、呂不韋に迫り一夜を共にする。
現場を目撃した贏政は、噂が広まらないように趙姫の宮女らを皆殺しにしてしまった。
そんな折、宮中では贏政の妃選びの話が持ち上がり楚国から美しい阿若がやってくる。

　

贏政の妃選びが始まり、太王太后と咩霊は楚の阿若姫を王妃にするべく画策し、呂不韋は趙の使者に敏代姫を推すよう依頼される。太王太后の魂胆を見抜いた贏政は、彼女が企画した催しを抜け出し、偶然幼なじみの黎姜（れいきょう）と再会する。

　

贏政は黎姜に自分と結婚するよう迫るが黎姜は頑なに拒む。
結局贏政は周囲に説得され、天下統一のために趙国の姫・敏代との結婚を決める。
一方、華陽夫人は形勢逆転を狙って、阿若をしばらく秦にとどまらせることにした。

　

贏政は呂不韋の監督下に置かれ、いまだ政権を握れない。
そんなとき、韓と魏の侵攻を受けて秦も出兵することを決め、元帥を選ぶことに。
手柄を立てたい成嶠が立候補するが、贏政や大臣は猛反対する。

　

元帥が戦死し、再び元帥に志願する成嶠。贏政は、華陽夫人が成嶠を利用して謀反を企てることを懸念し、呂不韋に阻止を命じるが、贏政の意に反し成嶠を元帥の座に就ける。戦場に赴いた成嶠は窮地に陥り咩霊が援軍に向かう。

　

咩霊から贏政の出生にまつわる話を聞いた成嶠は、呂不韋と贏政を成敗し、王位を剥奪する決意する。
敏代の懐妊を喜んでいた贏政は成嶠の謀反を知り、自分の出生について疑問を抱く。

　

成嶠の謀反を知った贏政は出陣を決意。
商公を説得し、贏成を副将に従えて十万の兵を準備する。
成嶠の身を案じる阿若は、贏政に出兵をやめるよう懇願するが聞き入れられず、阿若は単身で戦地に向かう。

　

成嶠は八万の兵を無駄死にさえたあげく生け捕りにされる。
贏政に命だけは助けると言われ、阿若とその場を立ち去ろうとするが、犠牲になった兵を葬るという彼女の言葉に従えず、自害する。

　

嫪毐（ろうあい）と趙姫の間に双子の男の子が産まれる。
我が子に王位を継がせるため、嫪毐は秦国に対して乱を起こそうと画策する。
しかし贏政に気づかれてしまう。そこで敏代も妊娠し、侍女として黎姜を呼び寄せることに。

　

贏政は邯鄲で趙国の将軍、李牧と会う。
嫪毐は邯鄲から戻る敏代を連れ去ろうとするが、黎姜が身代わりとなる。
嫪毐のもとには、贏政が密偵として送り込んでいた三更がいた。

　

元服の儀を執り行うため、雍城に向かう贏政。
嫪毐と縁を切るよう趙姫を説得していた呂不韋を、嫪毐は拘束する。
嫪毐は贏成に謀反に加わるよう持ちかけるが、贏成は中立を保つ意思を表明。

　

治水事業のため韓国から来たのは、実は秦の国力を消耗させるのが目的だったことが発覚し、使節の面前で贏政は「秦国が最初に滅ぼすのは韓だ」と豪語する。
元服後、忠告に耳を傾けず権力をふるう贏政の姿に呂不韋は引退を決意する。

　

六国出身の役人に国外退去を命じる「追放令」が出され、側近の李斯も追放の対象となるが、繚子の上秦文で贏政は追放令を廃止する。
贏政は洛陽を訪れ、呂不韋に秦の巴蜀へ移るよう命じるが、呂不韋は自ら命を絶つ。
そして贏政は阿若を王妃にする。

　

韓との講和条件に贏政は公子の韓非を要求。
李斯は兄弟弟子だった韓非の才能に嫉妬して「韓非の方策はすべて韓を守るため」と贏政に入れ知恵をし、韓非は離宮に閉じ込められ自害する。
その後、邯鄲を落とすため贏政は三十万の兵を出兵させる。

　

贏政は趙の郭開を買収して李牧を反逆者に仕立て上げ、自害へと追いやることに成功。
その後、邯鄲を征服して趙王と郭開も死に追いやった。
贏政は趙人をてなずけようとするが、愛国心の強い彼らは反発する。
そしてさらに贏政の横暴は加速していく。

　

秦の力を恐れる燕王は貢物を送って開戦を免れようとするが、燕丹は侠客に秦王暗殺を要請する。
一方、贏政は阿若との間に王子の胡亥をもうけ、秦の王妃となっても自分は楚国の姫だと主張する阿若は、秦が楚に勝てるとは限らないと贏政に話す。

　

贏政殺害をもくろむ荊軻と秦舞陽が秦王宮を訪れ、隠していた短刀で贏政に切りかかるが失敗に終わる。
贏政が掲げる楚国討伐計画に胸を痛める阿若と咩霊。
一方、同じく楚出身の李斯は、贏政への服従を誓う。
身の危険を感じた咩霊は楚に亡命する。

　

贏政殺害をもくろむ荊軻と秦舞陽が秦王宮を訪れ、隠していた短刀で贏政に切りかかるが失敗に終わる。
贏政が掲げる楚国討伐計画に胸を痛める阿若と咩霊。
一方、同じく楚出身の李斯は、贏政への服従を誓う。
身の危険を感じた咩霊は楚に亡命する。

　

黎姜の父をはじめ、全国から職人を集めて兵俑を作らせる贏政。
天下統一を機にすべてを一新しようと、呼称の改正・文字の統一を始める。
そして、王に封建制を採用させるため、李斯に上秦文を書かせる。

　

李斯は事前に上秦文を"封建制は廃止すべき"という内容に書き換え、贏政に渡す。
しかし贏政は「天下に国家は大秦国ただ一つ」と言い放つ。
そして自らの称号を始皇帝と定め、国の真の統一を目指す。

　

陵（みささぎ）の建設が進み、秦軍と同じ数の兵俑を作らせて、冥界でも帝王に君臨しようとする贏政。
一方、皇帝暗殺をもくろむ高漸離は、贏政に近づくため趙成の前に現れ、自ら捕らわれの身となる。

　

高漸離を宮殿に入れた刑罰として、死罪を言い渡された趙高であったが、贏政から恩赦を賜り無罪放免となる。
贏政の野望ははてしなく広がるが、労役に従事する民の負担に心を痛める扶蘇だった。

　

扶蘇を連れて東巡に出た贏政は呂不韋の墓に赴き、天下統一を報告する。
贏政は孤独と老いを感じはじめ、不老不死の薬を探させる。
そんな中、仙人の亀甲図に"秦を滅ぼすは胡なり"という記述を見つける。

　

巡幸中、刺客に襲われるも危うく難を逃れた贏政。
数日間自室にこもった後、仙道を極めると宣言し、蒙恬に匈奴の討伐、王賁に嶺南の平定、李斯に阿房宮の建設、趙高に不老不死の薬の調達を命じる。
そして今後の国事は、扶蘇に相談するよう言い渡す。

　

扶蘇に疎まれ続けた阿然は実家に戻る。娘に失礼を詫びに来た李斯に対し、扶蘇は本心を伝えわだかまりを解く。
王綰と扶蘇の協力を得て嶺南従軍を嘆願する贏成だったが、贏政は南方遠征の目的は、討伐ではなく統治だといい、贏成のの申し出を退ける。

　

咸陽に学館街が建設され、儒者たちの弟子が集まる。
贏成は彼らを敬愛する扶蘇を味方につけて、封建制度の実現をもくろむ。
贏政の誕生日の宴に、儒者たちが一同に会した。
その席で贏政の老いを感じた贏成は、この機会に封建制を推し進めることを誓う。

　

封建制の復活を願う贏成は、贏政が留守の間に扶蘇に忠誠を誓い、改制の上秦を迫る。
そこへ贏政が現れ、咸陽中の学府閉鎖を命じ焚書令を発令。
自邸に軟禁という処分を受けた贏成は自害する。
扶蘇の解放を願う黎姜に贏政は、儒者らの件が片付いてからだと話す。

　

贏政は改制を扇動した儒者らの処刑を宣言。
撤回を求めた扶蘇は僻地への赴任を命じられ、阿然とともに旅立つ。
長城までの道中、扶蘇は労役の過酷な状況を知る。
一方再び巡幸に出た贏政も民の現状を理解し、孟姜女を引見するが贏政の前で自害してしまう。

　

死期を悟った贏政は、扶蘇と蒙恬に後を託すため、病身にムチ打ち急いで上郡へ向かう。
途中で黎姜に会って別れを告げ、沙丘の平台で崩御した。
趙高は李斯と共謀して「次期皇帝は扶蘇に」との遺詔を改ざんし、胡亥を皇帝に擁立しようと目論む。