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1年前のゴジラとの戦いで右腕と、最大の武器であるアブソリュート・ゼロを失い、機体の37％を損傷した機龍（メカゴジラ）は特生自衛隊八王子駐屯所の地下ドックで修復作業中である。
その機龍の修復に携わる整備士、中條義人（金子昇）は、叔父である中條信一（小泉博）と甥っ子の瞬と共に、別荘で休暇を過ごしていた。そこへインファント島の小美人が3人の前に現れる。43年前、モスラが東京に上陸した時、自分たちとモスラを人類の味方として見守ってくれた信一に忠告をしに来たのだ。『お願いがあります』小美人は言う。『人間がゴジラの骨から戦いの道具を作ったのは大きな間違いです』機龍の存在を否定する小美人。もしゴジラが現れた場合は、代わりにモスラが戦うというのだ。『ゴジラの骨を海に返してください。さもないとモスラは人間の敵にならねばなりません―――』と、謎の言葉を残し、モスラと共に3人の前から去っていく......。
【出演】
金子昇
吉岡美穂
虎牙光揮
大塚ちひろ
長澤まさみ
中尾彬
【スタッフ】
監督・脚本：手塚昌明
特殊技術：浅田英一
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最近はめっきりテレビでゴジラ映画が放送されることは無くなったので、放送して頂けてとても嬉しいです！！ゴジラファンはたくさんいますし、今までゴジラ映画を観たことのない子供たちをファンにするために、これからもどんどん放送していってほしいです。