イリヤスフィール・フォン・アインツベルンこと、イリヤは冬木市に住むごく普通の女の子。
ある日の夜お風呂に入っていたら、うさん臭い魔法のステッキ「マジカルルビー」が突然飛び込んできて、
イリヤを魔法少女に仕立てようと勧誘してきて･･････!?

巻き込まれるままに魔法少女になってしまったイリヤ。
なってしまったことは仕方ないと、前向きに魔法の練習をしようとするが、
結局ルビーにいじられて終わるだけになってしまう。
そんな魔法の使い方もわかってないイリヤに初の任務が課せられることに。

初の任務中に陥ったピンチで登場した謎の少女・美遊。
美遊はイリヤのいる学校に転校してきたが、クラスメイトと溶け込むこともなく、
イリヤとも共同で戦うことに否定的な態度をしめす。
だが、美遊の引っ越してきた先はイリヤの家のすぐ近くで......!?

イリヤと凛、ルヴィアと美遊の２組は、新たなカードを回収するためにやってきた河原でキャスターと対決する。
上空にいるため、攻撃が届かないキャスターを倒すために飛ばなければならなくなったイリヤと美遊。
イリヤは簡単に飛べたが、美遊は苦戦するのだった。

突如現われたセイバーによって攻撃を受けるイリヤたち。
不意をつかれて負傷した凛とルヴィアを助けるため、イリヤと美遊は共同で戦う。
だが、戦い慣れていないイリヤではセイバーの相手は難しく、窮地に陥ってしまう。
そんな時、ルビーが考えた策とは!?

凛とルヴィアによる攻撃でクラスカード・セイバーを倒せたかに見えた。
しかし、セイバーに致命傷は与えるまでに至らず、逆にセイバーの宝具「エクスカリバー」による反撃を受けてしまう。
かつて無いほどの凄まじい威力を誇る攻撃を受けたイリヤに異変がおきて......!?

なんとか窮地を凌いだイリヤたち。
だが翌日、無理がたたったせいかイリヤは高熱を出してしまう。
学校を休んで寝ていたイリヤは、同じく学校を休んでいた美遊とルビーとサファイヤによる
テレビ電話のような通信で会話することに。
そこで見た美遊のメイド服姿を見たイリヤは...。

アサシン戦での記憶がはっきりと残っているイリヤはショックを受けて、美遊と話すことすらためらってしまう。
魔法少女でいることの意味とその代償を理解したイリヤは、
このままでいることに恐ろしさを感じてしまい、考えた末に凛に直訴しに行くことにする。

最後のクラスカード・バーサーカーを倒すために鏡面界へと飛んだ美遊、凛、ルヴィア。
だが、無敵にも近い能力を誇るバーサーカー相手に苦戦をすることに。
一方、魔法少女から逃げ出したイリヤがお風呂でへこんでいると、イリヤのママ・アイリが乱入してきて......!?

クラスカードの能力を活用してバーサーカーにダメージを与えるも、苦戦を強いられる美遊。
そのピンチにイリヤは転身し、美遊のもとに駆けつける。
最強の敵であるバーサーカーだが、二人のカレイドの魔法少女が力を合わせた時に奇跡は起きる！