二千年前、ユリア・ジュエが詠んだ預言[スコア]は、星の誕生から死までを知ることができるという星の記憶を詠んだもの。
人々はローレライ教団の下、預言[スコア]に従って生きていた。
ファブレ公爵家のひとり息子ルークは、過去の誘拐事件のため邸宅から出られぬ身。
剣の師ヴァンが、行方不明になった教団導師イオンの捜索の為、帰国すると知り、不満に思う我が儘な少年だった。
そこへ謎の刺客ティアが、ヴァンの命を狙って急襲してきた。
ティアと第七音素[セブンスフォニム]の超振動を起こしたルークは、ティアと共にタタル渓谷へと飛ばされてしまう。
キムラスカ王国の首都バチカルへ戻る旅を始めるルークとティア。その眼前に謎の陸艦が出現する。

　

　陸艦はマルクトの最新型陸上装甲艦タルタロス。
敵国マルクトに飛ばされたと知ったルークとティアは、キムラスカヘの帰還途中、エンゲーブに立ち寄る。
そこで食料泥棒の疑いをかけられ、マルクトの大佐ジェイド、ローレライ教団導師イオン、
イオンの守護役アニスと知り合うルーク達。
泥棒事件は教団が聖獣と定めるチーグルが魔物ライガの為に食料を盗んだせいだった。
交渉のためチーグル族のミュウと森に向かったルーク達だが、繁殖期のライガはルーク達に襲いかかる。
その危機を救ったジェイドは、ルークとティアを拘束してしまう。

　

　ティアとルークを拘束したジェイドは、ルークに協力を要請。
実はマルクト帝国の皇帝ピオニー九世が、キムラスカ王国との平和条約締結の使者として導師イオンを派遣。
ジェイドはキムラスカ到着の際、王族に連なるルークの協力が必要と考えたのだ。
慇懃無礼なジェイドに怒りつつ協力を約束するルーク。そこへ、魔物を連れた神託の盾[オラクル]騎士団が来襲。
黒獅子ラルゴの封印術[アンチフォンスロット]を受けたジェイドはラルゴを撃退するも、イオンを拉致されてしまう。
その戦闘で生まれて初めて人を殺し、動揺するルーク。
公爵家の使用人でルークの友、ガイが現れ、タルタロスを脱出したルーク達だが、ルークを庇ったティアが負傷してしまう。

　

　負傷したティアが治癒術で快復。
ルーク達は、軍港カイツールでアニスと合流し、迎えにきたヴァンと再会する。
平和を望むイオンの邪魔をしていたのはローレライ教団大詠師モースらしい。
神託の盾騎士団の六神将もモースの命で動いていたようだ。
そこへ襲撃してきたアリエッタは、連絡船を破壊、整備士を人質に取り、ルークとイオンをコーラル城へ誘う。
実はコーラル城は、７年前、誘拐されたルークが発見された因縁の場所。
城へ向かった一行は、再襲撃され、ルークを拉致されてしまう。
だが、ルークを攫ったディストは、ルークの同調フォンスロットを開くと皆の元へと返す。
ジェイドはその事件でルークの秘密に気づくのだった。

　

キムラスカヘ帰還の途中、ひとりになったルークは、ローレライの接触を受け、あらゆる物質を破壊し、
再構成する超振動の暴走で船の手すりを消してしまう。目撃したヴァンはルークに打ち明ける。
ルークが公爵邸に軟禁されたのは、キムラスカ王家がルークを兵器として扱っていた為だったと。
一方、バチカルに到着したイオン一行はキムラスカ国王にピオニー九世の親書を届ける。
親書には和平の提案と、マルクト帝国の鉱山アクゼリュスで障気が発生、救援要請が書かれていた。
預言[スコア]によれば、ルークはアクゼリュスへ行き、英雄となる運命らしい。
親善大使を拝命したルークに、ヴァンは密かに超振動で障気を中和できると教える。

　

戦争回避を嫌う大詠師派の妨害を避け、ヴァンが囮船で海路を、ルーク達は陸路でアクゼリュスに急ぐことに。
出発間際イオンの誘拐が発覚。六神将の仕業。
ガイは神託の盾[オラクル]兵の監視をかわす為、廃工場経由でのバチカル脱出を提案。
進むルーク達の前に王女ナタリアが現れ、ヴァンとの密談の目撃を盾にルークに同行を許可させる。
その頃、囚われたイオンはアッシュの秘密に気づく。
一方、オバケ嫌いのティアの弱点が判明等、珍道中をしながら進む一行。
ナタリアは幼少期に記憶障害になったルークとの思い出を回想する。
遂に砂漠に出た一行は、イオンを連れたアッシュの顔がルークに瓜二つだと知る。
アッシュから交信を受けたルークは、ザオ遺跡行きを決断した。

　

イオン救出の為、ルーク達がザオ遺跡に駆けつけた。
ラルゴと戦う中、ガイがシンクに傷つけられるが、イオンを奪還し、ケセドニアに移動する。
港でシンクのカースロットに操られたガイはルークを襲う。
港を離れた一行は、アクゼリュスに近いデオ峠に到着。
ルークは不用意な発言で仲間達の顰蹙を買ってしまう。そこへティアの教官だったリグレットが現れる。
兄ヴァンの元へ戻れと説得するリグレット。兄への不審を消せないティアは拒絶。リグレットは撤退する。
一方、ルークは親善大使として扱われないと怒りを募らせ仲間達から孤立してしまう。

　

ルーク達一行がアクゼリュスに到着。
ナタリア達は倒れた人々を率先して介抱するが、障気を消せば英雄になれると焦るルークは全く協力しない。
第七譜石発見の報で一行から離れたティアは、アッシュからヴァンの怖ろしい目論見を伝えられる。
一方、坑道に降りたルークは、ヴァンに再会、超振動で障気を消せと命じられるが、それは罠だった。
ルークの力は大地を支えるパッセージリングを消し、支えを失って崩落したアクゼリュスの人々は全滅した。
ルーク達だけがティアの譜歌に守られ、魔界[クリフォト]に到着する。
ヴァンに唆されたと責任回避をするルークを見放す仲間達。
ティアの案内でユリアシティに着いた一行はアッシュと再会。
自らがアッシュのレプリカであると知らされたルークは倒れてしまう。

　

フォンスロットの同調作用でアッシュの中に意識を取り込まれたルークは、仲間達が自分を見捨て、
地上へ戻ると聞く。だが、ティアだけは魔界[クリフォト]に残るという。アッシュ達はタルタロスで地上へ帰還し、
アクゼリュスを崩落させたヴァンの目的を探るため、ベルケンドへ向かう。
そこでレプリカを作るフォミクリーの研究をしていたスピノザを見つけるが、逃げられてしまう。
ワイヨン鏡窟へ向かったアッシュ達は、ヴァンの目的がさらなる大地の崩落だと気づく。
アッシュとの同調から外れたルークは、魔界[クリフォト]でルークの目覚めを待っていたティアと再会、
犯した罪の償いのため、変わることを誓う。

　

ユリアシティ市長テオドーロから、アクゼリュスの崩落は預言[スコア]に詠まれていたと知らされ驚くルーク。
さらにティアから、兄ヴァンが故郷ホドの滅亡を詠んだ預言[スコア]への憎しみから、
外殻大地の人間を消滅させることを目論んでいると知らされる。
ティアのヴァン暗殺は、その計画阻止の為だと聞いたルークは、共に地上へ戻ろうと提案。
ユリアロードで地上に戻った二人はガイと再会する。ガイはルークを信じて待っていてくれた。
そこへジェイドが現れる。イオンとナタリアがモースに軟禁され、救出のためガイに協力を頼みに来たのだ。
ダアトに向かったルーク達は、イオン達を救出する。

　

ピオニー皇帝の力を得るためグランコクマに向かったルーク達だが、タルタロスが故障、応急処置することに。
寄港地は雪の街ケテルブルク。ジェイドの生まれ故郷で、幼い頃ピオニーが政争の為、軟禁された街。
知事ネフリーはジェイドの妹だった。ジェイドは旧姓バルフォアといい、
幼少から天才と謳われていた少年だったが、師であるネビリムを事故で失っていた。
彼女を再生しようとレプリカを生み出すフォミクリー技術の研究に手を染めたジェイドは、
ある日、大事故を起こして負傷。友人のピオニーに諫められ、以来、禁忌の術を封印したという。
ルークは、ジェイドの辛い過去を知る。

　

マルクト帝国の首都、水の都グランコクマに到着したルーク達は、六神将のラルゴとシンクに急襲された。
辛くも撃退するが、ガイはシンクに操られ、ルークを襲った。
実はガイはホド出身のマルクト貴族で、ルークの父のファブレ公爵に一族を滅ぼされた恨みを持っていた。
復讐を誓い公爵家に入り込んだガイ。そんなガイをルークは友として信じきるのだった。
やがてピオニー皇帝に謁見したルーク達は、キムラスカ王国とマルクト帝国が一触即発状態にあることを知り、
和平の為にも、崩落する可能性のあるセントビナーから人々を脱出させたいと申し出る。
ピオニー九世の許可を得たルーク達はセントビナーへ到着するが、崩落は始まってしまう。

　

セントビナーが崩落。
ルーク達は、ピオニー九世の要請で来た飛晃艇アルビオールで人々を救出する。
だが、マルクト帝国とキムラスカ王国が遂に開戦。
大地を支えるセフィロトツリーを失った戦場で多数の犠牲者が出ることを案じたルークとナタリアは
停戦を求めて動くが、偽物としてバチカルに連行され自害を強要される。
ティア達に助けられた二人は、インゴベルト国王の元に赴く。だが、ナタリアには出生に秘密があった。
王女ではないと断罪されてしまうナタリア。
アッシュは六神将のラルゴ達を裏切り、ナタリアを慕う市民達と協力し、ルーク達を助け出す。

　

魔界[クリフォト]に外殻大地が落ちる可能性がある。それを調べる為、ルーク達はベルケンドで
研究者ヘンケン達の協力を取り付け、地核振動周波数の計測器を作ってもらう。
そして、計測位置のセフィロトの場所を確認する為、ダアトに向かう。
ダアトではアニスの母がアリエッタの魔物に襲われ負傷。
目撃したガイは家族が殺された時の記憶を思い出す。
ダアトで秘預言[クローズドスコア]を詠むイオン。預言[スコア]にはレプリカのルークの存在が抜けていた。
そして、イオンが確認したセフィロトがある場所、タタル渓谷でガイはアニスを助け女性恐怖症を克服する。
またヴァンが停止させたパッセージリングだったが、ティアが近寄ると動きだし、計測可能になる。

　

ルーク達の計測で外殻大地全てが崩落すると判明。降下は避けられない。
セフィロトをコントロールして緩やかに降ろせば良いというイエモンに、
ジェイドは地核振動を止める装置の制作を依頼する。
一方、ルークはキムラスカ国王とマルクト皇帝ピオニー九世に事態を説明すべきと提案。
親子ではなくなったインゴベルト国王との再会に怖じ気づくナタリアだが、
アッシュに勇気づけられ、イオンと共にバチカルに赴く。
ナタリアの意見を汲み、和平を約束した国王は、魔界[クリフォト]でピオニー九世と会談、両国の平和条約が締結される。
その席でホド戦争の真相を追求するガイ。フォミクリーの実験でヴァンがホド島を消滅させた事実が明るみに。

　

魔界[クリフォト]の液状化を止めるため、地核の振動を止める装置が完成。タルタロスに装備する。
だが、妨害に現れたヴァンは全ての人類を滅ぼしレプリカに置き換えて預言[スコア]を消滅させる恐るべき野望を明かす。
ルーク達に作戦を遂行させる為、犠牲になるイエモン達。
タルタロスで地核に突入したルーク達は、装置を作動させるが、イオンと同様オリジナル・イオンのレプリカのシンクが現れ、
脱出を阻んで死を選ぶ。だが、アルビオールで辛くも脱出したルーク達は、ティアの力を得たローレライの出現に遭遇。
ローレライは閉じこめられた自分を解放してくれとルークに告げる。その後、倒れてしまうティア。
セフィロトの作業で汚染された第七音素[セブンスフォニム]を取り込んでしまったのだ。

　

ルーク達の心配を制し、セフィロトで大陸降下作業を続けるティアは障気に蝕まれていく。
そんな中、ガイはホドが沈む前にヴァンと第七譜石を見た事を思い出す。
ヴァンがユリアの残した預言[スコア]を知っている可能性に驚く一同。
その夜、ヴァンはティアの元に訪れ、作業中止を求めるが、アッシュが現れヴァンを倒そうとして負傷する。
アッシュに「アブソーブゲート」で待つと伝え姿を消すヴァン。
一方、ルーク達は最後の作業を行う為、ロニール雪山へ移動し、そこで待ち受けていた六神将と対決する。

　

ヴァンの細工によって、このままでは大地が再び崩落しかねない。
それを止める為、一行はアブソーブゲートに向かう。
だが、ティアとルークは仲間達とはぐれ、ゲート奥で待っていたヴァンと対決する。
預言[スコア]を憎むヴァンは、ルークらの説得に応じず、駆けつけたガイ達の協力で、ついに倒される。
ルークは、ヴァンが細工した記憶粒子[セルパーティクル]の逆流を止めようとするが、力が足りない。
その時、ラジエイトゲートで待機していたアッシュが協力。
外殻大地は無事降下し、障気問題も解決、キムラスカ王国とマルクト帝国も停戦を果たすのだった。
そしてひと月後、ユリアシティでティアと再会したルークは、六神将が生存しているとの不穏な情報を得て、ダアトへ向かう。

　

ルークとティアは、ダアトでアニスとイオン、ガイとジェイドと再会。
脱走したディストがモースを救出、謎の部隊がマルクト軍を襲撃したと知る。
そこへナタリアも現れた。キムラスカ軍も襲われており、謎の襲撃部隊はレプリカ兵らしい。
そんな中、イオンが掠われ、ルーク達も死んだ知人達のレプリカ達に襲われる。
一方、モースの協力者だったアニスはイオンと共にザレッホ火山にいた。
モースはイオンに第七譜石を詠ませ預言[スコア]を知ろうとする。
レプリカの為、音素[フォニム]乖離を起こし死に瀕したイオンは、
最期に希望の預言[スコア]をルークに託しティアの汚染を除去して逝くのだった。
裏切り者と自分を責めるアニスをルークは慰める。

ロニール雪山でロケットを拾うルーク。持ち主は六神将か？
一方、ヴァンに囚われたローレライは解放の鍵、剣をアッシュに、宝珠をルークに送っていた。
ローレライを解放できないと世界は滅びる。だが、ルークは受け取っていなかった。
アッシュに宝珠探索を任せたルーク達は、ホド消滅時に沈んだはずのフェレス島へ行き、フォミクリー装置を発見、破壊する。
そこへ現れたモースは、ディストによって第七音素[セブンスフォニム]を入れ、怪物化し、浮上したレプリカ島・エルドラントで導師を自称して、
新生ローレライ教団を興す。全世界に謝罪と降伏を要求するモース。
一方、イオンの死を巡り、チーグルの森で決闘するアニスとアリエッタ。
アリエッタ、敗れ、死す。

ルークが拾ったロケットには、ナタリアの赤ん坊時代の肖像が描かれていた。
持ち主がナタリアの父らしい。
インゴベルト国王に捜索を任せたルークは、アッシュからの連絡を受け、アッシュをファブレ公爵邸に呼ぶ。
七年ぶりに実の両親と再会するアッシュ。
ルークは自らの居場所がなくなるかも知れないのを承知でお膳立てしたのだ。
一方、世界中に広がりつつある障気を消すには、ルークの超振動と多量の第七音素[セブンスフォニム]が必要だった。
その量を一万人のレプリカの犠牲で補う作戦を思いついたアッシュは、レプリカ達が集まるレムの塔へ向かう。
ルーク達も、アッシュを追ってレムの塔へ行くが...。

レムの塔でレプリカ達に障気を消すため犠牲になれと頼むアッシュ。
そこへルーク達が来た。
ディストも現れ、邪魔するが、封印術[アンチフォンスロット]を解除し力を取り戻したジェイドは強力な譜術でディストを退ける。
そして、ダアトに戻ったルークは、障気消滅のため犠牲になって欲しいとジェイドやピオニー達から頼まれる。
ティアは認めないが、ルークは作戦を引き受ける。
一方、レムの塔のレプリカ達は犠牲を受け入れ、残ったレプリカ達を救うことを望んでいた。
アッシュからローレライの剣を奪ったルークは、障気を消そうとするが、体内に持つ宝珠のせいでうまく消せない。
それに気づいたアッシュが協力し、レプリカ達の消滅と共に障気消滅に成功する。
だが、レプリカのルークは余命が短いと判る。

バチカルに新生ローレライ教団の使者を名乗るラルゴが現れる。
ラルゴの要求を拒絶したインゴベルト国王は、
バダックという傭兵が六神将の黒獅子ラルゴであり、ナタリアの実の父だと明かす。
動揺するナタリア。
ルークの宝珠を調べたスピノザは、エルドラントの防御壁のプラネットストームを消す方法に気づく。
二手に分かれ、アブソーブゲートに向かったティア達は、そこで復活したヴァンと再会。
イオンのレプリカに第七譜石の預言を詠ませ未来を知ろうとしていたモースを倒す。
一方、ナタリアとルーク達は、ラジエイトゲートで待ち受けていたラルゴと対決。
ナタリアの母の死の真相と預言を憎むようになった経緯を語ったラルゴを倒したルーク達は、
ついにエルドラントの防御を解く。

キムラスカ王国とマルクト帝国の連合軍が成立。
エルドラント攻略の準備が整う中、グランコクマでアッシュと再会したルークだが、お互いの歩み寄りは出来なかった。
その後、ルーク達はイオンのレプリカ・フローリアンをダアトに送り届ける。
礼拝堂で亡きイオンを偲び譜歌を歌ったティアは、ヴァンがかつて教えてくれた歌だと回想。
死の恐怖に怯えるルークを優しく労るのだった。
作戦決行の前日、ケセドニアに集ったルーク達は思い思いのひとときを過ごす。
翌日、エルドラントを舞台にした決戦の火蓋が切って落とされた。
ルーク達はアルビオール２号機で出撃。アルビオール３号機で突撃するアッシュを目撃する。

エルドラントの内部へ進んだルークは罠にかかり、仲間達と分断されてしまう。
その時、共に引き離されたアッシュは、存在を賭けてルークに決闘を挑む。
一方、待ち受けていたリグレットとシンクと対決したティアとアニス達は、二人を倒し、ヴァンを探して更に奥へ進む。
同じ頃、アッシュと激しく剣を交えたルークは、自分がアッシュの代わりではないことをアッシュに理解してもらおうとする。
認めたくはないが剣を弾かれ、負けを認めたアッシュは神託の盾騎士団の追撃を引き受け、
ルークにローレライの解放を託して送り出す。本名を名乗り戦うアッシュ。
ガイ達と再会したルークは、アッシュから乖離した音素を受け取り、その死を悟るのだった...。

エルドラント最深部で待ち受けていたヴァンは、ローレライの力でルーク達全員の攻撃をはねのける。
だが、ティアが大譜歌を歌ってヴァンを止め、剣と宝珠を合体させたローレライの鍵でルークがヴァンを貫いた。
ティアから、ユリアは預言を覆して欲しいと願っていたと聞かされたヴァンは、
野望が潰えたことを同志に詫びながら消えていく。
独り残ったルークは、ローレライを解き放つ。その頭上に落ちてくるアッシュの遺体。
抱きとめたルークは、解放されたローレライの光にのまれて、共に天を貫く...。
そして、二年後。
半壊したエルドラントが見えるタタル渓谷の海辺に仲間達が集まり、ティアの譜歌を聞く。
そこへ、約束を違えず帰ってきた人物がいた。