梅郷中学に通う一年生・有田春雪。
丸っこい身体に内気な性格の彼は、学内格差の最底辺にいた。
昼休みは学内で唯一、心の休まる場所――トイレの個室からフルダイブしてゲームに興じる惨めな毎日。
ひた隠しにしていたそんな姿を、幼馴染のチユリに知られてしまったある日、ハルユキは意外な人物に声をかけられる。
もっと先へ――≪加速≫したくはないか、少年。
その言葉の主は、誰もが憧れる上級生、黒雪姫であった―。

バーストリンカーになったハルユキを待ち構えていたのは、
凶悪な骸骨ライダー――アッシュ・ローラーとの対戦と敗北。
≪ブレイン･バースト≫の正体はポイントを奪い合う対戦格闘ゲームだった。
訳も分からず敗北を喫したハルユキに、黒雪姫は≪ブレイン･バースト≫の原則を教える。
ポイントを失えば≪加速≫の力も失ってしまう。
まずは失ったポイントを取り返すため、再戦に備えてのレクチャーを受けるハルユキだったが......。

アキハバラ・バトル・グラウンドに現れた、マッチングリストに名前の出ないバーストリンカー――《ラスト・ジグソー》。
ハルユキとパドは、ダスク・テイカーと同じ能力を持つその相手を、自分たちを囮にして対戦に誘い込む。
ジグソーの攻撃に苦しめられながらもなんとか勝利し、パドの残した『手掛かり』を頼りに彼のリアルを探ろうとするが......。
一方、新宿エリアではライム・ベルのデビュー戦が行われていた――。

能美との決戦に同行を申し出たチユリを信じ、３人で対戦に向かうハルユキとタクム。
必勝の誓いを胸に、梅郷中の校庭でダスク・テイカーと対峙したシルバー・クロウだったが、意外な伏兵に動きを封じられてしまう。
残されたシアン・パイルは弱点を突いた攻撃を克服し、相手の必殺技を封じるも、ライム・ベルを人質に取られ、戦う力を失ってしまう。《加速世界》での最期という絶望的な状況を前に、シルバー・クロウは――。

お前とはもう、永遠にわかりあえない。
ブラック・ロータスの助けを得て、決着をつけるべくダスク・テイカーと対峙するシルバー・クロウ。
ふたつのデュエル・アバターが空を裂き、《心意》の光が交錯する。
そして、シルバー・クロウの手刀が相手の胸を貫き、とどめの一撃が放たれる直前。
傷ついたダスク・テイカーにライム・ベルの《シトロン・コール》がかけられる。
そこにはチユリの本当の狙いが込められていた......。