密易であぶく銭を稼ぐホ・ジュンは、ある日、中国商人と漢方薬の取引をするが、条件をめぐって緊迫の駆け引きがつづいた末、一歩も引こうとしない商人の目の前で品物に火をつける。
あわてた商人はホ・ジュンの条件にさらに上乗せして支払い、ホ・ジュンの腕に感服する。
ひと儲けしたホ・ジュンと仲間たちは、ある時は酒と女遊びに更けり、ある時は賭博場にいり浸って、その日暮らしのならず者生活を送る。
ホ・ジュンの母親はそんな息子の姿を見かね、郡守である父親のためにもまともになれと言い聞かせるが、父親にとって忘れられた存在である自分などどう生きようと関係ない、と投げやりに答える。
ところが、ある日、密貿易の現場で両班の娘と知り合い、父親のために男装をしてまで危険な密貿易に手を染めようとする彼女のことが忘れられなくなる。
仲間に女の居所を探させ、訪ねて行ってみると・・・。

　
密貿易の現場で知り合った女性は、役所が血眼になって探す反逆者の娘だった。
ホ・ジュンは彼女のために再び密貿易を試みるが、厳重な取り締まりのなか、ついに捕まってしまう。
役所に連行されたホ・ジュンは、密貿易の仲間と反逆者親娘の居所を問い詰められ、拷問を受ける。
あくまでシラを切るホ・ジュンに対し、義州の兵馬都尉ペ・チョンスはホ・ジュンが自分が尊敬するホ・リュン郡守の息子であると知り、その処遇を彼に一任する。
放蕩三昧の生活を送ったうえ、重罪人として目の前に引き出された息子に失望するホ・リュンだったが、息子の代わりに自分を殺してくれと嘆願する母親、そして身分のくびきに苦しむ息子の言葉を思い出し、彼に最後のチャンスを与えようと一枚の書状を差し出した―。

　
ミン・ジャホンの手下たちによってダヒと引き裂かれたホ・ジュンは、隙をついて彼らから逃げ出し、役所に行ってミン・ジャホンこそが反逆の中心人物であり、濡れ衣を着せられたイ・ジョンチャンの娘ダヒがミン・ジュホンの家に捕らわれていると告発した。
これにより、ミン・ジャホンは捕らえられ、ダヒは汚名を返上して両班の身分を回復する。助けることはできたものの、ホ・ジュンにとっては雲の上の存在となったダヒをホ・ジュンは木の陰から見送るしかなかった。
失意のなか、ホ・ジュンは母親と2人、慶尚道山陰へとたどり着く。
ところが、父親が紹介してくれた山陰の県監はすでに辞職しており、生活の術どころか身分の保証の道すら絶たれた2人は、知り合い一人いない異郷の地で途方に暮れてしまう。
そんな2人をそっと尾行していた男がいた。
山陰のならず者ク・イルソで、彼はホ・ジュン母子がどこかの流れ者に違いないと目をつけ、「俺が助けてやる」と言い寄ってくるが・・・。

　
「医員にならねば人殺しになるかも」というユ・ウィテの言葉で晴れてユ医院の門下に入ったホ・ジュン。
喜び勇んで医院に向かうが、ホ・ジュンの存在が気に入らない古株の下働きたちはホ・ジュンに嫌がらせばかりする。
水汲み場も教えてもらえないまま、とりあえず水を汲んできたホ・ジュンだが、それを飲んだユ・ウィテは「死んだ水を汲んできた」と怒り、場所を知らなかったと言い訳するホ・ジュンを「患者を死なせても言い訳する気か」と厳しく叱り付ける。
自分の過ちがわからないホ・ジュンは、眠りにつけないまま朝を迎え、医院の敷地を歩いていたところでイェジンに出くわす。
切羽詰ったホ・ジュンはイェジンをつかまえて事情を話し、自分を過ちを教えてほしいと嘆願する。
そこでイェジンは、医術に使う水は使い道によって33種類あり、汲む場所、汲む時間によって水の質が変わることを教える。
別の日、出かけるユ・ウィテの前を水汲み帰りのホ・ジュンが通りかかる。ユ・ウィテは水桶を降ろせと言い、桶の水をひと口飲んで・・・。

　
生活の足しにしようと、ク・イルソの妻ハマンに仕事の斡旋を頼むホ・ジュンの母。
早速、連れて行かれたのはホ・ジュンが働くユ医院だった。
金や名誉に関心のないユ・ウィテに対し、妻は富と権力に強く執着し、高価な品物をどんどん買い入れる一方、息子のドジを何とか内医院に入れようと必死だった。
夫の留守をいいことに、病舎を弟子たちに任せて息子を勉強に専念させ、さらには貧しい患者を追い出せと命ずる妻。
担ぎ込まれた重症の子供も追い返せと言われ、ホ・ジュンが困っていたところへユ・ウィテが帰宅。重症患者を追い返すとは何事かと叱りつける。
ユ・ウィテは、科挙を受験しようとするドジを呼び、まだ未熟で無理だと反対するが、そんな父親の反対を押し切って科挙を受けに行くドジ。
その情熱の裏には、兄妹のように育ったイェジンと結婚し、幸せにしてやりたいという思いがあった。
科挙を受けに漢陽に旅立つドジを送り出すユ・ウィテは、ドジのお供にホ・ジュンを指名した。
仲間たちの嫉妬のなか、漢陽に行けると喜び浮き立つホ・ジュンだが、彼には旅に必要な号牌がなかった――。

　
御医ヤン・イェスに答案をほめられたドジは合格を確信するが、合格者の名簿に彼の名はなかった。
何かの間違いだと試官に詰め寄るドジに内医院のキム・ウンタクが話して聞かせたのは、ドジが落第したのは父親のユ・ウィテがかつて内医院を受験した時、御医ヤン・イェスにこの上ない屈辱を与えたため、その恨みで落とされたという衝撃の内容だった。
一方、ホ・ジュンとドジが漢陽に発った後、ホ・ジュンを訪ねて山陰にやって来た人物がいた。
漢陽で離れ離れになったダヒと龍川でホ・ジュンの子分だったヤンテである。
ヤンテはク・イルソにホ・ジュンを探すよう頼むが、ヤンテを怪しい人物と思い込んだイルソは、ホ・ジュンはすでに山陰を去ってしまったとウソをつく。
これを聞いたダヒはショックと長旅の疲れが重なって倒れてしまい、ユ医院に担ぎ込まれる――。

　
ク・イルソから自分を探す人間がいると聞き、不吉な予感がするホ・ジュンだが、身を隠せという忠告は聞き入れず、ユ医院の仕事を続ける。
ドジの推薦で薬草採りになり、仲間たちと一緒に山に入るが、彼をうとましく思う仲間にはめられ、山中で道に迷ってしまう。
数日間、さまよった後、空腹のあまり採った薬草を食べて気を失ってしまうホ・ジュン。
気がついた時には目の前にライ病患者（ハンセン病患者）がおり、恐怖におびえていると、そんな彼を叱責する声が聞こえて来た。
見ると、そこにはサムジョク大師がいた。
一方、イェジンの親身な診療で気力を取り戻したダヒだが、まだしばらく療養を言い渡される。
そんなダヒのため、1人ホ・ジュンを探し回るヤンテは、ユ医院でホ・ジュンの母を見かけ、喜んで駆け寄っていく。
ホ・ジュンを探して山陰まで来たというダヒの話を聞き、ホ・ジュンの母は心痛な面持ちでダヒに会いに行くが――。

　
イェジンに教えられ、ホ・ジュンに会うことなく山陰を去ろうとするダヒと、寸前のところで再会を果たしたホ・ジュン。
２人の思いを確かめ合い、母に結婚の許しを乞うが、2人の将来に待ち受ける苦しみが痛いほどわかる母は決して許そうとしない。
しかし、2人の思い、そして自分が歩んできた道を振り返り、ついにダヒを迎え入れる覚悟を決めるのだった。
ささやかながら結婚式を挙げ、ダヒとヤンテという心強い家族を迎えたホ・ジュンは、医院での仕事に一層精を出す。
ところが、そんなホ・ジュンの決意を試すかのように、新たな事件がホ・ジュンを襲う。
治療を受けに来た患者の保護者が、ホ・ジュンが患者から金をせびり取っていると騒ぎだしたのだ。
いくら誤解と訴えても聞き入れてもらえず、ユ・ウィテにも疑われたまま、ホ・ジュンはまた水汲みに戻されてしまった。

　
ク・イルソの家から空家を見つけて引っ越したホ・ジュン一家。
ホ・ジュンがいればどんな苦労も耐えられるというダヒのためにも優れた名医になることを改めて心に誓う。
しかし、そんなホ・ジュンの決意を試すかのように新たな事件がホ・ジュンを襲う。
患者の家族がホ・ジュンに金を要求されたと騒ぎだしたのだ。
誤解と訴えても認めてもらず、結局、水汲みに逆戻りとなり、病舎への出入りも禁じられてしまう。
一方、ヤンテを連れて山に狩りに出かけたク・イルソは、ワナにかかった動物が見事な刃物さばきで解体されているのを発見する。
驚いたク・イルソは途中で出会ったホ・ジュンと手分けして探し始め、やがてホ・ジュンの目の前に一人の怪しい人物が現れる。
正体を突き止めようと、あとをつけて行くホ・ジュンが目にしたのは――。

　
老師のもとで医術を学び始めたホ・ジュンは、仕事が終わると山へ入り、明け方に家に戻る生活を送っていた。
言われなき汚名を着せられ、医員の道から遠ざけられたホ・ジュンは、悔しさを誰にも言えぬまま一層執念を燃やし、取りつかれたように老師の教えに耳を傾ける。
一方、ドジとの仲を引き裂こうとするドジの母は、イェジンに年の離れた男との縁談を強要し、いづらくなったイェジンは家を出る決心をする。
やがて老師から卒業を言い渡され、何かお礼がしたいというホ・ジュンに対し、老師は「一度でいいから人間の腹の中を見てみたい」と言う。
それを聞いたホ・ジュンは――。

　
深夜、ホ・ジュンの家を見知らぬ親子が訪ねて来た。
自殺未遂をして意識を失った娘を助けてほしいというのだ。
仕方なく受け入れたホ・ジュンは、悪戦苦闘の末、無事に娘を生き返らせる。
初めて 自分の力で人の命を救い、満足感に浸るホ・ジュンだが、やがて困ったことが起きた。
助けた家族がホ・ジュンの噂を町中に言いふらし、みんなが診療を受けにホ・ジュンを訪ねて来るようになったのだ。
断り切れないまま診療を行うことにしたホ・ジュンだが、やがて"ホ医員"の噂はユ医院にも届き、ホ・ジュンは仲間たちにさんざん痛めつけられた挙句、ユ・ウィテの前に引き出され・・・。

　
ユ・ウィテからじきじきに倉庫番に任命されたホ・ジュン。
喜び勇んで家に帰ると、ダヒがお産中で、元気な息子がジュンを迎えてくれた。
初めてユ・ウィテから認められ、医員に一歩近づいたホ・ジュン。
しかし、自分を差し置いて倉庫番になったことが許せない仲間たちは何かとホ・ジュンに楯突き、苦労が絶えない。
なかでも、一番の古株だったプサンポはどうにも我慢がならず、仲間からユ家に代々伝わる「秘伝書」があると聞くと、それを手に入れようと刃物を手にユ・ウィテの寝室に忍び込む。

　
無実の罪で罰せられ、侮辱までされたダヒ。
貧しさと屈辱に苦しむ家族を見ながら、自分の夢のために家族を犠牲にすることはできないと、医員の道をあきらめる決心をし、反対する家族を振り切って医院に辞意を伝えに行くホ・ジュン。
一方、医院ではサムジョク大師が連れてきた急患に追われていた。
そこへさらに昌寧の右相様の奥方様が中風で倒れたので、すぐ来てほしいとユ・ウィテを迎えに来た。
医院を離れることができないユ・ウィテは、そこにやって来たホ・ジュンに代わりを託す。
戸惑っている間もなくイェジンと共に出発し、昌寧に到着するホ・ジュン。
そして、ユ・ウィテ以外必要ないから帰れという右相様に対し、ホ・ジュンは「病を治すのは医員の仕事。身分が高くとも病は治せません」と言い返す。

　
針治療を終え、ひと息つくホ・ジュン。
そこへイェジンが患者の容態がおかしいと知らせに来る。
駆けつけてみると、奥方様が苦しんでひきつけを起こしている。
これもすべて回復の途中と主張するホ・ジュンだが、最初からホ・ジュンの腕を疑っている右相様はもはや聞こうともせず、ホ・ジュンを倉庫に閉じ込める。
代わりに呼んだ医員にも見込みはないと言われた右相様は、これもすべてホ・ジュンのせいと怒り、すぐに引きずり出して罰しようとするが、閉じ込めたはずの倉庫はも抜けの殻。
町中を探し回っても見つからず、怒り狂っていたその時、水桶を持ったホ・ジュンが現れて――。

　
右相様の奥方様の中風を治療し、喜び勇んで帰ってきたホ・ジュン。
祈るように帰りを待っていたダヒと母親は、息子の手柄を心から称えるが、たくさんの褒美の品を取り出した途端、ダヒの顔色が曇る。
そして、右相様にもらった紹介状までホ・ジュンにあきらめろと言い出した。
一方、ホ・ジュンが右相様のお宅からさまざまな褒美の品を持ち帰った噂はあっという間にユ医院の人々の耳に入る。
ついにホ・ジュンはユ・ウィテに呼び出され、右相様からもらった物をすぐに差し出せと命じられる。
ホ・ジュンが紹介状を出すと、ユ・ウィテはそれをホ・ジュンの手から奪い取り、その場で火をつけて燃やしてしまい――。

　
再度、紹介状をお願いしようと昌寧へ向かったホ・ジュンだが、右相様は朝廷の命を受け使者として明国へ向かった後だった。
生きる目標を見失い、ただ酒場に入り浸って毎日を送るホ・ジュン。
息子の変わり果てた姿を見るに耐えない母親はショックで寝込み、ただ１人ダヒだけが両班の家の雑用をしながら家を支えていた。
一方、そんなホ・ジュンをよそに、ユ医院ではドジが高名な両班の病を治し、科挙に向けますます医術に磨きをかけていた。
そんな時、ク・イルソ夫婦に大望の赤ちゃんが授かった。
待ちに待った朗報だが、夫婦はお腹の赤ちゃんが息子か娘かが気になって仕方がない。
オグンに脈を診断してもらったところ、なんと娘という結果が出てしまった。
妊娠の喜びも束の間、落ち込むク・イルソ夫婦。
どうしても諦め切れない2人は、お腹の中の娘を息子に変えることができるという医者を訪ねて行くが、なんとそこに座っていたのは、かつてユ医院で下働きをしていたプサンポだった。

　
寒空の下、くずや餅を売る母親とダヒを見たホ・ジュンは、プサンポと一緒に働く決意をし、2人で咸安の両班の家にやって来た。
5代続いて一人息子の家で、そこの嫁が30過ぎてようやく妊娠したため、妊婦の健康を管理するのがホ・ジュンの役目だという。
しかし、プサンポには別の目論見があった。
脈診で息子の可能性が高いとわかったにもかかわらず主人には娘と伝え、それをホ・ジュンが「転女為男法」を使って息子に変えてみせるとウソをつき、報奨金を巻き上げようというのだ。
何も知らないホ・ジュンは妊婦のための補薬を煎じるが、すでにプサンポの悪行は役人の耳に入っており、詐欺を働く医員としてプサンポと共に捕まり、役所に連行されてしまった。

　
馬淵洞での出来事を経て、自分には医員の道以外ないと悟ったホ・ジュンは、再びユ・ウィテのもとを訪れ、許しを請うが、ユ・ウィテはまたしても冷たく追い返す。
なんとしてもホ・ジュンに医員の道を続けてほしいイェジンは、今度はサムジョクにホ・ジュンの面倒を見てくれるよう頼む一方、ホ・ジュンにも今はサムジョクのもとで医術を学ぶ以外に道はないと説得する。
三寂寺は伽耶山の中にあり、難病患者たちが治療をしながら一緒に暮らしている。
警戒心むき出しの患者たち、毒々しい薬の臭いなど、異様な雰囲気に気後れするホ・ジュンだったが、次第に治療に打ち込むようになる。
そんななか、サムジョクを殺気立った視線で見つめる若者がいることに気づく。
サムジョクの息子、サンファだった。
親子と思えない複雑な感情が漂う2人の関係を疑問に思うホ・ジュンに、グァンイクがサムジョクの過去について語りはじめる ――。

　
目に入れても痛くないほどかわいがっていた一人息子のサンファが行方不明になり、懸命に捜すサムジョク。
心当たりを片っ端から捜すが見つからず、落胆して家に戻ると使用人の一人が、サンファが遊んでいたそばを難病患者が通りかかったと証言する。
飛び出して再び捜し始めるサムジョク。
すると、山の途中にサムジョクがサンファに贈った靴が落ちているのが見つかり、さらに進むとサンファの服をはおった少年がいた。
恐ろしい形相で近寄ってくるサムジョクに、少年は「助けて下さい。私はヘビと雷魚しか食べていません」と怯えながら許しを乞うのだった。
我を失い、少年の家に駆け込んだサムジョク。
そこで彼が目にしたものは――。

　
薬材を求めて町に来たホ・ジュンが酒幕で一服していると、難病患者が現れて大騒ぎになっていると知らせる人がいた。
あわてて駆けつけてみると、そこにはさんざん痛めつけられたサンファがいた。
三寂寺を抜け出したサンファとスヨンは空腹に耐えられず、食べ物を分けてもらおうと民家に立ち寄ったところで、大人たちに取り囲まれ、理由も聞かずに殴られたのだ。
ホ・ジュンは難病患者に対して並々ならぬ敵意を示す村人からサンファたちを救い出し、なんとか説得して三寂寺に連れて帰る。
行き場を失ったサンファはスヨンと一緒に死のうとするが、その矢先、サムジョクが意識不明の重態に陥る――。

　
サムジョクに科挙を受けるよう勧められ、山陰に戻ってきたホ・ジュン。
久しぶりのわが家では、すっかり大きくなったギョムが父親の帰りを待ちわびていた。
しかし、久しぶりに顔をそろえた家族の憩いも束の間、ホ・ジュンはダヒと母親を前に、科挙を受ける決心を告げる。
科挙まであと10日。漢陽まで80余里を行くには、1日の無駄も許されない。
歩きつづけてようやくたどりついた鎮川で、ホ・ジュンはドジ一行と出会う。
宿泊客はほとんどが科挙を受けに行く医員たちで、みなライバル心をたぎらせながら、追い込みに余念がなかった。
その夜、早朝の出発に備え、どの医員も寝静まった頃、家族に急患が出て、宿にいる医員に診てもらいたいという村人が訪ねてきた。
村人の家は漢陽と反対方向。
一時の余裕もない医員たちは一様にかぶりを振るが、困り果てた姿を見かねたホ・ジュンだけが、自分が行くと名乗り出る――。

　
急患の村人のために、科挙への道を後戻りしたホ・ジュン。
徹夜で診療し、そのまま漢陽へ向かおうとするが、タダで病を診てくれるとの噂を聞き付けた村人が玄関に押し寄せ、頼みを断りきれないホ・ジュンは、あと半日だけという約束で病人たちを診ることにする。
ところが、診療を受けに来る患者は続々と集まり、約束の半日が過ぎても減るどころか増える一方だった。
ホ・ジュンはもう１日だけ滞在を延期すると言い、村人たちに協力してもらいながら一人でも多くの病人を診療しようと、寝る間も惜しんで頑張る。
ようやく診療を終え、宿屋のドルセに案内されて漢陽への近道を行くが、なんとついた所はドルセの家だった。
ホ・ジュンが優秀な医員と知ったドルセが、自分の母親の病を診てもらいたくて、ホ・ジュンをだまして連れて来たのだ。
目の前が真っ暗になり、診てくれなければ殺すと鎌を振り上げるドルセを振り切り、科挙へ向かおうとするが、そんなホ・ジュンの前に現れたのがやつれて弱りきったドルセの母親だった。

　
重病のドルセの老母に薬を煎じながらもホ・ジュンの頭の中は科挙のことでいっぱいだった。
毒草を使った薬をドルセに任せるのは不安だったが、これ以上滞在を延ばせないホ・ジュンは、薬の処方を念入りに教えて再び漢陽を目指そうとする。
すると、自分のために科挙に遅れるのを申し訳なく思ったドルセが、馬を用意してくれると申し出てきた。
もはや徒歩では遅刻は確実である今、馬の申し出はまさに渡りに船。
ホ・ジュンは神様に手を差し伸べられたようにその申し出を受け入れた。
ところが、待てど暮らせどドルセは帰って来ない。
思えば、無知で貧乏なドルセがどうやって馬を手に入れるのか。
冷静になればあまりに無謀な賭けだったが、今となってはその無謀さに望みを託すしかない。
神にも祈る思いでドルセの帰りを待ちわびていたホ・ジュンのもとに、ついにドルセが現れた。
しかし、彼はその両腕を役人に押さえつけられ、さらに役人はホ・ジュンまでも取り押さえようとする。
ドルセは人様の馬を盗もうとしたところを見つかって役所に引き渡され、そこで医員のために盗もうとしたと答えたことから、ホ・ジュンが盗みを指導したことになってしまったのだ。

　
ドジが凱旋して以来、山陰は町全体がお祭り騒ぎだった。
山陰最初の医科合格者となったドジは一躍話題の人物となり、町の英雄として賞賛を一身に集める一方、ホ・ジュンは身のほど知らずに科挙を受け、惨めに敗れ去った愚か者として笑いの種になった。
母親はショックで寝こみ、ダヒは行方不明の夫を心配しながらひたすら帰りを待った。
ドジの合格を受け、ユ家では盛大な祝宴を開いた。
そこには町の有力者だけでなく、山陰県監様までが姿を見せ、口々にドジの快挙をほめたたえた。
これまで医員として見下されてきたドジたちにとってこれほど誇らしいことはなく、これまでの屈辱が一度に報われる思いでいたその時、山陰県監様に鎮川県監から手紙が届いた。
そこには、山陰の医員ホ・ジュンが科挙に行く途中で鎮川の貧しい村人たちを診療し、村人たちの頼みを断り切れず科挙を受けることもできなかったこと、他の医員は冷たく背を向けるなか、科挙を後回しにして村人たちに尽くしたホ・ジュンはこの世に2人といない義人だとほめたたえていた――。

　
病人を捨てて科挙を受けに行った息子を許せないユ・ウィテは勘当を言い渡し、ドジと母親は財産のすべてを持って漢陽へ引っ越して行った。
一方、ホ・ジュンは貧しい村人を診ていて科挙に落ちた義理堅い医員として町中に知れ渡り、診療を求める村人たちが数多く家に押しかけた。
ユ・ウィテがいる限り、山陰では診療しないと心に決めたホ・ジュンだったが、ある日、危篤の山陰県監の往診を求める使いがやって来て、断りきれずに役所へ向かうと、そこにはユ・ウィテがすでに診療に訪れていた。
ユ・ウィテの邪魔をすまいと慌てて帰ろうとするホ・ジュンをユ・ウィテが呼びとめ、一緒に部屋に入るように言い、自分は容体だけ確認すると、後をホ・ジュンに任せて帰ってしまった。
大切な患者をホ・ジュンに任せた師匠に、もしや自分を許してくれたのではと淡い期待を抱くホ・ジュン。
診療の経過報告にユ医院を訪ねると、ユ・ウィテはホ・ジュンを部屋に招き入れ、診療方法についていくつか尋ねた後、「病舎にいる患者を診よ」とひと言。
こうしてホ・ジュンは再びユ医院で働くことになった。

　
母親を背負ってユ医院に駆けこんで来た男。
それは他でもない、科挙へ行く途中でホ・ジュンが治療をした母親の息子、ドルセだった。
ホ・ジュンが処方した薬を飲んで母親の目が見えなくなり、ホ・ジュンに治してもらいに来た。
毒草を使った薬を処方し、必ず処方どおりに飲ませるよう念を押して科挙へと急いだが、無知なドルセはその薬を飲んで母親がよくなったことから、無思慮にも3度も与えてしまい、母親の目をくらませてしまったのだ。
ホ・ジュンの言いつけを守らなかったドルセの責任が大きかったが、危険な薬を安易に任せてしまった自分にも責任を感じたホ・ジュンは、母親思いのドルセのために何とか目を治そうと治療に取りかかる。
一方、漢陽のドジは、王子様の病を診るチャンスに命をかけて取り組み、見事に治療した。
その功労は殿下にも伝えられ、殿下から褒美が下賜された。
新人医官のドジは、千載一隅のチャンスを見事ものにし、出世街道を上り始める。

　
ドルセの母親の目が治り、重苦しかったユ医院に喜びの声がこだまする。
一時は事故を起こした医員として信頼を落としたホ・ジュンだが、無事治療したことで再び名医の評判が高まった。
ところが、安堵の胸をなでおろすユ医院の一角で、大変なことが起きていた。
経過を報告しにユ・ウィテの部屋へ向かったイェジンは、そこで血を吐いて倒れているユ・ウィテを発見する。
あまりの衝撃に言葉を失うサムジョクとイェジンに、ユ・ウィテは自分の体は反胃に犯されており、すでに余命いくばくもない事実を告げる。
一方、内医院での地位固めに余念がないドジは、ある日、上官たちを自宅に招いて接待する。
ドジが独り身なことを心配した上官の1人は、訳官として最高の身分にあるグォン様の娘との結婚を勧め、母親も乗り気になるが、イェジンに対する未練を捨てきれないドジは、最後にもう一度だけ自分の思いをイェジンに届けようと手紙を送る。

　
トゥシ村に伝染病が発生し、ユ・ウィテたちの後を追って村へ向かったホ・ジュン。
毎日数十名が死に、死体を焼く煙が辺り一面に漂うなか、懸命に治療にあたるユ・ウィテはホ・ジュンを厳しく追い返そうとするが、「病気から逃げた医員に何ができますか」と決して帰ろうとしない。
さすがのユ・ウィテもホ・ジュンの頑固さに根負けし、3人で治療にあたる。
一方、漢陽の内医院では6ヶ月の研修期間が終わり、新人医官の品階と所属が発表され、王子様の治療で功労を挙げたドジは、新人にもかかわらず従八品を受け、王子様の診療にあたる宮医に任じられる。
喜びに浸るドジと母親。
そこへ、山陰のユ・ウィテのところへ結婚の承諾を得るために向かった使用人が戻ってくる。
彼は、トゥシ村で伝染病が発生したために山陰へ入ることができず、そのまま帰って来たという。
ドジが個人的に頼んだイェジンへの手紙も届けることができず、持ち帰ったという。

　
反胃の特効薬を求め、ヨンダルとコクセを連れて山に入ったホ・ジュンは、大変な効能を持ち、めったに手に入らないことから霊薬と呼ばれる山参を発見する。
3人はホ・ジュンの真心が天に届いたと大喜びするが、翌朝目覚めてみると、山参は籠から消えており、お共のヨンダルもいなくなっていた。
山参を売ると大金になることから、ヨンダルが持ち逃げしたのだ。
怒りに震えながら山を降りる途中、逃げたはずのヨンダルを見つけたが、彼の手に山参はすでになく、同じ薬草採りたちに集団で奪われたと言う。
その頃、漢陽では上官の仲立ちでドジの婚礼が進められていた。
医官としてこれ以上ない相手を得て喜びに浮かれるドジの母親だが、使用人たちが奇妙な知らせを持ってきた。
市場でイェジンに似た人を見かけたというのだ。
母親は早速、使用人にイェジンを探させ、何としても結婚の日までドジに近づけないよう命じる。

　
ユ・ウィテのお共で行ったサンファが一人戻って来た。
先祖の墓参りと言っていたユ・ウィテが、実際はまったく関係ない密陽の天皇山へ向かったこと。
さらに、時刻まで指定してホ・ジュンとサムジョクに天皇山まで来いと言づけしたことなどをサンファから伝えられ、2人は首をひねるばかりだった。
指定の時刻に間に合わせるため、あわてて旅立つホ・ジュンとサムジョクとグァンイク。
指定された場所は大きな岩でできた洞窟で、いぶかりながら中へと入っていくと、暗い中にロウソクの明かりが見え、その明かりに照らし出されてユ・ウィテが横たわっている。
駆け寄って見ると、ユ・ウィテはまるで寝ているように静かな表情で横たわっており、手首からは止めどなく血が流れていた。
自殺だった。
顔はやわらかく、体にはぬくもりすら残っていたが、すでに脈はなかった。

　
医院の明け渡しを求めに来たユ・ウィテの妻は、その日のうちに荷物の大方を運び去り、見知らぬ男が新しい主となって医院にやって来た。
あっけにとられるホ・ジュンたちをよそに、チャン・マンスと名乗る男は医院のあちこちを見て回り、種類ごとに分けた水甕を必要ないからと捨ててしまう。
チャンはホ・ジュンを自分の医院に誘うが、ホ・ジュンにその考えはなく、ユ・ウィテの顔に泥を塗らぬよう、しっかり医院を守ってくれと言い残してユ医院を後にする。
ユ医院も人の手に渡り、ユ医院の仲間たちは散り散りばらばらになって山陰を去り、ホ・ジュン一人家で科挙に向けた勉強に専念することにした。
その頃、内医院のドジの将来を左右する一大事が起こっていた。
ドジが世話をする恭嬪様が妊娠したのだ。
宮医にとって出産は大変な慶事。
これを無事に終われば大変な功労をあげることができる。
ドジは早速妊婦にいいという鯉を手に入れ、特別な薬を作ってこのチャンスを手に入れようと闘志を燃やす。

　
念願の科挙を迎えたホ・ジュン。
試験当日、ホ・ジュンは試験官も他の受験者もあっけにとられるほど早く答案を書き終え、試験場を後にした。
試験後、答案の検討に入った内医院では、どの科目も欠けることなく見事に書き上げられたホ・ジュンの答案に誰もが舌を巻いた。
続いて行われた2次試験は、背講といい、医書に記された内容を暗唱する試験だった。
ホ・ジュンはよどみなく答えを述べ、さらに本を見ることも許される高度な問題もすらすらと暗唱した。
合格発表の日。
宮外に貼り出された合格者の名簿には、ホ・ジュンの名が一等一上（首席）として堂々と記されていた。
合格証を手に山陰へ帰って来たホ・ジュンを母親、ダヒ、ヤンテ、イルソが勢ぞろいして出迎えた。
ホ・ジュンは彼らの前に内医院の合格を報告し、待ちに待った喜びの瞬間を分かち合った。
喜びにわく山陰の面々とは逆に、漢陽ではドジが一人ホ・ジュンの合格に危機感を募らせていた。
何としてもホ・ジュンが入って来る前に内医院でそれなりの地位を築いておきたいドジは、妻のスクチョンを使うことを思いつく。

　
下血して倒れたダヒを世話していて初日から遅刻してしまったホ・ジュンは、ドジから10日間の宿直を言い渡される。
登院早々、上官たちに目をつけられたホ・ジュンだが、ある日、宮廷で懐かしい顔と再会する。
オグンである。
科挙の2次試験で落第したオグンは、そのまま漢陽で仕事を探すと言って残った。
その後、典医監を訪ね、科挙1次試験合格の実力を訴えて内医院の種薬署員として雇ってもらったのだ。
ドジとの結婚がダメになったイェジンも、以前助けてもらったイ・ジョンミョンの助けを借りて宮廷で働く医女になった。
厳しい修行も受けず医女になったイェジンに他の医女たちは反発するが、深い教養と確かな医術の腕を持つイェジンは決してひるまない。
こうしてユ医院で一緒だったホ・ジュン、ドジ、オグン、イェジンの4人が同じ宮廷内で働くことになったが、3人はまだイェジンの存在に気づいていない。
一方、山陰に一人残されたイルソは、心にぽっかり穴が開いたような寂しさに耐えられず、考えた挙句、ハマンをだまして漢陽へ引っ越す決心をする――。

　
内医院に入って10数年間、ずっと恵民署で働いている変わり者の医官キム・マンギョンに出会ったホ・ジュンは、出世ばかりを考え患者を診るという医員の本分を忘れていた最近の自分に気づき、一方のマンギョンも、患者の患部にためらうことなく口をつけ、膿をすい出したホ・ジュンの姿勢に衝撃を受け、ホ・ジュンのような医官が内医院に入ってきたことを歓迎する。
内医院の生活も少し落ち着いた頃、イルソ一家が漢陽にやって来る。
山陰と変わらず苦しい暮らしを送るホ・ジュン一家だったが、山陰で受けた恩返しのためにも裏の部屋を提供する。
一方、医女になったイェジンは、ある日、内医女に命じられ他の医女たちと一緒に宮殿の外へ連れて行かれる。
夫が亡くなった後、下男と通じた夫人を逮捕するためだった。
抵抗する夫人を板に縛りつけ、罰を加える役人たち。
目の前で繰り広げられる凄惨な状況を直視できず、その場を逃げ出したイェジンを先輩医女は容赦なく叱りつける。
患者を診るだけが医女の仕事ではない、というジョンミョンの言葉をイェジンは思い出した――。

　
密通の罪で捕まった両班夫人に死刑が下されたが、彼女の世話を命じられたイェジンは夫人が妊娠している事実を捕盗庁の従事官イ・ジョンミョンに告げる。
驚いた従事官は事実を確認するため内医院の医官を呼ぶと、なんとホ・ジュンが派遣されてきた。
病身のユ・ウィテを残し、一通の手紙を残して山陰を去ったイェジンとこんなかたちで再会できるとは思ってもおらず、懐かしさに胸がいっぱいになるが、医女のつらさを思うと、喜びよりも心配が先に立った。
やがて新人医生の配属が発表される日がやって来た。
ホ・ジュンの配属をどうするかで上官たちの意見が衝突し、発表が延期されていたが、結局、ホ・ジュンを目の敵にするキム判官たちの意見が通り、ホ・ジュンは恵民署に配属される。
これも修行の一つと受け入れるホ・ジュンだったが、同じ新人医生のチャン・ハクトはどうしても我慢できない。
ホ・ジュンを目の敵にするキム判官の謀略だと御医に直談判に行き、最初はあり得ないと一蹴する御医だったが、自分のクビをかけて訴えるチャンの気迫に動かされ、ついに調査に乗り出す。

　
恵民署の薬材倉から当帰が5斤紛失し、薬材倉の管理を任されていたイェジンとチェソンに嫌疑がかけられた。
新しく恵民署の責任者として赴任したキム判官は、恵民署の綱紀を正すため見せしめとしてイェジンたちを捕盗庁に引き渡す。
たかが当帰のために捕盗庁に引き渡すとはあまりに行き過ぎた処置だが、どうすることもできない。
できるのは、真犯人を見つけてイェジンたちの嫌疑を晴らすことだけだ。
薬材倉から薬材を持ち出して金に換えるのは以前から医官たちがやっていたこと。
しかし、今回の事件で気になるのは、当帰という安い薬材が狙われたこと。
金目当てなら、当然高い薬材を狙うはずだからだ。
そんな時、当帰には肌をすべすべにする効果があり、漢陽のキーセンたちはみんな当帰を使っているという話を耳にする――。

　
恵民署の不正を正すべく奮闘するホ・ジュンが突然、内医院に呼び出された。
いぶかりながら向かうと、ひざまずかされたうえ、自宅で診療した事実を問い詰められる。
診療の順番が回ってこなかった患者たちが医官のあとをつけ、自宅に押しかけて診療を求めることがしばしばあり、ホ・ジュンもその頼みを断り切れず、時間がある限り診療に応じていたのだ。
しかし、内医院は医官の私的診療を堅く禁じている。
いかなる事情があっても規則を破った人間をそのままにしておいては綱紀が乱れるとし、ヤン・イェスはホ・ジュンに扁額暗唱1000回の罰を下す。
ホ・ジュンが扁額暗唱の罰を下された噂はまたたく間に宮廷内に広まり、心配した同僚たちが次々と集まって減刑を訴えたが、聞き入れてもらえない。
みんなが見守るなか、ホ・ジュンは黙々と罰をこなし、鼻血を出しながらも歩みを止めず、ついに700回を超えたところで倒れてしまう――。

　
下吏たちの陰謀で重罰を受けたホ・ジュンに代わり、今度はドジに一大事がふりかかる。
妊娠中の恭嬪様が、予定日でもないのに産気を催したのだ。
医術においては誰にもひけをとらぬ御医でさえ、こと出産に関しては経験が少ないため田舎の助産婦にも劣る。
医女の中でも随一の腕を誇るホンチュンなら助けられるかも、という御医の言葉を聞き、ドジはすぐに医女宿舎へ向かう。
症状を説明し、考えられる原因を尋ねるが、ホンチュンは産室庁から公式に協力を要請してこない限り、答えられないと突っぱねる。
一方、恵民署のホ・ジュンは膿痂疹（とびひ）に犯された下吏の治療に追われていた。
すでに膿みが骨に達し、放っておくと命まで奪われる危険な状態だった。
膿痂疹は伝染性があり、病が移るのを恐れた下吏たちは近づこうともせず、同僚の医員も下吏がホ・ジュンを陥れた張本人であることから気が進まないでいるなか、ただ一人ホ・ジュンだけが自分の身の危険も省みず熱心に治療にあたり、ついに自分も膿痂疹にかかってしまう。

　
湯薬房で首吊り死体が発見され、恵民署は一気に不安に包まれる。
恵民署の責任者キム・ウンテクは宿直医官が職務を怠ったためと責任をホ・ジュンになすりつけ捕盗庁に通報するが、幸い捕盗庁ではとくに不審な点が見当たらないことから、簡単に処理する。
責任の追求を免れたホ・ジュンだが、なぜか喜ぶ気になれない。
自殺したパクには自殺するような動機が見当たらないうえ、死体にも不審な点があったのだ。
他殺ではないかといぶかるホ・ジュンの疑問を妥当と思いつつ、マンギョンは深入りするなと助言する。
ホ・ジュンが大変な事件に直面している頃、イルソたちも大事件を起こそうとしていた。
ヤンテが薬材の密貿易を持ちかけたのだ。
龍川ではホ・ジュンが先頭に立ってやっていたというヤンテの言葉に、イルソとオグンはすっかり乗り気になり、開城人参、麻布、花ゴザを準備して約束場所へ向かう。

　
自殺した搗薬使令の遺品から発見された斑猫、彼が作っていた薬を飲んでいたという校理。
両者の死につながりを感じたホ・ジュンは、斑猫を持ってイ・ジョンミョンを訪ね、持病の悪化が死因と片付けられた校理は斑猫によって殺されたものであることを告げる。
最初は殺されるほど恨まれる理由がないとホ・ジュンの言葉を信じられなかったジョンミョンだが、朝廷で熾烈化しつつある権力争いの結果、校理という地位を狙って殺されたに違いないと推測する。
では、誰が殺したのか？
それを突き止めるには、斑猫の出所を探るしかないが、斑猫は朝鮮ではなかなか手に入らず、毒性があるために薬材としてもほとんど使われない。
内医院の劇薬棚にも斑猫はなく、ホ・ジュンは中国からの密貿易を通して手に入れたに違いないと確信する。
その頃、ホ・ジュンの家にもちょっとした事件が起きていた。
ダヒのもとに、漢陽で暮らしていた時の親戚のお兄さんが訪ねてきた。
彼の使用人が市場でダヒを見かけ、あとをつけて家をつきとめたのだ。

　
宮廷で起こった2つの殺人事件。
そのカギとなる斑猫（はんみょう）の入手経路を追ったイ・ジョンミョンは、犯人を捕まえることに成功するが、彼を背後で操っていたのが父親の友人である吏曹判官チョン・ソンピルであることから、それ以上の追求をできずにいた。
しかし、今回の事件でジョンミョンをこのまま放っておいては自分の出世の邪魔になると判断したソンピルは、事件を捏造してジョンミョンを謀反犯に仕立てあげる。
どんなに無実を主張したところで、もともと陥れるために仕組まれたワナから逃れることはできず、ついに謀反犯として死刑を下される。
死刑執行の日、賜薬を運ぶ医女にイェジンとセヒョンが選ばれる。
何も知らぬまま死刑場へと向かったイェジンは、目の前に座る罪人がジョンミョンであると知って――。

　
同時期に別々の口眼咼斜の患者を診ることになったホ・ジュンとドジ。
ドジは約束の7日より4日も早く治し、自慢げに殿下に報告したが、あろうことか報告している最中に患者の顔がまた歪んでしまった。
とんだ恥をかいた御医はドジを怒鳴りつけ、治療から手を引くよう命じる。
一方、ホ・ジュンは3日で元に戻すと約束したが、約束の日になっても治る気配がない。
患者はホ・ジュンを嘘つきと非難するが、治らなかったのは患者がホ・ジュンの指示を守らず、途中で食べ物を食べ、針を打てなかったからだった。
何でもお見通しのホ・ジュンに患者はすっかり反省し、以後は言いつけをしっかり守って翌日、見事に元通りになって帰っていた。
家臣に命じて恵民署の様子を探らせたソン・インチョルは、自分たちの過ちを隠すため詭弁ばかり繰り返す御医を担当から外し、代わりにホ・ジュンを恭嬪殿に送る。

　
無理やり薬を飲ませようとするホ・ジュンに、患者はついに怒りを爆発させ、石のように重い碁盤をホ・ジュンに投げつける。
碁盤はホ・ジュンの足の上に落ち、ホ・ジュンはその場にうずくまってしまう。
そこへ騒ぎを聞きつけた恭嬪様がやって来て、弟のわがままぶりを厳しく叱り、今度こんなことをしたら宮廷から追い出すと言い渡す。
ホ・ジュンは様子を見に宮廷にやって来たキム・マンギョンとオグンに足を治療してもらい、休むこともなく再び薬を煎じて持って行くと言う。
こんな大怪我を負っても患者を治すことしか考えないホ・ジュンを、仲間たちは心配しながらも手伝うしかなかった。
翌日、ドジが湯薬房にやって来た。
ホ・ジュンの患者に出す薬の処方を見ると、そこには口眼咼斜に使うものとはまったく異なる薬材が書かれていた。
驚いてホ・ジュンを問い詰めると、なんと患者が煩っている胃病はたんなる胃病ではなく、反胃の初期症状だという――。

　
殿下に迫られ、口眼咼斜と反胃を5日で治すと約束してしまったホ・ジュン。
「宮中に戯言はない」と念を押した殿下の真意は、もし治せなかった場合は手首を切り落とすことを意味していると教えられ青ざめるホ・ジュンだったが、今さらどうすることもできない。
病を完治させるため、ホ・ジュンは患者の食事から生活すべてに指示を出す。
病に悪い食事はすべて下げさせ、嫌がる薬も無理やり飲ませた。
相変わらずホ・ジュンに反抗的な患者も、治らなかった時に言い訳させないよう悪態をつきながらも従った。
ホ・ジュンの熱心な治療にもかかわらず、4日が過ぎても患者の容体は一向に好転しない。
イェジンとソヒョンは、まずは口眼咼斜から治し、しばらく猶予をもらうべきだと説得するが、反胃を後回しにすれば悪化して手遅れになると決して譲らない。
師匠の体を開いて反胃を自らの目で確認したホ・ジュンは、この病を治すことこそが師匠の恩に報いることだと堅く信じていた。
そして、やって来た約束の時。
病はまったく好転せず、反胃どころか口眼咼斜もそのままだった。
恭嬪様はホ・ジュンに任せたことを自らの過ちだったと断じ、ヤン・イェスに病を治せなかったホ・ジュンに相応の罰を下すよう命じる――。

　
殿下から賜ったご馳走を食べながらホ・ジュンは久しぶりに家族と友人との団欒を楽しんだ。
オグンの口からこの間の出来事を聞いたダヒと母親は、ホ・ジュンの苦労を心から労い、感謝した。
弟の病を治療した功労を認められ家族を恭嬪殿に招待されたホ・ジュンは、恭嬪様から思いがけない申し出を受けた。
恭嬪殿の宮医になってほしいと言うのだ。
恭嬪様じきじきの頼みとあっては御医も承諾しないわけにいかなかったが、ホ・ジュン本人がこれを拒んだ。
自分の実力ではまだまだ足りず、今しばらく恵民署で経験を積みたいというのだ。
本人の固い意思に恭嬪様も折れるしかなかったが、お礼に用意した新しい家だけは受け入れてくれと頼まれ、恐れ入りながらも受け入れる。
恭嬪殿からの帰り道、ヤン・イェスはホ・ジュンを内医院の執務室に呼び、自分とユ・ウィテの間にある確執について語り、当時は認められなかった自分の敗北を今なら素直に認められると打ち明けた。

　
恭嬪様の弟君の病を治した功労を認められ、参奉から奉事を飛び越えて直長に昇進したホ・ジュン。
その一方で、ドジは明国へ行く使節団の随行医官に任命される。
遠路を徒歩でついて行く随行医官は大変な苦行で、通常は末端医官が担ってきたが、主簿であるドジが任命されたのは、医女との醜聞が原因だった。
自慢の息子が左遷されたことを知った母親はホ・ジュンに対する恨みを募らせ、手伝いに来たダヒをさんざん侮辱し、ユ・ウィテの命日の供養に訪れたホ・ジュンも汚くののしって追い返す。
そして、明国に旅立つドジを見送るや、ついに病に倒れてしまう。
原因不明の重病に名の知れた医員たちもみな匙を投げ、途方に暮れたスクチョンはホ・ジュンに診療を頼むが――。

　
原因不明の重病に倒れたドジの母親オ氏。
ドジの妻に頼まれ、看病に向かったホ・ジュンだが、オ氏はホ・ジュンの顔を見た途端、興奮して取り乱し、ひどくののしって部屋から追い出した挙げ句、再び下血して倒れてしまった。
気を失った隙にオ氏を診察したホ・ジュンは、オ氏の病は血崩であり、ここ3～4日が峠であると告げる。
すぐにでも治療しなければ命も危うい状態だったが、ホ・ジュンに治療されるぐらいなら死んだほうがましとホ・ジュンの治療をかたくなに拒んでおり、心の安静が何より重要な病であるだけに、ホ・ジュンは手出しができなかった。
その頃、朝廷では間もなくやって来る明国からの使節に頭を悩ませていた。
彼らは朝鮮に難題をつきつけてくることが予測され、彼らの機嫌を損ねることなく交渉を有利に持っていくためには、手厚い接待が効果的と判断。
本来ならキーセンに相手をさせるところ、教養のある医女に彼らの伽（とぎ）を務めさせるよう命令が下った―。

　
理由も告げられず不安を抱えて宮中に向かったイェジンは、セヒョンから自分たちが使節のお伽の相手に選ばれたと知らされ、愕然とする。
国の安否がかかった重要な任務とあっては、誰がどう頼もうと、辞めさせることはできない。
その夜、きれいに着飾られた自分の姿を鏡に映しながら、イェジンはホ・ジュンに宛てて手紙をしたためる。
山陰から漢陽に発つ時に書いたお別れの手紙―、今度はこの世からあの世へ旅立つお別れの手紙だった。
一方、ホ・ジュンにも大変な危機が迫って来る。
殿下の狩りに同行し、落馬した殿下を適切な治療で救ったホ・ジュンに一人の男が近寄ってきた。
ホ・ジュンのお陰で自分の首がつながったと礼を述べる男の顔を見た瞬間、ホ・ジュンの背中が凍りつく。
なんとそれは、龍川で密貿易をしたホ・ジュンを捕まえたペ・チョンスだった。

　
恵民署のホ・ジュンが龍川のホ・ジュンであることに感づいたペ・チョンスは、証拠をつかむため部下にホジュンの身辺調査を命じる。
最初はこのまま感づかれずにすむかと期待したホ・ジュンだが、気づかれた以上、もはや逃げられないと考え、友人のマンギョンに事実を打ち明ける。
チョンスからその話を聞いた時は彼の見当違いと笑い飛ばしたマンギョンだったが、ホ・ジュンから打ち明けられた以上、事実は動かしがたい。
しかし、ホ・ジュンの人柄を知るマンギョンは、ホ・ジュンのためにも、そしてそれ以上に病に苦しむ多くの患者たちのためにも、ホ・ジュンを罰するわけにはいかないと、チョンスに直談判するが、捕盗庁の責任者として重罪人を見逃すことはできないと、厳しく断られる。
内偵の結果、ホ・ジュンの妻がイ・ジョンチャンの娘に間違いないことを確認したチョンスは、そのまま恵民署へ向かうが、ホ・ジュンは黄海道で発生した疫病を退治するため、派遣された後だった。

　
黄海道一帯に広がった疫病を退治すべく派遣されたホ・ジュン。
前代未聞の惨状に、朝廷からさらに医官、医女が大幅増員されて派遣される。
仲間たちの到着を心強く迎え入れるホ・ジュンだが、その中に鋭い視線でホ・ジュンを見つめるペ・チョンスがいた。
疫病退治を任されたホ・ジュンは、山陰にいた頃に経験した疫病と症状が似ていることから、その時と同じ処方を試みることにする。
すると、それまで口も聞けずに横たわっていた患者が見る見るうちに回復しはじめた。
他地域でも試みたところ、同じような報告が相次いで寄せられ、役人たちはこれでもう大丈夫とすっかり安心し、医官たちを呼んでささやかな宴を開いた。
ところが、その宴の最中、それまで元気だった患者が再び危篤状態に陥っていると報告が入る。
急いで現場に戻るが、激しく身震いしたかと思うと、そのまま息を引き取ってしまった。
愕然とするホ・ジュン。そして、なんとあのチェソンまでが気を失って倒れてしまう―。

　
疫病を無事に退治したホ・ジュンは、医官の務めを全うした満足感に浸る間もなく捕盗庁のペ・チョンスに自首するが、そこへ殿下が疫病退治に功労のあった医官たちとじきじきに謁見するとの知らせが入り、直前で逮捕が延期になる。
また、疫病の現場で身を粉にして働くホ・ジュンを見たペ・チョンスは、医官としてのホ・ジュンの人柄と腕に信頼を抱くようになり、罪を見逃すことも考え始めていたが、なんとその矢先、ホジュンの罪がついに朝廷の人々の耳に入ってしまう。
一方、随行医官として明国へ行っていたドジが帰って来た。
予想以上に苦しい道程だったが、ドジの野望は苦しい道程を経てより鍛えられ、帰国草々、再起のチャンスをつかむ。
恭嬪様に代わって殿下の寵愛を受ける仁嬪様の兄上と知り合いになり、仁嬪様の宮医に推薦してくれるというのだ。
しかし、それには一つの条件があった――。

　
ホ・ジュンの突然の逮捕に恵民署は大いに動揺する。
キム・マンギョンはこみあげる怒りを抑えきれず、捕盗庁を訪ねるが、ことはすでに朝廷の重臣の耳にまで入っており、ペ・チョンスの意思でもどうにもできないという。
その時、朝廷では重臣たちが集まってホ・ジュンの処遇について話し合っていた。
ホ・ジュンの腕と朝廷への功績を勘案して減刑すべきという主張と、断固厳罰に処すべしという主張がぶつかり、結論が出ずにいたところへ突然、宣祖が現れ、なんとホ・ジュンを赦免しろとの御命を下す。
ホ・ジュン赦免の知らせはまたたく間に恵民署からホジュンの家にも届き、イルソとヤンテは監獄に閉じ込められているホ・ジュンとダヒに差し入れを持って行くが、なんとその最中、突然、捕盗庁が慌ただしくなり、釈放間近なはずの2人が義禁府へと移送されて行った――。

　
恭嬪様の急病を治すために獄中から呼び戻されたホ・ジュン。
駆けつけてみると、恭嬪様の病は真心痛（心筋梗塞）で倒れ意識不明の状態だった。
かつて真心痛で苦しむアン・グァンイクを針で救ったことのあるホ・ジュンは、今度もその方法で恭嬪様の一命を取りとめる。
殿下は、恭嬪様を救ってくれた功労を認め、再びホ・ジュンの赦免を提案するが、大臣たちの強硬な反対に合い、思い通りにいかない。
一方、恭嬪様も命の恩人であるホ・ジュンが再び投獄されたと聞き、何とか赦免するよう殿下に願い出る。
大臣との間で板ばさみになった殿下は、結局、一切の意義申し立てを禁じたうえで、ホ・ジュンの赦免を命ずる御命を下す。
過去のくびきから解放され、心から喜び合うホ・ジュン一家をいまいましい思いで見つめるドジと母親だったが、そんなドジのもとにまたとない朗報がもたらされる。
なんと、ドジが世話する仁嬪様が懐妊されたというのだ。

　
ホ・ジュンは恭嬪様、ドジは仁嬪様の宮医にそれぞれ任命され、内医院でも重要な地位を独占することになった2人。
しかし、仁嬪様は殿下の子供を身ごもり、飛ぶ鳥を落とす勢いで権力を伸ばしつつあるのに対し、恭嬪様はもはや忘れられた過去の女として寂しい日々を過ごしていた。
懐妊のお祝いに訪ねた仁嬪殿で門前払いを受けた恭嬪様は、屈辱感に打ちひしがれながら、自分の人生を振り返り、自分が手にしてきた富や名誉や幸福のはかなさを痛感する。
内医院でも上質の薬材はすべて仁嬪様にとられてしまい、恭嬪様には残り物しか回ってこない。
恭嬪殿の医女であるセヒョンはそんな不公平に抗議するが、それを聞きつけた仁嬪殿の尚宮にこっぴどく叱られる。
さらに、真心痛（心筋梗塞）で倒れて以来、体調が思わしくない恭嬪様は心労も手伝って日に日に病状が悪化する。
自分の死期の近いことを悟った恭嬪様は、王子たちと温泉地へ療養に行くことをホ・ジュンに提案し、ぜひついて来てほしいと願い出る――。

　
恭嬪様の死からさらに歳月は流れ、ホ・ジュンは湯薬庫と書庫にこもって医書の執筆に明け暮れていた。
恭嬪様を失った殿下は、まるでそんなことなど忘れてしまったかのように仁嬪様とその子、信城君を深く寵愛し、恭嬪様の２人の王子、光海君と臨海君は孤独な日々を送っていた。
仁嬪様のご懐妊で手柄を立てたドジは、仁慶宮の宮医として順調に地位を固めていたが、最近、自分が世話する信城君の病が日に日に悪化し、気の休まらぬ日々を送っていた。
万一のことがあればこれまでの努力が水泡と帰すと危機感を募らせたドジは、信城君の治療をホ・ジュンに任せることを思いつく。

　
ヒルを使って患部から血膿を吸い出すという奇抜は方法で信城君の腫れ物を治療するホ・ジュンは、周囲のプレッシャーをはねのけ、見事に病を完治させる。
最初は反対していた殿下はホ・ジュンの功績を高く評価し、正三品　堂上官の品階を与え、御医に任命する。
それはすなわち、中人から両班になったことを意味する。
家に帰り、家族に任命状を見せるホ・ジュン。
驚き、言葉を失うギョム。嬉しさに涙を流す母親。
そしてダヒとホ・ジュンは何も言わず、ただ静かに抱き合った。
ところが、喜びも束の間、国をひっくり返す一大事がホジュンを襲う。
倭軍が侵略してきたのだ。
壬辰倭乱（文禄の役）の勃発である。
釜山浦に上陸した倭軍は破竹の勢いで北上し、漢陽のすぐそこまで迫り―。

　
ついに倭軍が漢陽まで到達した。
混乱に陥った民衆は怒りの矛先を支配階級に向け、両班を襲ったり、宮廷に火を放ったり、まさに修羅場。
家族の避難を手伝いに自宅へ向かったホ・ジュンも怒り狂った民衆に襲われそうになるが、キム・マンギョンに助けられる。
そして恵民署が燃えていると聞き、駆けつけてみると、すでに建物全体が炎に覆われており、やっとのことで最低限の医書を運び出す。
医書を荷造りして家に向かってみると、家はもぬけの殻。
ホ・ジュンが来るのを首を長くして待っていたのだが、宮廷の人間はすでに避難してしまい、殿下に仕えるホ・ジュンも一緒に行ったに違いないと判断し、イルソ・ヤンテ一家と一緒に発ったのだ。
医書の荷造りで殿下一行の出発に間に合わなかったホ・ジュンたちは、重い医書を担いで一行に追いつこうと開城を飛ばし、直接、平壌を目指して歩きつづける。
途中、村に立ち寄ってしばしの休憩を取っていると、いきなり倭軍が現れて――。

　
村の民家でしばしの休息をとっていたホ・ジュン一行。
そこへ倭軍がやって来て見つかりそうになるが、サンファが囮になって敵をひきつけてくれたおかげで、何とか逃げ出すことに成功する。
船着場に到着し、平壌目指して船に乗りこむホ・ジュン一行だが、敵と共に消えていったサンファが心配なホ・ジュンは、なかなか出発できない。
後ろ髪を引かれる思いで船を出すと、岸にサンファの姿が現れる。
ホ・ジュンは船を戻そうとするが、それも間に合わぬまま、皆の見守るなか、後ろから追いかけて来た敵の鉄砲に倒れてしまう。
一方、ホ・ジュンの家族はイルソ・ヤンテ一家とようやく平壌近くまでやって来た。
途中、ヤンテの妻・ユウォルが産気づいて民家の納屋を借りて男の子を出産する。
身重のユウォルをお荷物扱いしていたハマンも新しい生命の誕生を喜び、疲れ切った顔にしばし笑顔が戻る。
殿下一行も平壌城に到着したが、倭軍の進撃の勢いが止まらぬことから、国境を越えて明に身を寄せるべきと主張する大臣まで現れた――。

ついに敵軍が平壌に達し、本格的な攻撃が始まった。
イルソ、ヤンテ、ギョムも義兵に名乗りをあげ、城に襲いかかる敵兵に石を投げつけて追い払う。
ダヒは国を守るために懸命に頑張るギョムに握り飯を配り、ホ・ジュンも懸命にケガ人の世話をしていることを告げながら、家族を省みない父親に対する恨みを消そうと、母の思いを静かに語って聞かせる。
一方、平壌を出て、さらへ北へと向かった殿下一行は、義州城でとりあえず旅装を解くが、そこへ信城君が急病で倒れたとの報が入る。
殿下の命令でホ・ジュンの代わりに殿下を随行していたドジは王子様の原因不明の病に青ざめる。頼りとなる医書はすべて平壌に置いてきてしまい、手をこまねいているうちにあっけなく亡くなってしまう。
ドジは責任をとって牢屋に入れられ、代わりに平壌に残ったホ・ジュンが呼ばれる。
ようやく家族と再会できたのも束の間、再び戦闘の中に家族を残していかなければならなくなったホ・ジュン。
引き裂かれるほどの思いでダヒたちに義州行きを告げると、ギョムは父親の立場を理解し、心強い言葉で父親を送りだしてくれた。

　
銃弾を受けたと嘘をつき、ドジに殿下の針治療を任せたホ・ジュン。
施術後、間もなく殿下は意識を取り戻し、起き上がるまでに回復する。
一時でもホ・ジュンの忠心を疑ったことを詫びる殿下に、ホ・ジュンは回復はドジの針治療のお陰であり、ドジの罪を許すよう願い出る。
そんなホ・ジュンに対し、ドジはこれまで嫉妬心にかられてホジュンに数々の妨害を加えてきた自分の罪を告白し、心から謝罪する。
敵軍の攻撃は衰えず、光海君が死守すると誓った平壌も陥落し、生き残った部下たちと共に義州に避難して来るが、明の援軍が到着すると戦況は一挙に逆転し、義兵の活躍も目覚しく、ついに倭軍を撃退する。
長い戦乱を終え、ホ・ジュンが痛感したのは、医術をもっと民衆の身近なものにしなければならない、ということであった。
戦乱で多くの死者を目の当たりにしたが、その多くが敵の攻撃ではなく、疫病や疾病に倒れた者たちであった。
少しの知識さえあれば死なずにすんだ人々。
彼らのためにできることは、医術をわかりやすく体系化し、広めることと考えたホ・ジュンは、殿下に医書編纂を願い出る――。

　
十数年も懐妊の兆しがなかった中殿様が王子を出産する。
嫡流の王子の誕生を手放しで喜ぶ宣祖の裏で、側室を母とする光海君および彼を支持する一派と、光海君と対立する勢力として権力から疎外されてきたチョン・ソンピル一派の権力争いが静かに始まった。
朝廷の不穏な空気をさとったドジは、ホ・ジュンに権力争いに巻き込まれぬよう、情勢を見極めて賢く渡り歩くよう助言するが、ホ・ジュンは医官の務めだけ果たせばいいと一蹴する。
その頃、ホ・ジュンは朝鮮医学を体系化する医書の編纂に全力を注いでいた。
既存医書の研究にはじまり、朝鮮で取れる薬材の研究、針灸術の整理など、やるべきことは山ほどあったが、朝廷の資金援助中断などもあり思ったように進まない。
そんな時、大君様と光海君が同時に病を患い、御医はどちらに行くか迷った挙げ句、大君様のもとへ駆けつける――。

　
嫡流の王子の誕生で精神的に追い詰められ、重体に陥る光海君。
これを絶好のチャンスとみた大君派は、わざと治療を誤って光海君を死に至らしめるようホ・ジュンをそそのかし、一方の光海君派はホ・ジュンを大君派と疑い、光海君の治療を任せるべきではないと主張する。
両派の身勝手な思惑に翻弄される中、ホ・ジュンは毒薬のヒ素を光海君の薬に入れる。
検匙（王様の食べ物に毒が入っていないか銀の匙を使って調べること）で薬にヒ素が入っていることが発覚し、毒殺の陰謀だとつよめられるが、光海君はホ・ジュンを信じ、ヒ素入りの薬を一気に飲み干す。

　
危篤からしばし意識を取り戻した殿下のもとに駆けつけたチョン・ソンピル一派。
安静が必要だと面会を退けるホ・ジュンを押しのけて大殿に乗り込み、殿下に永昌大君を世子に任命するよう上奏する。
嫡流の大君を世子に望む気持ちは殿下も同じだったが、わずか3歳の大君に王位を譲るわけにはいかないと上奏を退け、さらに光海君に王位を譲ることを宣布する「伝位教書」を差し出す。
これにより大君擁立の可能性は断たれたが、どうしてもあきらめきれないチョン一派は、なんと伝位教書の抹殺をもくろむ。
一方、光海君を支持するソン・インチョル一派は、世子の地位にあるとはいえ明国の承諾を得ていないという不安要因を抱え、その弱みをつかれる前に光海君を王位に就かせるよう示し合わせる。そんな時、殿下が再び危篤に陥ったとの報がホ・ジュンのもとに届く――。

　
家族や友人たちと離れ、人里離れた海辺のあばら屋で配所生活を送っていたホ・ジュンのもとに、ある日、村人が訪ねてきた。
ホ・ジュンが御医だったことを聞きつけ、病気の母を背負ってきたのだ。
断り切れずに診てやると、噂を聞いた村人たちが続々と集まってきて、孤独なはずの配所生活が再び活気を帯びてきた。
一方、内医院ではホ・ジュンの意思を継いで医書編纂に励んでいたが、ホ・ジュンなきあとの空白が大きく、作業が思ったように進まない。
悩んだ末、ドジはホ・ジュンに任せることを決め、医官たちに命じて配所に医書を届けさせる。
仲間たちの助けを受け、ホ・ジュンは十数年をかけた医書を自分の手で完成させる。
医書を受け取った光海君はすぐにホ・ジュンを朝廷に呼び戻し、大殿の宮医に任命するが、ホ・ジュンはその申し出を断り、郷里に帰らせてくれと願い出る――。

　
数十年ぶりに山陰に戻ってきたホ・ジュン。
ユ医院では先に帰郷したオグンが開院の準備を整えており、かつてのユ・ウィテの部屋に入ったホ・ジュンは、鮮やかに蘇る師との思い出に浸りながら、死ぬその日までこの場所で心医として歩み続けることを誓う。
ホ・ジュンが山陰にやって来た噂はあっという間に広まり、聞きつけた村人たちで医院は大賑わいとなる。折からの凶作で村人たちは飢え、薬代もままならないが、ホ・ジュンは医院も米が底をつく苦しい状況にもかかわらず無料で診療を続ける。
ところが、そんな村を疫病が襲う。ホ・ジュンは役所に備蓄米放出を要請する一方、いち早く朝廷に非常事態発生を知らせ、内医院からかつての同僚たちが応援に駆けつける。
力強い援軍を得て精力的に治療にあたるホ・ジュンだが、なぜか体が思うように動かない。
やがて疫病は峠を越え、村には久しぶりに笑い声がこだまする。
ホ・ジュンはそんな人々の声を遠くに聞きながら、やがて静かに目を閉じる。
その手にはしっかりと鍼が握られていた。