ファン・ジョンは漢城病院へ、兵曹判書の肺がん手術を見学しに行った。
執刀医のドヤンは渋るが、ワタナベ院長が許可する。
途中から第一助手として手術を手伝ったファン・ジョンは、肺動脈を自分に切らせてほしいと申し出る。
肺動脈は、縛らずに切れば大量出血で患者が即死する、危険な血管だ。
ファン・ジョンの持つハサミが、縛った個所より外側、つまり即死する場所に動くのを見て、ドヤンがとっさに制止した。

親の仇を殺させてくれと懇願するファン・ジョン。
だがドヤンは、ソンナンのことを考えろと諭した後、「医師としての姿を見せてください」と言って押さえていた手を離す。
駆けつけたソンナンの前で、ファン・ジョンは安全な個所で血管を切断した。
この一件を機に、ドヤンとファン・ジョンは酒を酌み交わす仲になる。

口唇裂の手術をした女性たちが、いっせいに家出をした。
醜い唇を理由に暴力を振るってきた夫が、今度は浮気を疑って暴力を振るうようになったためだ。
女性たちは離婚して病院で働きたいと願うが、夫が離婚に応じない。
だが好敦医師らの働きかけにより、国王が離婚を成立させてくれた。

ワタナベ院長も肺がんにかかり、手術が必要となる。
スピーディーでも大雑把な手術をするドヤンより、丁寧なファン・ジョンに執刀させたいと考えた彼は、
ドヤンとナオコに休暇を出して旅行に行かせる。

旅行中、ドヤンはナオコが携帯している睡眠薬が、単なる栄養剤であることに気づく。
前回の自殺未遂も、狂言だったのだ。怒ったドヤンは、ナオコを残して帰宅する。

ファン・ジョンの誕生日に、済衆院ではサプライズ・パーティーを準備していた。
夕方、ワタナベ院長に呼び出されたファン・ジョンは、ホテルのレストランに出向く。
院長の肺がん手術を依頼されたが、済衆院以外では執刀しないと突っぱねた。
その帰り道、ファン・ジョンは拉致されて漢城病院に監禁されてしまう。

漢城病院に拉致されたファン・ジョンは、ワタナベ院長の手術を拒んだが、
ソンナンに危害を与えると脅され執刀を承諾する。
地下の実験室で秘密裏に手術が始まった。その現場にドヤンがやってくる。
事情を察したドヤンは、手術後にファン・ジョンも殺されると考え、彼を病院から逃がした。

朝鮮が日本の植民地になることは不可避と悟ったユ通訳官は、
残りの人生を独立運動に捧げることを決意する。家族には黙ったまま、
ファン・ジョンにだけ秘密を打ち明け、ソンナンをよろしくと頼む。

睡眠薬の嘘がばれたナオコは、ドヤンに謝り続けるが受け入れてもらえない。
門前払いされたドヤンの自宅前で、夜通し雨に打たれたところ、
急性口蓋炎にかかり呼吸困難に陥った。ドヤンによる気管切開で一命を取りとめる。

アメリカの富豪、セブランス氏の寄付金により済衆院は
「済衆院セブランス記念病院」として病棟を新築することが決まる。
その定礎式に、済衆院の初代院長アレンも参加した。
アメリカ公使として朝鮮に戻っていたのだ。

久しぶりにアレンと再会した、かつての教え子であるファン・ジョン、ソンナン、ドヤン。
生前のヘロン院長と手紙でやりとりしていたアレンは、
ヘロンがドヤンをとても大切に思っていたことを伝える。

かつて、ヘロンが死の床で遺した言葉に傷つき、済衆院を離れたドヤンだったが、
実はその言葉が自分への愛情から発せられていたことを知る。

1905年、日本は朝鮮と乙巳保護条約を締結する。
高宗は承諾しなかったが、日本当局が勝手に印を押して成立させた条約だった。
こうして朝鮮は、日本の保護国となった。

朝鮮が日本の保護国になったことを受け、国民の間で義兵運動が一気に広がった。
義兵隊長となったユ通訳官は、私財を投じて武器を集め、保護条約に賛成票を投じた５人の朝鮮人の暗殺をもくろむ。
その刺客となったのは、かつてドヤンの忠臣であったチョン捕校だった。

最初のターゲットは軍部大臣の李根沢。チョン捕校に撃たれた彼は漢城病院に担ぎ込まれた。
ドヤンの緊急手術により、一命を取りとめる。
ドヤンは、自分が救ったのがいわゆる「売国奴・五賊」であったことを手術後にようやく知る。
日本当局はドヤンに勲章を授与しようとするが、ドヤンは拒否して漢城病院を辞める。
済衆院に戻ったドヤンは、暗殺失敗時に被弾したチョン捕校を手術で助ける。

日本公使が、漢城病院以外への薬の流通を妨害しているため、済衆院は深刻な薬品不足に悩まされていた。
だが、ドヤンを追って漢城病院から済衆院に移ったナオコが、日本人の特権を生かして薬品を購入してくれた。
ナオコは親に内緒でドヤンの家に転がり込むが、娘の家出に怒った父親が日本公使にナオコの身柄確保とドヤンの殺害を命じる。

ファン・ジョンとソンナンは、通訳官の意向により結婚を急ぐことにした。
だが、その準備を始めた矢先に、義兵活動の容疑で通訳官が逮捕されてしまう。

義兵隊長となったユ通訳官は、逮捕されて拷問を受ける。
日本当局は、皇帝が義兵に加担したという自白を引き出そうとするが、通訳官は口を割らない。
ワタナベ医師も、電気拷問と薬物による生体実験で通訳官を痛めつける。
だが結局、通訳官は口を閉ざしたまま死刑に処された。

チョン捕校が日本軍の襲撃により死亡した。
死の直前、ファン・ジョンに「傘（からかさ）連判状」を託す。
義兵の連合部隊を結成するための重要資料だった。
それをホ・ウィ将軍に渡してくれと頼み、息を引き取る。

皇帝は、ハーグでの万国平和会議に密使を送り、保護条約の破棄を目指した。
だが、密使らは日本の蛮行を訴える場を得ることができず、作戦は失敗に終わる。

ナオコは、ドヤンの殺害をほのめかす父親に屈して日本に帰国した。
別れ際、ドヤンは母の形見の結婚指輪をナオコに贈る。

ユ通訳官の逮捕を受け、ファン・ジョンは義兵隊長になるよう請われる。
医師として済衆院を守るべきか、国のために戦うべきか、ファンの心は揺れる。
そんな折、彼は負傷したホ・ウィ将軍を治療することになった。
治療の礼にと贈られた将軍の書には、「大きな医師は国を治す」と書かれていた。

大韓帝国の皇帝・高宗は、日本当局が強行した当事者不在の譲位式により、玉座を皇太子に譲位させられる。

さらに日本は、衛生局の活動を禁じ、衛生検査と称して非人道的な方法で芸妓の健康診断をしたり、
禁止薬を朝鮮人患者に処方して臨床実験をしたりしていた。
それを知った済衆院のメンバーが対抗策を取ると、日本公使は首謀者としてファン・ジョンを逮捕する。

アレン公使の尽力とナオコの犠牲によって、ファン・ジョンは釈放される。
拷問により満身創痍となった彼は、かねて要請されていた義兵隊長の任に就く決意を固めていた。
ソンナンは、義兵になっても構わないから結婚しようと言う。
先が見えないことなど、２人の愛には関係なかったのだ。

結婚式の当日、日本公使はファン・ジョンが義兵隊長であることを知る。
そこで、式場である済衆院へと逮捕しに向かった。
だが、その動きを察知したドヤンらは、先手を打ってファン・ジョンを逃がす。
日本公使は、逮捕しようとした新郎がイ・グァクであることを知り、地団駄を踏む。
ファン・ジョンとソンナンの本当の結婚式は、別の小さな教会で始まろうとしていた。

ファン・ジョンとソンナンの結婚式は、日本当局の目を避けるため、急きょ会場を変更して小さな教会で行われた。
義兵隊長であることがばれ、追われる身となったファン・ジョンは、済衆院をドヤンに託す。
数日間の休暇を取ったソンナンと共に、白丁村の部屋を借りて短い新婚生活を送る。

ソンナンが休暇を終えて済衆院に戻り、ファン・ジョンが山での義兵生活を始めてしばらく後、
ファン・ジョンが占い師を装ってソンナンに会いに来る。
蜂起の日が決まったことを告げに来たのだった。

だが、蜂起の直前、義兵の秘密基地は日本軍の奇襲を受けて壊滅する。
ファン・ジョンは生き延びたものの、義兵隊は再起不能な状態となった。

そんななか、満州の独立軍で軍医を求めているとの情報が入る。
医師の本分を思い出したファン・ジョンは、独立軍の兵士を治療することで国のために戦う道こそ、自分の使命だと悟る。
「済衆院セブランス記念病院」の開院式に、こっそり現れたファン・ジョンは、ソンナンに満州行きを告げた。
ソンナンは、夫婦は共にいるべきだからと、ついて行くことにする。

出発当日の朝、ソンナンは親友スンヨンを見舞う。女医となったスンヨンは、過労のため肺結核をこじらせていた。
すでに危篤に陥っていたスンヨンは、ソンナンに「患者をお願い」と言い残して死んでしまう。

ソンナンは、駅で待っていたファン・ジョンに、患者を残して満州には行けないと告げた。
ファンも、妻である前に医師であるソンナンの決断を尊重し、２人は離れ離れになる。