ギアーデ帝国が開発した
完全自立無人戦闘兵器＜レギオン＞の侵攻に対応すべく、
その隣国であるサンマグノリア共和国が開発した無人戦闘兵器＜ジャガーノート＞。
だが、無人機とは名ばかりであり、そこには“人”として認められていない者たち――
エイティシックス――が搭乗し、道具のように扱われていたのである。

エイティシックスで編成された部隊＜スピアヘッド＞の隊長である少年・シンは、
ただ死を待つような絶望的な戦場の中で、ある目的のために戦いを続けていた。
そこに新たな指揮管制官＜ハンドラー＞として、
共和国軍人のエリート・レーナが着任する。
彼女は幼い頃、エイティシックスに命を助けられた経験を持ち、
“人型の豚”として蔑まれていた彼らを人間として接しようとしていた。

戦争のための道具でしかなかったエイティシックスの少年と、
将来を嘱望されるエリートの才女。
決して交わることがなかったはずのふたりが、
激しい戦いの中で未来を見る――。