“沈みゆく世界で、
君をみつけた。”

原因不明の海面上昇によって、
地表の多くが海に沈んだ近未来。
幼い頃の事故によって片足を失った少年・斑鳩夏生は、
都市での暮らしに見切りを付け、海辺の田舎町へと
移り住んだ。

身よりのない彼に遺されたのは、
海洋地質学者だった祖母の船と潜水艇、そして借金。
夏生は“失った未来”を取り戻すため、
祖母の遺産が眠るという海底の倉庫を目指して潜る。

そこで見つけたのは、棺のような装置の中で眠る
不思議な少女―アトリ。
彼女は、人間と見紛うほどに
精巧で感情豊かなロボットだった。
海底からサルベージされたアトリは言う。

「マスターが残した最後の命令を
果たしたいんです。
それまで、わたしが
夏生さんの足になります！」

海に沈みゆく穏やかな町で、
少年と
ロボットの少女の、
忘れられない夏が始まる―。