少女は見た、闇に浮かぶ青い炎とそれを操る少年を――
小雨降る闇夜の公園にまたたく青き炎、そしてそこにたたずむ一人の少年。
その炎は地獄の業火に焼かれ苦悶の表情を浮かべる人影の様相を呈し･･････
異様な光景を目撃した桜小路桜は現場に駆け戻るが、人が燃やされたような痕跡は何も残っていなかった。
ところが翌朝、登校した彼女の前に昨夜の犯人とおぼしき少年が転校生として現れる。
「大神零」と名乗る彼に昨夜の件を問いただす桜。果たして彼は何者なのか!?

法で裁けぬ悪を裁くは、法の裁きを受けぬ者――
暴力団の下部組織「Ｇファルコン」を青い炎で一人残らず燃え散らす大神。
目撃した自身も炎に包まれ焼かれたはずの桜は、気がつくと自宅のベッドで目覚めていたのだった。
なぜ自分は生きているのか？改めて詰問する桜に大神は、自分が法で裁けぬ悪を裁く悪『コード：ブレイカー』であることを告げる。
そして時を同じくして、また別の『コード：ブレイカー』も動き出していた！！

金の瞳は悔恨に囚われ、銀の瞳は祈りを放つ――
「これ以上お前に人を殺させない！」迷いを捨てた桜は、徹底的に大神と関わることを決意。
その矢先、大神はＧファルコンを配下に置いていたヤクザの事務所に乗り込んでいく。
無理矢理同行した桜は大神の裁きを止めようとするのだが、そこに待っていたのは残酷な現実だった。
そして事件が終わろうとした瞬間、大神の眼前に凄まじい力を持つ異能の使い手が降臨する......！