コズミック・イラ70……。
「血のバレンタイン」の悲劇によって、地球、プラント間の緊張は、一気に本格的武力衝突へと発展した。地球軍のモビルアーマーや戦車、次々と撃破していくモビルスーツ群。数で勝る地球軍の勝利を誰もが疑わなかったが、プラント側の武装組織であるザフト軍の抵抗は激しく、当初の予測は大きく裏切られ、戦局は疲弊したまま、既に11カ月という時間が過ぎようとしていた。

コズミック・イラ71。
Ｌ３に浮かぶ中立国オーブの資源衛星ヘリオポリス。そこの工業カレッジに通う学生キラ・ヤマトは、いつものようにゼミを訪れ、そこでコロニーに侵入したザフト軍によるガンダム奪取作戦に遭遇する。工場各所で起こる爆発と、プラント内に侵入してくるМＳジンにより混乱に陥るヘリオポリス。ザフト軍の奇襲は成功し、秘密裏に建造されていた連合初のМＳ・ガンダムがザフト軍の手に落ちた。避難場所を探していたキラは、工場区画に迷い込み、そこで偶然に残る２機のガンダムを目撃する。居合わせていた連合士官マリュー・ラミアスは、彼を残されていたМＳ・ストライクの中へ避難させるが、そこにザフト兵の襲撃が！それはかつてのキラの親友、アスラン・ザラだったのだ。現実を否定しがたい戦場で再会した親友の二人。戦火は少年達を否応なく戦場へと誘っていった。