西暦2312年。

ソレスタルビーイングと、国連軍との最終決戦から4年。地球連邦政府を樹立した人類は、さらなる国家の統合、人類の意思統一を目指すべく、連邦正規軍とは別に、独立治安維持部隊『アロウズ』を組織する。しかし、その実態は、統一に名をかりた反政府勢力や主義、思想等への非人道的な弾圧であった。

夢を叶え、ルイス・ハレヴィとの約束を守るべく、宇宙技術者の道に進んだ沙慈・クロスロードも、否応なく連邦政府の改革に巻き込まれていく。

一方、４年前の最終決戦で生き延びた刹那・Ｆ・セイエイは、ソレスタルビーイングによって変革を促された世界の行く末を見つめていた。監視者、アレハンドロ・コーナーを倒し、争いのない平和な世界になることを夢見て。しかし、彼が目の当たりにしたものは『アロウズ』によって作られた弾圧という名の平和、歪み続ける現実であった。彼は再び戦う決意をする。世界を変革出来うる力、ガンダムと共に。

再び動き出す世界で刹那や沙慈の進み行く先はどこに向かうだろうか？