魔法が技術として確立され、約一世紀が過ぎた二〇九五年四月。
魔法師を育成する国立魔法大学付属第一高校、
通称“魔法科高校”に二人の兄妹が入学した。
一人は魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄・達也。
もう一人は完全無欠の魔法師として讃えられる優等生の妹・深雪。

時に恋人同士と間違われるほど仲睦まじい二人だが、
ほんの数年前までは、まるで女主人と使用人のように冷え切った関係だった。

その関係が変わった背景には、ある出来事があった。
三年前の沖縄。
深雪にとって忘れられない出来事によって、二人の心と、その運命が大きく変わっていく。

シリーズ累計2,500万部を突破したスクールマギクスの始まりの物語
《追憶編》が幕を開ける。