ベスパのモビルスーツ"シャッコー"に乗り込んだ13歳の少年ウッソは、
それを取り戻すべく襲撃してきたクロノクルのゾロと激突。
だが、敵の圧倒的パワーの前にダメージを受けたウッソは、辛くも脱出。
彼の捜索に現れたマーベットのコアファイターと合流し、ウーイッグにあるリガ・ミリティアの秘密工場へと向かうのだが･･････。

宇宙の情勢を知ったファラ・グリフォンは、これまでの失態を取り戻すべくジブラルタルへの武力制圧を開始する。
一方、シャクティとシャトル発着場に来ていたウッソは、クロノクルの命を受け、
シャトルに乗り込もうとしているカテジナと出会うのだった。

クロノクル率いるトラッド艦隊がマケドニアに対して奇襲攻撃を開始する。
その混乱に乗じてリーンホースJr.はマケドニアからの脱出を果たすのだった。
その頃ベスパに捕えられたウッソは、ルペ・シノ大尉の恐ろしい拷問を受けることに･･･。

クロノクルは停戦協定発効前にリーンホースJr.を仕留めるために、
内容も確認せずピピニーデンの進言を無条件で受け入れた。
その作戦とはミューラを盾にしてウッソの動揺を誘い、V2ガンダムを仕留めるという卑怯極まりないものだった･･･。

平和を望むシャクティの祈りによってエンジェル・ハイロゥは崩壊を開始。
戦場では多くの命が奪われ、戦いはついに終結の時を迎えようとしていた。
シャクティの祈りが続くなか、ウッソとクロノクルそしてカテジナとの最後の戦いが始まる･･･。

未来世紀――多くの人類は、汚れた地球を捨てて、新天地を求めて旅立った。
宇宙へと飛び立った人々は、スペースコロニー国家を作り生活をしていた。
そして各国の政府は、かつて地球で行われたような軍事衝突を避けるため、ひとつの法律を可決させる。
地球をリングに4年に1度各国のガンダム同士を闘わせ、
そして優勝した国に4年間の政治的実権が保証される制度――それは「ガンダムファイト」と呼ばれた。
ある日、スラムと化したローマのスペイン広場に巨大な隕石（＝ブッドキャリアー）が落ちた。
時同じくして、荒れ果てた酒場で、マフィアの一団を叩きのめした男がいる。
彼の名はドモン・カッシュ。シャイニングガンダムに搭乗するネオジャパン代表のガンダムファイターだ。
それを聞きつけた、マフィアのボスであり、ネオイタリアのガンダムファイターであるミケロ・チャリオットは、
非情な手段でドモンに闘いを挑む。
激しい闘いとなるが、ドモンはシャイニングガンダムの必殺技"シャイニング・フィンガー"を繰り出し、
ミケロのネロスガンダムはその圧倒的なパワーに頭部を破壊され、敗北した。
こうして第13回ガンダムファイトが開始されるのだった。

各国のガンダムより少し遅れて、シャッフル同盟はネオホンコンにたどり着いた。
そのころ、ドモンは新型モビルファイター、ゴッドガンダムに乗り込むが動かすことができずにいた。
止めを刺すため襲いかかろうとするマスターガンダム。
ドモンはゴッドガンダムを起動させマスターガンダムに立ち向かう。

四天王と化したアレンビーに立ち向かうレインのライジングガンダム。
マスターとの決戦を前に、シュバルツの真実の姿を知らされるドモン。
紋章の重さを噛みしめながら、彼は愛する兄たちを救うため、悲しみの石破天驚拳を撃つのです！

デビルガンダムを葬ったドモン。
ついにマスター・アジアとの最大最後のガンダムファイトが始まった。
その中で語られるマスターの本当の目的。
それは地球を愛するが故、頂点を極めた者だけが導き出せた答えだった！

活動を再開したデビルガンダムに、ガンダム連合は大ピンチ。
しかも、閉ざされたレインの心が、究極の最終形態を生み出してしまいます。
なんと、ドモンは最後の敵がレインだと知って、闘いを放棄！ 果たして、全宇宙の運命やいかに！

地球圏統一連合の圧政によってコロニー住民の不満は募りつつある時代。
AC（アフターコロニー）195年、軍事組織の水面下で独裁と支配を目論む秘密結社"OZ"の独裁を阻止するため、
各スペースコロニーから５機のガンダムが隕石に擬装し、地球降下作戦「オペレーションメテオ」を決行。
しかし、ヒイロ・ユイが乗るウイングガンダムは、降下作戦の軌道上で、OZの攻撃輸送船に発見されてしまう。
輸送船に搭乗していたスペシャルズ特佐ゼクス・マーキスは、いち早く作戦を察知し、ＭＳリーオーで参戦する。
ゼクスの辛勝により、海へと沈められたウイングガンダム。間一髪で脱出に成功したヒイロは、近くの海岸に流れ着いていた。
父であるドーリアン外交官の仕事のため、宇宙から地球へ戻ってきたリリーナ・ドーリアンは、海岸に流れ着いていたヒイロを発見。
リリーナに顔を見られたヒイロは、自殺を図るが失敗に終わり、駆けつけた救急車を奪って逃走する。
それから数日後、ヒイロはリリーナの学園に転校してきた。
無事であったことに安堵するリリーナに対し、ヒイロは「お前を殺す」と宣告するのだった。

何者かによって奇襲をかけられ、ＯＺの資源衛星が消滅したという情報が入る。
それも、敵はバスターライフル１撃で破壊したらしい。
５人の博士たちは、驚異的な威力からオリジナルガンダム＝ウイングガンダムゼロであると推測する。
メリクリウスとヴァイエイトで迎撃に向かったトロワとヒイロは、ウイングガンダムゼロのパイロットがカトルであることを確認する。
トロワは、新たな戦力にＯＺ反撃の好機を考えたが、ヒイロはカトルの行動に疑問を感じていた。
ウイングガンダムゼロに近づいたヴァイエイトは、攻撃を受けてしまう。
カトルは以前の優しさを完全に失ってしまい、武装を続けるコロニーの破壊を宣言してきた。
そのころ、モビルドールよりガンダムパイロットたちを優先させるレディ・アンに苛立ちを覚えたツバロフは、
パイロットと５人の博士たちの収容室の空気供給機を切り、始末しようとする。
あがくデュオと対照的に五飛は、冷静に改良型ガンダムのチェックをしていた。
生き残ったときすぐに行動へ移せるよう、わずかな可能性に賭けて。

ゼクスが率いるホワイトファングとトレーズが指揮をとる地球軍の戦いは激しさを増していた。
どちらにも属さないガンダムパイロットたちは、現状リーブラが人類にとっての脅威だと判断し、進撃を開始する。
しかし行く手を阻むエピオンとビルゴⅡの絶妙なコンビネーションに身動きがとれなくなっていた。
その間ゼクスは、ピースミリオンに攻撃を仕掛けるが、彼の前にトーラスに乗るノインが現れる。
しかし、ノインはゼクスに攻撃を仕掛けてこない。ノインの思いに敗北したゼクスは、ピースミリオンを見逃してしまう。
ピースミリオンは、リーブラの主砲を破壊し、もはや打つ手をすべてうしなわせたかのように見えた。
ゼクスは、まだエンジンが動くことを確認し、リーブラを質量弾として地球へ降下させようとする。
ヒイロは決戦の時がきたと悟り、リリーナに見送られてウイングガンダムゼロに搭乗する。
そのころ五飛は、ヒイロ同様かつての決着をつけるためトレーズの元へ。
リーブラに侵入したカトルはドロシーと対峙していた。

全宇宙を巻き込んだ戦争は幕を閉じた。しかしヒイロとゼクスの戦いは、まだ終結を向かえていなかった。
敗北宣言したレディ・アンは、資源衛星ＭＯ-Ⅱに生存者を避難させるよう指示。そこへ到着したリリーナらを快く迎えた。
レディ・アンは、戦争がもつ哀しさとむなしさを民衆の心に刻ませるために、全宇宙でゼクスとヒイロの戦いを中継させた。
ハワードは、リーブラが落下した場合、地球全土に被害が及ぶことを指摘。
デュオによってリーブラへ送り届けられた５博士は、落下を阻止しようと行動する。
そこへオペレーション・メテオの指令をだしたカーンズが現れた。
宇宙の指導者、ヒイロ・ユイの復讐のため、オペレーション・メテオを発動し、今またリーブラを地球へ落とそうとするカーンズ。
しかし、５人の博士たちは戦乱を招いてしまった自らを裁くため、動力を暴走させてリーブラを自爆させた。
しかし、依然落下を続けるリーブラの一部。
破壊するためには、ガンダムの自爆装置しかないと判断したヒイロは、自爆装置に手をかける。

ひとつのスペースコロニーが起こした独立戦争が発端となった紛争は、
地球連邦側とスペースコロニー側の全面戦争にまで拡大し、
宇宙革命軍がコロニー落とし作戦を盾に地球連邦に降伏を迫ったことに対して、
連邦軍が徹底抗戦の姿勢を崩すことなく決戦兵器「ガンダム」を投入し戦闘を泥沼化させたため、ついに最悪の結果を迎えてしまう。
コロニー落としにより地球は壊滅的な被害を受け、100億を誇った人口はそのほとんどを失った。
そして15年の時が流れた。

A.W.0015（アフターウォー・ダブルオーフィフティーン）。
地球環境がようやく安定期に入った地上では少ない物資を勝ち取るため人々の争いが絶えず、
略奪者が跋扈する混乱の時代を迎えていた。
戦災孤児のガロード・ランは、かつてメカニックを夢見た頃の知識を活かし、
モビルスーツを奪っては売り歩くような商売でどうにか生き延びていた。
そんな彼の腕を見込み、謎の紳士ライク・アントはティファ・アディールという名の少女を奪還して欲しいと依頼してくる。
仕事を引き受けたガロードは、
ティファを連れ去ったバルチャー(過去の兵器や電子部品を漁り売りさばく『ハゲタカ』の意味を持つ集団)のひとつ、
ジャミル・ニートが率いる陸上戦艦フリーデンへと潜入した。
船内を物色したガロードは、行きがけの駄賃とばかりに謎のコントロールユニットを持ち出すと、
目的のティファを連れ出し依頼者の元へ届けた。
しかしアントを見たティファが突然怯え出したことから彼女を連れたまま離脱。
アントのモビルスーツ部隊に追撃されると、ティファに導かれるまま旧連邦地下工場に逃げ込み、そこでガンダムＸを発見した。
そして偶然盗んできたコントロールユニット、Ｇコンを使いガンダムＸを起動させると、アントのモビルスーツ部隊を撃退する。
だがそこへフリーデンが追いつき、2機のガンダムを追っ手として差し向けられてしまった。

ジャミルとティファを乗せた輸送船にダブルエックスがあると推測したカトックとガロードは、それを奪取するべく船に殴り込んだ。
そのガロードの行動をティファから教えられたジャミルは、兵士から銃を奪うと彼女を連れて脱出を開始する。
まっすぐ格納庫を目差したガロードとカトックは、ダブルエックスを発見するものの狙撃部隊を前に身動きできないでいた。
更に増援部隊が迫る中、一計を案じたカトックは援護射撃をすることで一気にガロードをダブルエックスに乗せようと考える。
しかしコクピットにＧコンはなく、ガロードとカトックは窮地に陥ってしまった。
それを助けたのは、Ｇコンを保管室から持ち出したジャミルとティファだった。
だが油断したガロードをかばったカトックが銃撃に倒れる。
カトックの死を悲しむ間もなくダブルエックスに乗り込んだガロードは、三人を連れて脱出。
エニルの助けでゾンダーエプタからの脱出に成功したフリーデンと合流すると、追撃部隊を撃破し
ゾンダーエプタもサテライトキャノンで蒸発させた。
そして、これまで秘密裏に動いていた政府再建委員会は、ついに総司令官ブラッドマンにより新連邦政府樹立を宣言する。
その場には上司のアイムザットを暗殺したフロスト兄弟の姿があった。

宇宙では新連邦と革命軍の戦いが続いていた。
ガロードたちは不思議な空間でファーストニュータイプの意思＝D.O.M.Eと接触した。
D.O.M.Eは"人を超えた力"と"人の革新"とは別のことであり、ニュータイプとは幻想であると告げる。
ガロードのような心の強さこそ、未来を作る力だと言うのだ。そして普通の人間として暮らしたいというティファには、
"ニュータイプ"という言葉を捨てれば願いはかなうと言い、D.O.M.Eは別れを告げた。
"ニュータイプ"など存在しなかった。D.O.M.Eの言葉を受け入れたガロードたちは新たな未来を拓こうとするが、
過去に囚われたザイデルとブラッドマンは戦闘を継続しようとする。
フロスト兄弟はサテライトランチャーで彼らを葬り去り、世界を再び滅ぼそうとする。
過ちを繰り返させまいとするガロードはサテライトキャノンを放ち、サテライトランチャーとの激突の中、
月面基地もその爆発に巻き込まれていった。
そして半年後。フリーデンは解散し、カリスはひとり離れていった。
新連邦の和平協議会の一員となったジャミルとサラは、革命軍の代表として現れたランスローと再会。
シンゴとキッドとパーラたちは修理工場を開き、テクスは未だ続く戦闘の中で野戦病院に勤務していた。
ウィッツはトニヤを故郷に連れて帰り、そこにロアビィとエニルが現れる。
ガロードとティファは共に旅立ち、新たな時代を、月が静かに見守っていた。

地球の地表へ向かって、人型をした機械"モビルスーツ・フラット"が数機ほど降下していく。
一機にはロラン・セアックとキース・レジェ、フラン・ドールという３人の少年と少女が乗っていた。
そのひとり、ロランはノース・アメリア大陸の東にあるビシニティという町に辿り着き、
近くの川で溺れてしまうが、幸運にもふたりの姉妹に助けられた。
姉妹の名はキエル・ハイムとソシエ・ハイム。その日は町の成人式の日だった。
１５歳になった少年と少女が御輿を担ぎ、近くのアーク山へ向かうのだ。
麓に着いた少年少女を代表して、キエルは"ホワイトドール"と呼ばれている石像の前で
成人式の主役を務め、その様子を見たロランはとても感動する。
姉妹の父が経営する鉱山に雇われたロランは、２年後、自動車の運転手に抜擢された。
その日、グエン・サード・ラインフォードと名乗る青年と会うロラン。
ガリア大陸との戦争に備えて工業化を進めているグエンが、２年前、コヨーテに襲われたのを助けてくれた人で、
ビシニティを含むイングレッサ領の主の御曹司と初めて知る。
ある日、ノックスの街に出たロランは、そこで別れたきりだったキースとフランに再会できた。
ふたりはそれぞれパン屋と新聞社で働いていたが、３人の心配は土に埋まったはずの"フラット"が誰かに見つかること。
深夜、ひとり山中へ向かったロランは、"フラット"が埋まっていることを確かめると安心して大声で叫んだ。
「地球はとてもいいところだ！　みんな～！　早く帰って来い～っ！！」と。
だが、その叫んだ先が夜空に輝く月だということを、不審に思って尾行していたソシエが見ていたのだ。

ボストニア城で月と地球側の会議が行われた。月側の休戦協定破りを責める地球の領主達に対し、
ディアナは今まで入植したムーンレィスを引きあげることを申し出て、交換条件として交渉再開を約束させる。
その手腕にグエンは瞠目するが、一方で月に帰れぬ事情があるかもしれないと洞察する。
ホワイトドールの操縦を覚えきれないソシエは、ロランにまた救われたことが悔しかった。そこへシドたちが訪ねてきた。
ロランの持っている手帳に出る、機械人形の操縦マニュアルの情報全部を写真に収めて焼き増しするという。
使用人のジェシカからは、ハイム夫人の様態を案じて、お嬢さんに帰ってきてほしいという嘆願がくる。
同じ頃、ボストニア城にはキエルが招かれていた。民間レベルの情報交換のために、ディアナが希望したのだ。
グエンは更にディアナに飛行船での地上視察を勧め、準備を始める。
ミリシャの陣地では、掘り出されたフラットの代価として札束がキースに支払われた。
喜ぶキースはパン工場を造り、パンを持ってきますと約束。
視察の通達はそこにも届き、ミリシャには徹底した休戦状態が厳命される。
出発を待つディアナとキエルは、自分たちが似ていると気づく。
そして遊び心から衣服を交換、すり替わったまま視察へと出かける。
飛行船にはビシニティに帰るソシエとロランも乗っていた。
ソシエは、姉キエルに扮したディアナに母を見舞うよう訴える。グエンはソシエの願いを聞き、飛行船をビシニティへ向けた。
護衛のハリー中尉のゴールドスモーが遠くから見守っている。
キエルに扮したディアナは、途中の車内から町に残る戦火の爪痕を見て心を痛める。
やがてビシニティ空港へ到着、一行はハイム家を訪れる。
キエルに扮したディアナは夫人の痛々しい様子を見、さらにハイム氏の墓を見て、自分の責任を痛感する。
墓前にひざまづき謝り続けるその姿にキエルは心打たれ、父の墓を前にキエルだと名乗れず涙ぐむのだった。

メリーベルが作動させた∀ガンダムの"月光蝶"システムは、嵐を呼び、甚大な破壊を引き起こした。
危険を感じたグエンはギンガナムに∀ガンダムを渡してくれと要求する。
ロランたちの元に現れたコレンは∀ガンダムの月光蝶が
「汚染物質分解型のナノマシン（ナノサイズの微少ロボット）をＩフィールドで拡散するシステムだ」と説明する。
対抗策も判ると言うコレンは戦列への参加を希望した。
ジェセフは裏切ったグエンの腹を探り、あわよくば∀ガンダムを取り返そうとフラットで出撃する。
そして、フランとロランが止めようとそれを追う。
一方、ステロのモビルスーツ部隊は、ディアナ・カウンターに宣戦を布告、攻撃を開始した。
驚いたフィル、ミラン等は通信を送るが、ギンガナムは黙殺して、殲滅を命じた。
知らせを受けた戦艦ホエールズで、ディアナは皆に「私たちも撃って出ましょう」という。
「月と地球の民が手と手を取り合って生活できる世界を作る」ために
「一度はディアナを裏切ったフィルたちディアナ・カウンターの人々を信じましょう」
というディアナの言葉にキエルは同じ思いを持った。そして、ハリーに全軍を出撃させて、さらにコレン軍曹を呼ぶ。
宇宙船ウィルゲムに着艦したジョセフとロランたちはグエンの説得を試みる。
ジョゼフに問いつめられたグエンは、ムーンレィスの文化に飲み込まれないように手を組んだと話して、
地球産機械人形部隊の指揮を執らないかと逆に持ちかける。だが、ジョゼフはグエンの申し出を拒絶。
そして、ウィルゲムからの脱走を図ったブルーノとヤコップが火事騒ぎを起こす。
ジョゼフも乗ってきたフラットの装備を爆発させて、ロランにフランを連れて逃げろと叫んだ。
脱出するロランたち。整備された∀ガンダムへロランが乗り込もうとするとジョセフがさっさと割り込んだ。
同じ頃、荒野の戦場に駆けつけたディアナ軍はステロ隊に攻撃をかける。
そして、ディアナはコレンが操縦する複葉機ヒップヘビーでディアナ・カウンターの旗艦ソレイユへ降り立った。
ソレイユのディアナ・カウンターの兵士たちは全員、女王の帰還を喜んだ。
ディアナは駆けつけたフィルとミランに対すると、かつての行為を咎めず、
地球の戦力と協力してギンガナム軍を挟撃するために力を貸してほしいと願いに２人はディアナの温情に恭順する。
ディアナ・カウンターの結束が再び固まったのだ。

２機のターンタイプをディアナが追っていると知ったハリーは、ソレイユ以下の艦隊にギンガナム艦隊の制圧を命じ、
戦場に向かわないようにしたが、ディアナはそれでもロスト・マウンテンに向かうよう指示する。
フィル少佐は、反逆罪に問われても女王を守るためと言って船を動かさなかった。
コレンもロランの加勢をするためにソシエたちの協力を得て、カプルを遠くまで飛ばす。
コレンは、最後にソシエたちの身を案じてブルーノたちに彼女等を収容することを命令する。
キエルの戦艦ホエールズもロスト・マウンテンに向かうが、ひとり、リリは、墜落寸前のグエンの宇宙船ウィルゲムを追っていた。
ギンガナムは、人間は戦いを忘れることなどできはしない、だからターンＸで全てを破壊し、
新しい時代を始めるとロランを挑発する。
メリーベルも最後の戦いに加わろうとするが、コレンのカプルに撃破されてしまう。
そしてターンＸにも飛び掛るが、圧倒的なパワーにかなわずコレンカプルごと破壊されてしまう。
ソレイユのディアナは月光蝶の被害を少しでも減らすため、バリアーを張りつつ戦場へ近づく。
同じ頃、不時着したウィルゲムの甲板にグエンが佇んでいた。
追いついたリリは、メリーベルが乱入して気絶するのと、逃げ出したはずのミハエル達の飛行船が風に流されて近づくのを認めて、
グエンに「アメリアは自分が治める」と告げる。
戦場で、ギンガナムはディアナに遠ざけられたことで彼女を否定するようになった心情を吐き出し、戦いを楽しむ。
これに対してロランは捨て身でターンＸの攻撃を浴び、∀ガンダムごとビーム・サーベルで突き刺し２機の動きを止める。
コックピットから逃れたギンガナムとロランは生身で斬り合うが、月光蝶の糸のようなものにギンガナムは絡まれて倒れた。
ソシエがフラットでロランを救出した直後、２機のターンタイプは月光蝶の光に包まれて繭玉になり、
やがて、小さなマウンテン・サイクルに変化した。
戦争終結から半年ほど経った頃。月と地球間の定期便が開通する。その宇宙船"ローラ号"にはキエルとハリーが乗り込む。
そして、金色の落ち葉が降る湖畔のログハウスに隠棲したディアナの傍には、ロランの姿があった。

ザフトと連合の開戦から１１ヵ月余りが過ぎた。
Ｌ５に浮かぶ中立国オーブの資源衛星ヘリオポリス。そこの工業カレッジに通う学生キラ・ヤマトは、
いつものようにゼミを訪れ、そこでコロニーに侵入したザフト軍によるガンダム奪取作戦に遭遇する。
工場各所で起こる爆発と、プラント内に侵入してくるＭＳジンにより混乱に陥るヘリオポリス。
奇襲は成功し、秘密裏に建造されていた連合初のＭＳ・ガンダムは５機のうち３機までがザフトの手に落ちた。
避難場所を探していたキラは、逃げ遅れた一人の少女を追って工場区画に迷い込み、
そこで偶然に残る２機のガンダムを目撃する。なぜか、それを見て絶叫する少女。
キラは何とか彼女を避難させるが、キラ自身の行く場がない。
居合わせていた連合士官マリュー・ラミアスは、彼を残されていたＭＳ・ストライクの中へ案内しようとする。
が、そこにザフト兵の襲撃が！･･･それはかつてのキラの親友、アスラン・ザラだったのだ。

アラスカでは、アークエンジェルがザフト軍と激戦を繰り広げていた。怒涛のごとく迫り来るＭＳ部隊。
主力軍をパナマ防衛に向けていた連合軍は、当然のごとく苦戦を強いられる。
その頃、軍上層部の作戦により、意図的にアラスカ基地が放棄されたことを知ったムウは、
かろうじて無事だった戦闘機に乗り込みアークエンジェルに向かう。戦いは圧倒的なザフト軍が優位に進んだ。
アークエンジェルに着陸したムウは、マリューにアラスカ放棄の真相を告げた。守備軍をオトリにしてザフトを招き入れ、
基地深くに設置された超兵器サイクロプス・システムで敵味方もろとも殲滅する作戦なのだ、と。
驚愕するマリューは、悩みながらも戦線離脱を決意。だが周囲をザフト軍に囲まれ、脱出の機会を失っていた。
ジンに行く手をふさがれ、万事休すのアークエンジェル。
だがその眼前に、見たことのないガンダムが翼を広げ、立っていた･･･キラの乗るフリーダムが到着したのだ。
キラは敵味方、両軍に呼びかけ、戦闘海域からの離脱を呼びかける。
そして間もなく、きらめく閃光、大音響と共に、アラスカ基地は灼熱の大火球に呑み込まれ、消滅した･･･。

アラスカでは、アークエンジェルがザフト軍と激戦を繰り広げていた。怒涛のごとく迫り来るＭＳ部隊。
主力軍をパナマ防衛に向けていた連合軍は、当然のごとく苦戦を強いられる。
その頃、軍上層部の作戦により、意図的にアラスカ基地が放棄されたことを知ったムウは、
かろうじて無事だった戦闘機に乗り込みアークエンジェルに向かう。戦いは圧倒的なザフト軍が優位に進んだ。
アークエンジェルに着陸したムウは、マリューにアラスカ放棄の真相を告げた。守備軍をオトリにしてザフトを招き入れ、
基地深くに設置された超兵器サイクロプス・システムで敵味方もろとも殲滅する作戦なのだ、と。
驚愕するマリューは、悩みながらも戦線離脱を決意。だが周囲をザフト軍に囲まれ、脱出の機会を失っていた。
ジンに行く手をふさがれ、万事休すのアークエンジェル。
だがその眼前に、見たことのないガンダムが翼を広げ、立っていた･･･キラの乗るフリーダムが到着したのだ。
キラは敵味方、両軍に呼びかけ、戦闘海域からの離脱を呼びかける。
そして間もなく、きらめく閃光、大音響と共に、アラスカ基地は灼熱の大火球に呑み込まれ、消滅した･･･。

地球連合、ザフトは多大な犠牲を双方に出した第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦の後、ユニウスセブン跡において停戦条約を締結。
しかし、ナチュラルとコーディネイターの争いの火種が消えたわけではなかった。
C.E.73・10。オーブの代表首長となっていたカガリ・ユラ・アスハは
アスラン・ザラ（公には別名「アレックス・ディノ」を名乗っている）を伴って
L4に新設されたザフトのプラント「アーモリーワン」を訪れていた。再び燻り始めた両陣営での不穏な動きを懸念し、
最高評議会議長ギルバート・デュランダルと極秘会談の場を持つためであった。
その時、突如鳴り響く警報！
新造艦「ミネルバ」の進水式を狙った謎のグループが破壊活動を起こしたのだ。
さらに彼らは混乱に乗じ、ロールアウト直前の新型ＭＳ「ガンダム」を強奪する。
再び起こってしまった戦いを前に戸惑うカガリ。
爆煙の中アスランは彼女を守るため手近のMS「ザクウォーリア」に乗り込み
奪われたカオス・ガイア・アビス、３機のガンダムを相手にする。
しかし複数の上、スペックで上回る敵に窮地に立たされてしまう！
絶対絶命のその瞬間、双方の間に割って入ったもう一機の新型MS。
その機体こそシン・アスカの搭乗するインパルスガンダムであった。

突如戦場へ現れた、フリーダム。続いてアークエンジェルから出撃したストライクルージュには、カガリが乗っていた。
彼女は自らオーブ代表の名乗りを挙げると、戦闘の即時停止をオーブ軍に命じる。
戦場にいた全員が困惑する中、ネオの圧力に半ば我を失ったユウナは、無理矢理戦闘を再開させた。
手負いのミネルバを仕留めるには、このチャンスを逃す訳にはいかないのだ。
ファントムペインの三機のガンダムがミネルバを強襲し、ハイネ、ルナマリア、レイも迎撃のために発進する。
キラは、カガリをアークエンジェルへ送り届けると、ザフト・地球連合双方のモビルスーツの武装のみを次々と破壊していく。
アスランは、戦場を混乱させているキラを止めようと必死に呼び掛けるが、通信は繋がらない。
フリーダムの攻撃でステラのガイアは傷付き、ハイネのグフは腕を斬り落とされた。
が、逆上していたガイアは、目前にいたグフに襲い掛かった。爆散するハイネ機･･････。
直後、撤退信号を合図にファントムペインは退き下がり、フリーダムとアークエンジェルも何処かへと去った。
ハイネを失ったアスランとシンは、それぞれ歯噛みするようにその機影を見つめるしかない。

ヘブンズゲートは、ザフトによって完全に制圧された。が、ジブリールの行方は未だに不明のまま。
デュランダルは、その足取りを追うよう軍に命じる。
その頃オーブのオノゴロ島では、傷ついたアークエンジェルがドックに入っていた。
クルーたちが修理に追われる中、フリーダムという力を失い、一人焦るキラ。
マリューは、 そんなキラに優しく声を掛け、励ます。
ようやく意識を取り戻したアスランも、久しぶりにカガリと言葉を交わしていた。
一方、ラクスの指示を受けたダコスタは、かつて遺伝子研究所のあったコロニー・メンデルの中を調査していた。
全てのデータが廃棄された中、唯一残されていたノート･･････
そ の中に「デスティニープラン」なる記述を目にしたラクスは、思わず息をのむ。
と、そのときエターナルの艦内警報が！
ザフトに発見されてしまったラクスたちは、証拠のノートとあるモノをキラたちへ届けるため、決死の強行突破を試みる。
エターナルのピンチを知ったキラは、ストライクに急遽ブースターを取り付けると、単身宇宙へ。
間一髪救われたラクスは、キラへ新たな力・ストライクフリーダムを手渡すのだった。

ザフトと連合の開戦から１１ヵ月余りが過ぎた。
Ｌ５に浮かぶ中立国オーブの資源衛星ヘリオポリス。そこの工業カレッジに通う学生キラ・ヤマトは、
いつものようにゼミを訪れ、そこでコロニーに侵入したザフト軍によるガンダム奪取作戦に遭遇する。
工場各所で起こる爆発と、プラント内に侵入してくるＭＳジンにより混乱に陥るヘリオポリス。
奇襲は成功し、秘密裏に建造されていた連合初のＭＳ・ガンダムは５機のうち３機までがザフトの手に落ちた。
避難場所を探していたキラは、逃げ遅れた一人の少女を追って工場区画に迷い込み、
そこで偶然に残る２機のガンダムを目撃する。なぜか、それを見て絶叫する少女。
キラは何とか彼女を避難させるが、キラ自身の行く場がない。
居合わせていた連合士官マリュー・ラミアスは、彼を残されていたＭＳ・ストライクの中へ案内しようとする。
が、そこにザフト兵の襲撃が！･･･それはかつてのキラの親友、アスラン・ザラだったのだ。

巻き上がる炎の中、アスランは残されたＭＳイージスを奪取し、脱出する。
キラとマリューもストライクに乗り込んだ。吹き飛ぶ工場から、からくも脱出するストライク。
しかしそこにはザフトのＭＳジンが待ち受けていた！
負傷したうえ、パイロットですらないマリューに、ガンダムを操る事はできない。
絶体絶命のピンチに陥った時、キラが操縦を代わった。
凄まじい早さでガンダムのＯＳを修正するキラ。潜在能力を解放されたストライクは、圧倒的な力でジンを撃破した。
難を逃れたキラと友人たちだが、軍の機密を知ったとして、彼らはマリューに拘束される。
反発するも従わざるを得ない。
同じ頃、ジンの破壊を受けラウも行動を起こす。それを察知したムウもヘリオポリスへ。
戦場で出会った２機は交戦しながら、コロニー内部に突入した。
一方、爆破された鉱山区に閉じ込められたナタルたちは、残された数人とアークエンジェルを起動させる。
不気味な鳴動を始めたヘリオポリス。その中で、ラウの操るＭＳシグーとストライクガンダムの戦いが始まった。
百戦錬磨のラウに翻弄されるキラ。ムウも援護をするが形勢は変わらない。
あわや、というその時、岩壁を突き破りアークエンジェルがその威容を現した！

キラたちに襲いかかる、ラウの操るＭＳシグー。その時彼らの前に、アークエンジェルが姿を現す。
戦闘の最中ラウを狙ったストライクガンダムは、コロニーに穴を開けてしまう。その威力に呆然とする一同。
形勢不利とみたラウは一時離脱していく。
アークエンジェルに着艦したキラたち。
ガンダムを動かしたのが子供だという事実に驚く兵士たちだが、ムウはキラがコーディネイターであることを見抜く。　
一方、艦に戻ったラウはガンダムの性能に脅威を感じ、再び攻撃を決断する。
出撃を許可されなかったアスランだが、無断でイージスガンダムに乗りキラの元へ向かう。
キラがＯＳを書き換えたガンダムは、彼以外には扱えない。操縦を拒むキラだが、敵の接近に出撃を余儀なくされる。
再び始まった戦闘は徐々にコロニーを傷つけていく。キラはミゲルのジンを撃墜。
そしてイージスガンダムに乗るアスランと再び戦場で相まみえる。敵対するお互いの立場に戸惑う二人の少年。
一方、彼らの周囲で続く戦闘は更に激化。損傷が決定的となったヘリオポリスは崩壊を始めた。

北アフリカの砂漠に着陸したアークエンジェル。そこへ息をつく暇もなく、ザフト軍が夜襲をかけてきた。
「砂漠の虎」の異名をとる猛将アンドリュー・バルトフェルト率いる精鋭地上部隊だった。
もう、誰も死なせない！　戦いにはやる気持ちを抑えなれないキラは、闇の中を出撃する。
だが、慣れない砂漠での闘いに足をとられ、姿勢すらまともに制御できない。
そこへ４足歩行ＭＳバクゥが襲いかかる。
だが、キラのコーディネイターとしての戦闘能力は卓越していた。
砂漠の環境に合わせて接地圧を調整し、データを素早く書き換えるキラ。
バルトフェルドはその素早さに、舌を巻いた。
「砂漠の虎」の旗艦レセップスから、主砲による砲撃が加わる。
バルトフェルドも、本気を出してきたのだ。
だがその時、謎の通信がキラのもとへ入った。指示に従い、
砂漠の地下洞へバクゥをおびき寄せて、一気に撃退するという奇策は大成功する。
キラたちを救ったのは、カガリ・ユラ・アスハ率いるゲリラたち...
「砂漠の虎」に対抗するレジスタンス部隊「明けの砂漠」だった。

ジブラルタル基地にいたイザークとディアッカが、レセップスに合流した。
アークエンジェル撃破に向け、兵力は多い方がいい、と戦力増強を受け入れる「砂漠の虎」バルトフェルド。
一方アークエンジェルとレジスタンスも、レセップスとの決戦に向けて動き出した。
その直後、巨大な爆炎が大地を包んだ。
レジスタンスが事前に仕掛けていた地雷原が突破されたのだ。
「砂漠の虎」が本気で牙を剥いて来たことを知るレジスタンスたち。
アークエンジェルから、ストライクとスカイグラスパーも出撃し、戦闘は本格化した。
バルトフェルドも自らＭＳラゴゥを駆って出撃。
アークエンジェルは身動きが取れず「明けの砂漠」たちも苦戦する。
状況を打開するためカガリもスカイグラスパーで出撃し、アークエンジェルも主砲ゴットフリートを発射。
戦況は一転して、有利に展開する。
キラのストライクは、バルトフェルドのラゴゥと最後の決戦に。
勝負はついた、降伏を...と呼びかけるキラを拒絶するバルトフェルド。
とどめを刺し、閃光と共に爆発するラゴゥを前に、キラは絶叫するのだった。

修理と補給が終わったアークエンジェルは、オーブから出航準備に入る。
一方、アスランたちザラ隊は、オーブ領海の外で、網を張り待ち構えていた。
カガリはアークエンジェルに同行しようとするが、父ウズミの「戦争の根を学べ」という説得により、断念する。
オーブ軍艦隊のカモフラージュにより、出航したアークエンジェルだったが、ザラ隊はその偽装をたやすく見破った。
オーブ領海から出た途端に、間髪いれず４機のガンダムが攻撃をたたみかかける。
アークエンジェルからもキラ、ムウに続き、新たにスカイグラスパーのパイロットになったトールが出撃した。
敵味方入り乱れる激戦の中、砲撃戦用のランチャーから、空中戦用のエールに換装したキラのストライク。
アスランのイージスとの戦いは熾烈を極めた。
アスランの援護のため、ミラージュコロイドで偽装していたニコルのブリッツが割って入る。
そして...ストライクが一閃したソードは、ニコルのコクピットを直撃！
ブリッツは、ニコルもろとも爆発、四散した...。

アラスカでは、アークエンジェルがザフト軍と激戦を繰り広げていた。怒涛のごとく迫り来るＭＳ部隊。
主力軍をパナマ防衛に向けていた連合軍は、当然のごとく苦戦を強いられる。
その頃、軍上層部の作戦により、意図的にアラスカ基地が放棄されたことを知ったムウは、
かろうじて無事だった戦闘機に乗り込みアークエンジェルに向かう。戦いは圧倒的なザフト軍が優位に進んだ。
アークエンジェルに着陸したムウは、マリューにアラスカ放棄の真相を告げた。守備軍をオトリにしてザフトを招き入れ、
基地深くに設置された超兵器サイクロプス・システムで敵味方もろとも殲滅する作戦なのだ、と。
驚愕するマリューは、悩みながらも戦線離脱を決意。だが周囲をザフト軍に囲まれ、脱出の機会を失っていた。
ジンに行く手をふさがれ、万事休すのアークエンジェル。
だがその眼前に、見たことのないガンダムが翼を広げ、立っていた･･･キラの乗るフリーダムが到着したのだ。
キラは敵味方、両軍に呼びかけ、戦闘海域からの離脱を呼びかける。
そして間もなく、きらめく閃光、大音響と共に、アラスカ基地は灼熱の大火球に呑み込まれ、消滅した･･･。

ロームフェラ財団は、オペレーション・ノヴァ以降、着実にその権力を広げつつあった。
財団に立ち向かうため、ミリアルド・ピースクラフトとして、宇宙へあがったゼクス。
彼の行動から財団は、ミリアルドがゼクスであることを断定する。
財団の会合でリリーナは、デルマイユ公爵からゼクスが実兄ミリアルドではないかと追及されるが、
平和主義を貫くためその質問に否定。デルマイユ公爵は、サンクキングダムとリリーナの存在が、
これからの財団を脅かすと思索し、密かにリリーナ暗殺計画を実行に移していた。
しかし、ドロシーがノインらに匿名で情報を流したためその手から逃れる。
一方、ヒイロはサンクキングダムの護りをカトルに任せ、単身ルクセンブルクへ向かった。
財団のトレーズ一派一掃の降下作戦に加勢するためだ。
モビルドールの圧倒的な数にウイングガンダムに危機が訪れる。
その時、ウイングガンダムに向けて無線が入る。
それは、幽閉されているはずのトレーズからだった。

ルクセンブルクの激戦で、モビルドール相手に過酷な戦いを強いられたヒイロ。
しかし、トレーズ派の決死の突撃でなんとか窮地を逃れる。
幽閉先である古城で、ヒイロはついにトレーズと会う。
暗殺を目的に訪れたヒイロに対し、ガンダムエピオンを託す。
ヒイロはエピオンを受け取り、再びルクセンブルクへの戦いに参戦する。
しかし、エピオンは、ウイングゼロと同様のゼロシステムを搭載した機体だった。
ヒイロはシステムの影響で、敵味方の判別を失い、戦場にいる全てのＭＳを破壊してしまう。
ようやく正気に戻った時、燃え盛る戦場の地に残るのは、ヒイロのエピオンだけであった。
宇宙では、ウイングゼロ破壊作戦が決行されていた。
ゼクスはなんとかトールギスでモビルドールの注意を引き、ウイングゼロへの乗り換えに成功する。

ゼクスは、サンクキングダムの安否を気遣い、地球へと降り立つ。
しかし、時すでに遅くサンクキングダムは崩壊した後だった。
しかし、その中で敵を求め、戦いを続けるエピオンの存在を発見する。
ゼロシステムに支配され完全に自分を見失ったヒイロは、ゼクスのウイングガンダムゼロに戦いを仕掛けてくる。
ふたりの純粋な戦いにシステムは限界を超えて、パイロットを排除。
ふたりは、ようやくシステムから開放される。
トレーズが製作した機体エピオンにゼクス、ウイングゼロに搭乗を選択したヒイロは、ぞれぞれ目的の場所へと旅立っていった。
宇宙では、革命軍ホワイトファングが蜂起。
アルテミス・レボリューションで月基地征圧に成功する。
ツバロフはモビルドールで反撃を試みるが、アルトロンガンダムの前にその野望は潰えるのであった。
デルマイユ公爵は、民衆の支持を得るためにリリーナを財団代表の地位へつけようと企む。
リリーナは、多くの血が流れることを憂い、仕方なくデルマイユ侯爵に従うのであった。

ゼクスの地球排除宣言は、地球で完全平和を唱えるリリーナの立場に影響を与えていた。
それを機に、幽閉されていたトレーズがクーデターを決行。
女王リリーナを失脚させ、再びＯＺの総帥の座に着いたのである。
しかし、それはロームフェラ財団に捕らわれていた彼女の身を開放させるトレーズなりの配慮だった。
普通の少女に戻ったリリーナは、ゼクスの行いを止めるために宇宙へ向かう決意をする。
また、リリーナの真意を知ってドロシーも宇宙へ向かう準備を進めるのであった。
同じように宇宙へ変えるべくＯＺの宇宙基地に奇襲をかけるヒイロ。
そこでガンダムヘビーアームズを運び宇宙へ飛ぶ計画を実行に移していたサリィと遭遇。
宇宙では、ＯＺ最後の砦バルジとホワイトファングが激しい戦いを繰り広げていた。
ゼクスもみずからガンダムエピオンを駆り、戦場へ繰り出す。
バルジ砲がエピオンを捉えるが、ビームソードによって宇宙へ沈められる。
ノインは戦闘区域に到着し、ゼクスに真意を問うが、何も応えることはなかった。

リーブラのモビルドール制御室で会ったカトルとドロシー。
ドロシーとの戦いの中、彼女に真意と深い悲しみを知ったカトルは、あえて彼女の剣を受ける。
デュオは、マグアナック隊や彼らに協力するリーオー部隊とともにモビルドールを倒しながら、
リーブラ地球落下を阻止すべく行動を開始。
アルトロンガンダムの五飛は、トールギス２号機を駆るトレーズとの戦いを繰り広げていた。
壮絶な一騎打ちが繰り広げられる中、五飛の放った一撃がトレーズを貫く。
五飛を理解者と認識するトレーズは、ガンダムパイロットたちにすべてを託し、みずから舞台を降りることを選んだのだった。
トレーズの死を受けて、レディ・アンは世界国家軍の敗北宣言を全宇宙に告げる。
ここに、戦争は終結したかに見えたが、ヒイロとゼクスの戦いは、これから始まろうとしていた。
そして、一度は落ち着きを見せたリーブラも再び、地球へと落下しつつあった。

全宇宙を巻き込んだ戦争は幕を閉じた。しかしヒイロとゼクスの戦いは、まだ終結を向かえていなかった。
敗北宣言したレディ・アンは、資源衛星ＭＯ-Ⅱに生存者を避難させるよう指示。そこへ到着したリリーナらを快く迎えた。
レディ・アンは、戦争がもつ哀しさとむなしさを民衆の心に刻ませるために、全宇宙でゼクスとヒイロの戦いを中継させた。
ハワードは、リーブラが落下した場合、地球全土に被害が及ぶことを指摘。
デュオによってリーブラへ送り届けられた５博士は、落下を阻止しようと行動する。
そこへオペレーション・メテオの指令をだしたカーンズが現れた。
宇宙の指導者、ヒイロ・ユイの復讐のため、オペレーション・メテオを発動し、今またリーブラを地球へ落とそうとするカーンズ。
しかし、５人の博士たちは戦乱を招いてしまった自らを裁くため、動力を暴走させてリーブラを自爆させた。
しかし、依然落下を続けるリーブラの一部。
破壊するためには、ガンダムの自爆装置しかないと判断したヒイロは、自爆装置に手をかける。

ネオチャイナ代表のモビルファイター、ドラゴンガンダムと盗賊「黒龍団」が次々と村を襲い、立ち去っていく事件が発生する。
ドモンは事件を追跡する途中で、竹林と名乗る少年と出会う。
竹林の手引きで黒龍団のアジトに忍び込んだドモンだったが、竹林がドモンの侵入を密告したために、アジト内は騒然。
その隙に竹林は、格納庫にあるドラゴンガンダムに乗り込んだ。
実は竹林の正体はネオチャイナのガンダムファイター、サイ・サイシーだった。

ネオジャパンに強制送還されたドモンは、ガンダムファイターとしての適性確認のため、過去の幻影を見せられる。
かつてドモンの兄キョウジと父カッシュ博士は、未知なる力をもつ究極のガンダムの開発に携わっていた。
そしてついにそのガンダムの完成の日を迎える。
しかし、キョウジは己の欲望のために究極のガンダムをデビルガンダムと変え、宇宙を支配しようともくろんでいた。
そして彼は実の母を殺害し、地球へ逃亡。その結果、カッシュ博士は無期冷凍刑とされてしまう。
ガンダムファイトに優勝すれば、解放を約束されている父のためと、地球に消えた兄の行方を追うために、
ドモンはガンダムファイターの道を選ばなければならなかったのだ。

デビルガンダムが世界各地の都市を破壊して回り、ついにその魔の手がネオジャパンに向かったことを知ったドモンとレイン。
彼らは東京へ急行するが、そこは既にデビルガンダムの攻撃を受けて廃墟と化していた。
かろうじて、市民が砦として守っていた新宿シティーにたどり着いたドモンは、師匠マスター・アジア（東方不敗）と再会するのであった。

各国のガンダムより少し遅れて、シャッフル同盟はネオホンコンにたどり着いた。
そのころ、ドモンは新型モビルファイター、ゴッドガンダムに乗り込むが動かすことができずにいた。
止めを刺すため襲いかかろうとするマスターガンダム。
ドモンはゴッドガンダムを起動させマスターガンダムに立ち向かう。

アルゴたちとのファイト後に、行方不明となったアレンビーを捜すドモン。
その彼に闘いを挑むマスター・アジア。ガンダムヘッドの出現で、かつての師弟は地下道をさまよい歩く。
マスター・アジアがドモンに伝えようとする真の目的とは...

デビルガンダムを葬ったドモン。
ついにマスター・アジアとの最大最後のガンダムファイトが始まった。
その中で語られるマスターの本当の目的。
それは地球を愛するが故、頂点を極めた者だけが導き出せた答えだった！

宇宙世紀0079――スペースコロニー"サイド３"はジオン公国を名乗り、地球連邦に独立戦争を挑んできた。
人類の半数以上を死に至らしめた戦争は、今や膠着状態に陥っていた。
そんな状況下で連邦側のコロニー"サイド７"に怪しい動きを察知したジオン公国軍のシャア・アズナブル少佐は、
モビルスーツ"ザク"３機を偵察に差しむける。
連邦軍はそこで"ガンダム"を中心とする新鋭モビルスーツの開発と運用テストを行っていたのだ。
興奮した新兵のジーンは軍功を焦って暴走し、独断で砲撃を開始した。

サイド７の少年アムロ・レイは、他の民間人ともども戦火に巻き込まれてしまうが、
そこで父の開発するガンダムのマニュアルを偶然拾う。
隣人のフラウ・ボゥの家族たちが一瞬で死に至ったのを見たアムロは、ガンダムの操縦席に乗りこんで起動する！
ガンダムでザクに立ち向かったアムロは、まったくの素人ながらビーム・サーベルで２機のザクを破壊することに成功。
だが、シャアはムサイ艦からミサイルを発射し、サイド７を破壊し続けるのであった。

アムロの活躍でザクは撃退されたものの、避難民たちを受け入れた軍艦ホワイトベースは、廃墟と化しつつあるコロニーから待避せざるを得なくなっていた。パオロ艦長以下、熟練した正規軍人たちの大半は死傷し、生き残った少年少女たちが協力して脱出の準備を進める。

一方のシャア少佐は、連邦側モビルスーツの機密を求めて自らサイド７内部へ潜入していた。セイラ・マスに見とがめられ、彼女に妹の面影をみて驚愕するシャア。パオロ艦長からガンダムを任されて作業中だったアムロは、逃亡するシャアを追って宇宙へと出る。続いて宇宙へと出港したホワイトベースのモニターには、接近する異常な機体が映っていた。その速度は通常の機体の３倍！　「赤い彗星」と異名をとるシャアのザクだった。シャアはガンダムに銃撃を浴びせてその実力を見せつけるが、アムロはガンダムで懸命に応戦する。ビーム・ライフルの一撃でザクを仕留めたガンダムの威力に戦慄したシャアは後退する。だが、艦に戻ったアムロにブライトは厳しい言葉を浴びせる。生き延びるための懸命な戦いが始まっていた。

砂漠をひとり放浪するアムロ。ようやく落ち着いたレストランに、ランバ・ラルが兵を率いて入ってきた。同行の女性ハモンは、アムロの鋭い眼光に好意を抱いて食事を余分にオーダーしたが、アムロは理由がないと謝絶する。その対応にランバ・ラルも好感を持ち始めたとき、連邦軍の制服を着たフラウ・ボゥが歩哨に捕らえられた。アムロの知りあいと判明し、店内は緊張に包まれる。だが、ラルはケープの中で密かに銃を構えた少年の勇気に敬意を表して放免する。同時にバイク兵にあとをつけさせ、木馬の居場所をつかむ周到なラル。

行動を起こしたラル隊に気づいたアムロは、隠したガンダムを起動して急行した。ガンダムの堂々たる戦いぶりにパイロットが只者でないと見破ったラルは、実力のすべてを賭けてガンダムと斬り結ぶ。激闘の末、互いの顔を認めあうアムロとラル。少年が戦場に出ていると知って驚くラルだったが、捨てゼリフを残しつつ脱出に成功した。戻ったアムロは、独房に入れられて絶叫するが、やがてラルに勝ちたいという決意が、彼の表情を変えるのであった。

月面グラナダのキシリアは、貴重な資源を供給し続けたマ・クベの危機に際し、新型モビルスーツ"ドム"と黒い三連星を送るよう指示を出していた。補給部隊のマチルダ中尉はホワイトベースの少年たちに大人気となり、カイの提案で記念写真が撮影された。あこがれの人の写真を手に入れたアムロは、舞いあがってしまう。一方、レビル将軍はルウム戦役時に彼を捕らえた黒い三連星の参戦を聞き、オデッサ作戦開始の繰り上げを命じる。情報の早さに驚くエルラン。セキ技術大佐の指揮で修理が進む中、アムロはマチルダに補給部隊に入った理由を尋ねた。戦争という破壊の中で、ものをつくることができるからという回答に、アムロは感銘を受ける。

黒い三連星のドムがホワイトベースに迫り、Ｇアーマーのパイロットに指名されたセイラは、とまどいながらもガンダムと出撃した。三連星のドムはジェットストリーム・アタックを仕掛けてアムロを翻弄する。アムロは敵の意表をつく攻撃でマッシュのドムを葬ったが、この戦いでマチルダが犠牲となった。追悼の場で、アムロは心の中にマチルダの名を絶叫する......。

連邦軍はモビルスーツ隊をア・バオア・クー内へ進入させようとしていた。
ホワイトベースはエンジンに直撃を受けて要塞内で停止し、白兵戦が開始された。
ガンダムとジオングは相打ちで大破してしまった。

ガンダムを降りて真に倒すべき敵を認識するアムロの前に、シャアが立ちはだかる。
モビルスーツから降りての要塞内での銃撃戦から、剣で切り結ぶ宿命の二人。
セイラが割って入り、アムロとシャアの決着はつかなかった。
セイラに別れを告げたシャアは、逃亡するキシリアを追って、ザンジバルを砲撃、彼女を葬り去る。

絶望的な状況の中でアムロはガンダムの残骸を発見し、コクピットへと滑りこんだ。
ララァの声に導かれ、アムロは遠くで懸命に戦う仲間の姿を見る。
アムロの言葉に誘導され、クルーたちは脱出に成功した。
だが、肝心のアムロの姿だけが見えない。
セイラが諦めかけたとき、子どもたちの掛け声にのってアムロのコア・ファイターが爆発の中から飛び出してきた。

アムロは帰るべき場所を見つけたのだ。
そして宇宙世紀0080年、地球連邦政府とジオン共和国との間で終戦協定が結ばれた......。

シャア・アズナブルの乗るモビルスーツ（以下MS）リック・ディアスは、サイド7のコロニー、グリーン・ノア2に向かっている。
彼はクワトロ・バジーナ大尉と名を変え、反連邦政府組織エゥーゴに参加していた。

地球連邦軍を私物化し、グリーン・ノア2（別名グリプス）を軍事基地化するティターンズの偵察を試みたのである。
コロニーに接近するリック・ディアスの中で、クワトロ大尉はそこに新たなニュータイプの存在を感じていた。

同じ頃、グリーン・ノア1に住むカミーユ・ビダンは、ティターンズのジェリド・メサ中尉に、コンプレックスを持つ名前から性別を間違えられたことに激し、彼を殴る。そのことでティターンズに逮捕されたカミーユはMPに尋問を受けるが、コロニー内でテストが行われていたMSガンダムMk-Ⅱの墜落事故に乗じて脱走した。

一方、ティターンズが開発していたガンダムMk-Ⅱの存在を知ったクワトロ大尉は、母艦のアーガマに連絡を取り、機体の奪取を決意する。アーガマの砲撃によってグリーン・ノア1への侵入口を開き、ガンダムMk-Ⅱ奪取作戦が始まろうとしていた。

クワトロ大尉は部下のアポリー中尉、ロベルト中尉とともにリック・ディアスでグリーン・ノア1に侵入。
連邦軍のMSジムⅡ部隊と激しい戦闘になる。

一方、基地から逃げ出したカミーユだったが、再び基地内に戻っていた。権力を振りかざして横暴な尋問を行ったMPに仕返しをしようとしたのである。格納庫にあった無人のガンダムMk-Ⅱの3号機に乗り込み、クワトロ大尉たちに加勢するカミーユ。

一年戦争ではホワイトベースの艦長を務め、今では地球とサイド7を往復するシャトルの船長という閑職に追いやられていたブライト・ノア中佐は、その現場を目撃する。そして、ガンダムMk-Ⅱに乗ったカミーユの姿に、一年戦争で共に戦ったニュータイプの戦士、アムロ・レイの再来を感じる。

カミーユの協力を得たクワトロ大尉たちは、もう1機のガンダムMk-Ⅱを捕獲する。
カミーユは、脱出するクワトロ大尉たちに従い、生まれ育ったコロニーを後にした。

アウドムラは太平洋を横断し、ホンコン・シティに到着した。
ホンコン・シティに大きな力を持つルオ商会を頼り、補給を行うためだった。

一方、指揮官のブランを失い、副官のベン・ウッダー大尉が率いるスードリは、日本のムラサメ研究所に協力を要請。
強化人間フォウ・ムラサメと巨大可変MA、サイコ・ガンダムを合流させる。

アムロたちはルオ商会に協力を求め、そこで偶然、ブライト・ノア夫人となったミライ・ノアと、
その二人の子供たちと出会った。

フォウが操るサイコ・ガンダムがホンコン・シティの街を強襲する。
迎撃に駆けつけたものの、サイコ・ガンダムの圧倒的な力の前に苦戦するカミーユ。

アムロは、敵に気圧されるカミーユの戦いに苛立ちと不安を覚える。
サイコ・ガンダムに次第に追い詰められる中、破壊されていく街を目の当たりにしたカミーユの怒りは爆発した。

ドック艦ラビアンローズと合流して修理を受けたアーガマは、
キリマンジャロのティターンズ基地を攻撃するカラバを支援するため、衛星軌道上からの陽動作戦を開始する。

この作戦行動を阻止するべく、ヤザン指揮下の部隊はアーガマに強襲を行う。
その戦闘の中、ヤザンの攻撃を受けたシャアの百式が制御を失い、大気圏落下コースを取ってしまう。

カミーユはウェイブライダーで百式を救助し、やむなくキリマンジャロに降下する。
その戦場でサイコ・ガンダムを目撃し、驚愕するカミーユ。

混乱に乗じてシャアとともに基地内部に潜入したカミーユは、
実験体として扱われるフォウと、実験に立ち会うジャミトフに出会うのだった。

エマを見送ったカミーユは、真に倒すべき敵をシロッコとハマーンのふたりだと定め、戦場に戻る。
一方、ブライトはグリプス2のコロニーレーザーの照準をティターンズ艦隊に合わせるよう打電し、カミーユをその防衛に当たらせた。

しかし、コロニーレーザーの照射を阻止するため、シロッコはジ・Oを駆ってグリプス2内部に侵入。
クワトロ大尉の百式はシロッコを追撃し、ハマーンはキュベレイでシャアを追い詰める。
グリプス2の劇場内で対峙するシャアとシロッコ、ハマーン。

それぞれを排除しようとする三者だったが、そこにカミーユが割り込み、シャアとともにグリプス2から脱出する。
ふたりの脱出を確認したブライトは、ティターンズ艦隊に対してコロニーレーザーを照射、壊滅的な打撃を与えた。
一方、カミーユは艦隊を再編しようとするシロッコを追い詰める。
エマやカツ、レコア、そしてフォウとロザミアの意思を受けて、カミーユはシロッコに最後の攻撃を敢行する。

グリプス戦役で傷ついたエゥーゴの強襲揚陸艦アーガマは修理と補給の為にサイド１の１番地コロニー＝シャングリラへ寄港していた。

少年ジュドー・アーシタは、妹リィナの学費を稼ぐために仲間たちとジャンク屋で生計を立てていた。
ある日、宇宙を浮遊する脱出カプセルを回収し、結果的にティターンズの士官ヤザン・ゲーブルを救出する。
ヤザンはジュドーたちにアーガマからＺガンダムを盗み出し、一儲けする事をけしかけられた。

口車に乗って、Ｚガンダムを盗みにアーガマに潜り込むジュドーだったが、
そこで会ったのは放心状態で廃人同様となったＺガンダムの元パイロット、カミーユ・ビダンだった。

潜入が発見され独房に捕まっていたゴットンはシンタとクムを言葉巧みに騙し、独房を抜けだす事に成功。
イーノを人質にコア・ファイターでアーガマを脱出する。

ジュドーとルーはＺガンダムで後を追うが、マシュマーのハンマ・ハンマとキャラのＲ・ジャジャを前に苦戦を強いられる。
一方、ゴットンの操縦するコア・ファイターは隕石にぶつかり、ゴットンとイーノはコックピットを放り出された。
宇宙をさまよっていたイーノはラビアンローズに救助され、コア・トップを受け取りジュドーたちと合流するのだった。

月面都市グラナダを出港したアーガマに、地球へ向かうネオ・ジオン艦隊の旗艦サダラーンへ攻撃命令が下った。ジュドーは妹のリィナもネオ・ジオンの艦隊に居るとにらみ、独断で出撃してしまう。だが、ＭＳ ＺＺガンダムにはビーチャの悪巧みで爆弾が取り付けられていた。ジュドーを失敗させ、ビーチャはＺＺガンダムのパイロットの座を奪うつもりなのだ。
ジュドーの接近を感じたハマーンは、彼を旗艦サダラーンへと誘導する。ジュドーに対し手を組まないかと持ちかけるハマーン。しかし、ジュドーはそれを拒否し、ビーチャの爆弾でハッチを破り脱出。そこでネオ・ジオンの歴戦の戦士であるラカン・ダカランのＭＳドライセンの攻撃を受け苦戦するが、エルとルーの援護で撃退に成功する。

ダブリンはコロニー落下の直撃で壊滅した。カミーユ同様に、多くの人々の死を感じたジュドーは、カミーユから怒りこそ戦う理由だという思念を受けて、ラカンのザクIIIを撃ち破る。一方、ガンダムチームはダブリンの壊滅から避難民を満載して脱出したものの、ブリッジを破壊されて迷走するアウドムラを発見、決死の活躍によりアウドムラを救出した。

そんななかグレミーはアーガマ打倒の切り札として強化人間のプルツーをサイコ・ガンダムＭｋ－IIで出撃させる。プルツーの覚醒を感じたプルは、アーガマのハイメガ粒子砲をサイコ・ガンダムＭｋ－IIに合わせるが失敗。怪我を負いながらもキュベレイで追撃する。しかし、プルと同等か、それ以上の能力と、邪悪な心を兼ね備えたプルツーにプルは苦戦を強いられる。

ＭＳゲーマルクで善戦したキャラだったがニュータイプ部隊との激闘によって戦死。
ネェル・アーガマは隕石コロニーモウサをコア３に激突させ、ハマーン艦隊の壊滅に成功する。
ジュドーはハマーンと最後の決着をつけるべく、単身ＺＺガンダムでハマーンのキュベレイへ向かっていく。