あらすじ

黒船来航により、不安が広がる幕末の江戸。町奉行所の大々的な夜鷹狩りの最中、女髪結いのそのが夜鷹として捕らわれた。その場を目撃した大吉は同心に斬り付けられるが返り討ちにする。そこへ中村主水が現れ、2人に緊張が走る中、謎の男が主水に突然 襲い掛かる。互角の腕で斬り合う2人の隙を見て、大吉は逃げ出し、主水の同僚が来た為、謎の男は退散する。

翌日、見回り中の主水は怪しげな商売をしていた半次、おきんと再会。主水は2人に再び裏の仕事をしないかと持ちかける。半次とおきんは承諾するが人手が不足しており、主水は昨夜襲ってきた男と大吉を誘おうと考える。一方、北町奉行所に、おそのが夜鷹に間違われ捕まったと訴え出る老人が現れる。北町奉行所は相手にしなかったが主水はこっそり老人を娘に会わせる為に牢に連れて行く。しかし娘は牢におらず、主水は悪事の臭いを嗅ぎ付ける。

やがて与力の高畑と近江屋が結託して、妾奉公をさせる為におそのを攫ったことが判明する。主水は大吉と自分を襲った男　糸井貢を見つけ出し、裏の仕事を持ち掛ける。元・殺し屋の大吉は主水の誘いを受けるが貢は同心の主水を信用できず、誘いを断る。

主水たちはおそのが水口藩の屋敷に捕えられていることを割り出すが、その矢先に彼女は殺されてしまう。事態を知った、おそのの祖父　弥助は盗みを働き、五両の金を工面。孫娘の恨みを晴らして欲しいと貢に託して、奉行所に連行された。糸井貢は預かった金を主水に託すが仲間になることは断る。

夜、悪人たちが集まった料亭で、主水は高畑を、大吉は近江屋を仕留める。貢は実際に殺しを見て、主水を信用し、水口藩家老の湯川を仕留める。

翌日、せんの夫の十三回忌が開かれる。出家した次女のたえ（妙心尼）は情夫の大吉を連れて、三女のあやは夫の貢を連れて、やって来た。そこで主水、大吉、貢の三人は互いに義兄弟だったことを知るのだった。こうして結成された仕留人グループは弱者の晴らせぬ恨みを晴らしていく。